メダカ近縁種のBACライブラリーの作成とメダカゲノム情報による物理地図作成

建立青鳉相关物种的BAC文库并利用青鳉基因组信息创建物理图谱

• 批准号: 17018011
• 负责人: 成瀬 清
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018011/
• 关键词: メダカ; ゲノム; 近縁種; 性決定; 性染色体; 進化

1.BACライブラリーの作成新潟大学で性転換により作成したXX雄と正常な雌を交配させX染色体のみをもつ稚魚を多数作成した。またこのようして作成したXX胚から培養細胞系を樹立した。これらをもちいて支援班の協力の下にX染色体のみを含むルソンメダカBACライブラリーの作成をおこなった。これらのクローンは現在132枚の384穴プレートに整列化され、東京大学及び新潟大学で保存されている。このうち384穴プレート96枚分のクローン(ゲノムカバー率で約5X相当)をもちいてPCRスクリーニング用の3次元PCRスーパープールの作成をおこなった。またルソンメダカX染色体とY染色体を比較するために性転換XY雌と正常雄(XY)を交配してYY個体を作成し、Y染色体のみをもつYY雄1個体からfosmidライブラリーの構築もおこなった(クローン数の推定ではゲノム10X相当)。2.ルソンメダカ及びハブスメダカ性決定領域の詳細な遺伝子地図作成ルソンメダカ性染色体地図の作成ではメダカでLG12上にマッピングされたESTマーカーをもちいてルソンメダカの詳細な性染色体地図を作成した。その結果ルソンメダカの性決定遺伝子はメダカゲノム上で換算すると約750kbpの範囲に存在することが明らかとなった。作成した3次元PCRスーパープールをもちいて当該領域のBACクローンのスクリーニングをおこなっている。3.他の近縁種における形決定機構の解明他の近縁種における性決定領域に関する研究ではインドメダカでの性決定領域が明らかとなった。インドメダカは他の単腕型染色体グループ(ジャワメダカ、ハブスメダカ)とは異なり、驚くことにXX-XY型の性決定機構を持っていた。またその性染色体はメダカのLG10とほぼ全染色体にわたって相同であった。

1. The BAC is made of Niigata University's sex switch, XX male, XX female, X chromosome and most juvenile fish. A cell culture system was established. The X chromosome is the most important part of the BAC system. There are now 132 pieces of 384 pieces in the collection, which are preserved by Tokyo University and Niigata University. The 384-point PCR was completed with 96 samples (about 5X). The X chromosome and Y chromosome are compared, and the XY female and the normal male (XY) are mated. YY individuals are created, and Y chromosomes are created. YY male individuals are constructed, and the fosmid is generated. 2. The detailed genetic map of the sex-determining domain is prepared according to the genetic map of the sex-determining domain. The result is that there is a range of about 750kbp in the range of about 750kbp. When the domain BAC is created, the third order PCR is created. 3. The study of the relationship between the shape of the determining mechanism and the nature of the determining mechanism The sex determination mechanism of XX-XY type is different from that of other types of chromosomes. The whole chromosome is identical.

项目成果

Molecular phylogeny of the medaka fishes genus Oryzias (Beloniformes: Adrianichthyidae) based on nuclear and mitochondrial DNA sequences

• DOI: 10.1016/j.ympev.2005.01.016
• 发表时间: 2005-08-01
• 期刊: MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION
• 影响因子: 4.1
• 作者: Takehana, Y;Naruse, K;Sakaizumi, M
• 通讯作者: Sakaizumi, M

Genetic linkage map of medaka with polymerase chain reaction length polymorphism

聚合酶链反应长度多态性青鳉遗传连锁图谱

• 发表时间: 2005
• 期刊: Gene 363
• 作者: Kimura T;Yoshida K;Shimada A;Jindo T;Sakaizumi M;Mitani H;Naruse K;Takeda H;Inoko H;Tamiya G;Shinya M.
• 通讯作者: Shinya M.