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拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究

使用扩展集成模拟研究小蛋白质解旋问题

基本信息

批准号：
14740170
负责人：
光武亜代理
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

拡張アンサンブル法であるレプリカ交換法とシミュレーティッド・テンパリング法を組み合わせたレプリカ交換シミュレーティッド・テンパリング法、シミュレーティッド・テンパリングレプリカ交換法の開発を行った。従来のシミュレーティッド・テンパリング法より容易にエネルギー空間上のランダムウォークを実現し、この有効性を示した。この研究に関しては、今年度論文として出版された。また、統計力学に基づくRISM理論と拡張アンサンブル法を結合したアルゴリズムの開発を行った。RISM理論で溶媒効果を取り入れる場合、全エネルギーが温度に依存する。今までの拡張アンサンブル法ではエネルギーが温度に依存する場合を取り扱うことができなかったが、レプリカ交換法を修正して、溶媒の温度依存性を取り入れた拡張アンサンブルシミュレーションができるようになった。この手法の有効性を示し、論文としてまとめた。既存のタンパク質のソフトTINKERに拡張アンサンブル法を組み込むことを行った。これにより、モンテカルロ法と分子動力学法どちらでも拡張アンサンブルシミュレーションができるようになった。また、これにRISM理論を組み込むことを行った。TINKERはいろいろなタンパク質の力場を選ぶことができるので、RISM理論の力場依存性なども調べることができるようになった。水分子の拡張アンサンブルシミュレーションも行っており、現在結果をまとめている段階である。本研究では、拡張アンサンブル法の開発と、既存ソフトウエアへの導入を主に行った。今年度は最後の年度なので、国内外研究成果の発表を頻繁に行った。

拡张アンサンブル法であるレプリカExchange methodとシミュレーティッド・テンパリング法を组み合わせたレプリカ交Replace the シミュレーティッド・テンパリング法, シミュレーティッド・テンパリングレプリカ Exchange Methodの开発を行った.従来のシミュレーティッド・テンパリング法よりEASYにエネルOn the ギーspace, the effectiveness of the のランダムウォークを実appears and the effectiveness is shown.このResearch に关しては, this year's paper としてpublished された.また, statistical mechanics based on RISM theory and Zhang アンサンブル method を combination of したアルゴリズムの开発を行った. The RISM theory is based on the fact that the solvent effect is taken into account in any situation, and the entire system depends on the temperature. Today's までの拡张アンサンブル法ではエネルギーが Temperature にdepends When you save it, you can take it out. The exchange method is used to correct the temperature dependence of the solvent and the temperature dependence of the solvent is taken into consideration. The validity of the technique is shown, and the thesis is shown. Existing のタンパク性のソフトTINKERに拡张アンサンブル法を组み込むことを行った.これにより、モンテカルロ method and molecular dynamics method どちらでも拡Zhang アンサンブルシミュレーションができるようになった.また、これにRISM theoryをgroupみ込むことを行った. TINKER's force field selection , the force field dependence of RISM theory is adjusted by the force field dependence method. The water molecule's アンサンブルシミュレーションも行っており, the result now is the stage である. This study is based on the main principles of this study, including the introduction of the existing method and the implementation of the existing method. This year is the last year of the year, and the results of domestic and foreign research are frequently reported.