遺伝子解析のためのDNAフローアレイの開発に関する研究

テーラーメイド医療やゲノム創薬に必要な情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にフローサイトメーターで可能にしようとするものである。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせ、このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば両者は結合しビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この差をフローサイトメーターで測定しSNPsタイピングを行なうというものである。昨年度までに合成DNAならびにゲノムDNAにおける1箇所のSNPsタイピングには成功しており、今年度は異なる直径のビーズを利用し、複数箇所SNPsの同時タイピングの確立を目指した。それぞれのSNPs箇所に対応した直径の異なるビーズを用意し、対応するオリゴヌクレオチドプローブを固定する。それらを1つのチューブの中にいれ、ゲノムDNA中のそれぞれのSNPs領域を増幅、蛍光色素でラベリングしたPCR産物を同時にハイブリダイズさせた。直径の異なるビーズ集団はフローサイトメーターで簡単に識別する可能であった。またそれぞれのビーズ集団の蛍光量を測定、解析することで1箇所の場合と同様にSNPsタイピングすることができた。合成DNAでは3箇所まで、ゲノムDNAでは2箇所までの同時タイピングをすることができた。以上のように本研究ではフローサイトメーターを用いたSNPsタイピング法を確立することができ、今後はさらにhigh-throughput性を高めるべく、開発を継続していく。

テーラーメイド医療やゲノム創薬に必要な情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にフローサイトメーターで可能にしようとするものである。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせ、このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば両者は結合しビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この差をフローサイトメーターで測定しSNPsタイピングを行なうというものである。昨年度までに合成DNAならびにゲノムDNAにおける1箇所のSNPsタイピングには成功しており、今年度は異なる直径のビーズを利用し、複数箇所SNPsの同時タイピングの確立を目指した。それぞれのSNPs箇所に対応した直径の異なるビーズを用意し、対応するオリゴヌクレオチドプローブを固定する。それらを1つのチューブの中にいれ、ゲノムDNA中のそれぞれのSNPs領域を増幅、蛍光色素でラベリングしたPCR産物を同時にハイブリダイズさせた。直径の異なるビーズ集団はフローサイトメーターで簡単に識別する可能であった。またそれぞれのビーズ集団の蛍光量を測定、解析することで1箇所の場合と同様にSNPsタイピングすることができた。合成DNAでは3箇所まで、ゲノムDNAでは2箇所までの同時タイピングをすることができた。以上のように本研究ではフローサイトメーターを用いたSNPsタイピング法を確立することができ、今後はさらにhigh-throughput性を高めるべく、開発を継続していく。