栽培および野生オオムギのBACライブラリー構築

栽培大麦和野生大麦 BAC 文库的构建

• 批准号: 13760007
• 负责人: 最相 大輔
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13760007/
• 关键词: オオムギ; BACライブラリー; ゲノム解析

BAC(Bacterial Artificial Chromosome)ライブラリーをはじめとした巨大インサートゲノムライブラリーは,今やゲノム解析の基本ツールの一つである.ゲノムサイズがイネの10倍以上もあるオオムギは,世界的にも重要な穀物の一つであるにも関わらず,北米の六条醸造用品種'Morex'で作製されたもの以外に適当なゲノムカバー率を持つ巨大DNAライブラリーは報告されていない.本研究ではわが国独自のオオムギゲノム研究の基盤構築を目指して,国産オオムギを用いたBACライブラリーを新たに構築した.日本の醸造用品種「はるな二条」を用いて,Nakamura et al.(1997)の方法を参考にした.本研究で作製した「はるな二条」BACライブラリーは,約28万クローンからなり平均インサート長は115.2kbである.これは,6ゲノム相当であることが期待される.巨大ゲノムを持つ生物種の場合,ゲノムライブラリー作製の過程で生じるライゲーション反応のバイアスが,ゲノムのカバー程度に深刻に影響することが予想される.研究の過程でこの点を重点的に検討した結果,本研究では一度のライゲーション反応で,オオムギゲノムの約62%に相当するクローンを得ることが可能となった.実際のBACクローンのゲノムカバー程度を調査する目的で,「はるな二条」BACクローン73,728(1.8ゲノム相当)に対して,29のSSRマーカーによるスクリーニングを行った結果,1マーカーあたり2.3のBACクローンを単離することができた.以上の結果から,本研究で作製したオオムギBACライブラリーはゲノム解析に利用可能であると判断した.今後,迅速な目的クローンの選抜実験系を確立し,また分譲のための環境を整備した上で,国内外での共同研究に広く利用していく予定である.

BAC(Bacterial Artificial Chromosome) is a very important component of BAC. In addition to the above 10 times, the world's most important grain species 'Morex' is produced in the north of the country. In addition to the above 10 times, the world's most important grain species is produced in the north of the country. This study was conducted on the basis of a new framework for the development of BAC systems. Japanese manufacturers use the term "",Nakamura et al. (1997) Methods for Reference. This study is about 280,000 kB. The average length of BAC is 115.2kb. 6 In the case of large species of organisms, the process of production and control must be deeply affected by the degree of production and control. The results of this study show that about 62% of the total number of students in this study is equivalent to the total number of students in this study. In the case of BAC queries and the need for a range of options, the results of BAC queries 73,728(1.8 options) and SSR queries 29 (1.3 options) were as follows: 1. The above results show that this study was conducted to determine whether the BAC model could be used for the analysis. From now on, we will establish the system of selection and management of the target country rapidly, and make joint efforts to improve the environment and make use of it at home and abroad.

项目成果

D.Saisho, S.Kawasaki, K.Sato, K.Takeda: "CONSTRUCTION OF A BAC LIBRARY FROM JAPANESE MALTING BARLEY HARUNA NIJO"Plant, Animal & Microbe Genomes X. 393 (2002)

D.Saisho、S.Kawasaki、K.Sato、K.Takeda：“利用日本麦芽大麦 HARUNA NIJO 构建 BAC 图书馆”植物、动物

D.Saisho, S.Kawasaki, K.Sato, K.Takeda: "CONSTRUCTION AND EVALUATION OF A BAC LIBRARY FROM JAPANESE MALTING BARLEY 'HARUNA NIJO'"Plant, Animal & Microbe Genomes XI. 174 (2003)

D.Saisho、S.Kawasaki、K.Sato、K.Takeda：“来自日本啤酒大麦‘HARUNA NIJO’的 BAC 库的构建和评估”植物、动物