属性の創造と探索によるDNAシグナル配列発見方式の研究
基于属性创建和搜索的DNA信号序列发现方法研究
基本信息
- 批准号:13780290
- 负责人:
- 金额:$ 1.34万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
- 财政年份:2001
- 资助国家:日本
- 起止时间:2001 至 2002
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は,属性創造と属性空間の探索により,シグナル配列発見問題を解決することである.本年度は,シグナル配列を捉える個々のパターンを属性と捉え,これらの包含関係に着目し,様々なパターンからなる巨大探索空間を効率よく探索する枝刈り探索アルゴリズムを開発・実装した.また,計算機実験による手法の有効性の検証を行った.問題の定式化と計算量:シグナル配列の特徴を表すパターンモデルの一つにIUPAC核酸コード上の文字列があげられる.本研究では,これをdegenerate patternとしてフォーマルに定式化し,与えられた配列データセットに対する最適degenerate patternを見つける計算問題がNP-完全であることを明らかにした.属性空間の探索:degenerate patternが定義する言語の包含関係から得られるパターンの評価値の上限に関する特徴付けを利用したdegenerate patternのための枝刈りアルゴリズムを開発した.計算機実験:開発した手法の有効性を合成データと実データを用いて既存手法との比較実験を行った.実データを用いた実験においては,yeastのデータベースSCPD(the promoter database of Saccharomyces cerevisiae, http://cgsigma.cshl.org/jian/)に登録されている既知のシグナル配列の検出率を基準とした.これにより,多くの既知配列に対して手法の有効性が確認された.また,以上の研究の発展として,これらパターンを基礎の属性とする帰納的仮説モデル(例えば,決定木や論理式など)が与える甚大な探索空間を効率よく探索するための基礎理論を構築する研究にも着手した.そこでは,仮説モデル間の類似度を与えるメジャーを定式化し,代表的な帰納的仮説モデル間の類似度を解析することに成功している.
The purpose of this study is と, attribute creation, と attribute space exploration, によ によ,シグナ and <s:1> coordination occurrence problem を to solve する とである とである とである. This year は シ グ ナ ル go を catch え る a 々 の パ タ ー ン を attribute と catch え こ れ ら の contains masato に the mesh し, others 々 な パ タ ー ン か ら な る huge exploration space を sharper rate よ く explore す る branch mow り explore ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 · be load し た. ま た, computer be 験 に よ る gimmick の have sharper sex の 検 line card を っ た. Problem の demean と calculation: シ グ ナ ル go の, 徴 を table す パ タ ー ン モ デ ル の a つ に IUPAC nucleic acid コ ー ド の text on column が あ げ ら れ る. This study で は, こ れ を degenerate pattern と し て フ ォ ー マ ル に demean し, with え ら れ た match column デ ー タ セ ッ ト に す seaborne る optimum degenerate pattern を see つ け る calculation problem が NP - complete で あ る こ と を Ming ら か に し た. の attribute space exploration: degenerate pattern が definition す の る words contain masato is か ら have ら れ る パ タ ー ン の review on 価 numerical の ceiling に masato す る 徴 pay especially け を using し た degenerate pattern の た め の branch mow り ア ル ゴ リ ズ ム を open 発 し た. Computer be 験 : open 発 し た gimmick の have sharper sex を synthetic デ ー タ と be デ ー タ を with い て existing technique と の is be 験 を line っ た. the promoter database of Saccharomyces cerevisiae (the promoter database of Saccharomyces cerevisiae http://cgsigma.cshl.org/jian/) に login さ れ て い る already know の シ グ ナ ル go の 検 benchmark rate を と し た. こ れ に よ り, more く の is known with column に し seaborne て gimmick の have sharper sex が confirm さ れ た. ま た, above の research の 発 exhibition と し て, こ れ ら パ タ ー ン を based の attribute と す る 帰 Said the 仮 モ デ ル (example え ば, decided to wood や narrative な ど) が and え る great な exploring space を sharper rate よ く explore す る た め の basic theory を build す る research に も to し た. そ こ で は, said 仮 モ デ ル の similar degree between を and え る メ ジ ャ ー を demean し, represent な 帰 na 仮 said モ デ ル の similar degree between を parsing す る こ と に し success Youdaoplaceholder0 て る.
项目成果
期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
O.Maruyama et al.: "Fast Algorithm for Extraction Multiple Unordered Short Motifs Using Bit Operations"Proceedings of the Fourth Conference on Computational Biology and Genome Informatics. (to appear). (2002)
O.Maruyama 等人:“使用位操作提取多个无序短基序的快速算法”第四届计算生物学和基因组信息学会议论文集。
- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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O.Maruyama et al.: "Toward drawing an atlas of hypothesis classes : approximating a hypothesis via another hypothesis model"Proceedings of the 5th international conference on discovery science, Lecture Notes in Computer Science, Springer. 2534. 220-232 (2
O.Maruyama 等人:“绘制假设类图集:通过另一个假设模型近似假设”第五届国际发现科学会议论文集,计算机科学讲义,施普林格。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
H.Bannai et al.: "Extensive feature detection of N-terminal protein sorting signals"Bioinformatics. 18・2. 298-305 (2002)
H. Bannai 等:“N 末端蛋白质分选信号的广泛特征检测”生物信息学 18・2(2002)。
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- 作者:
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