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拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究

使用扩展集成模拟研究小蛋白质解旋问题

基本信息

批准号：
14740170
负责人：
光武亜代理
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

拡張アンサンブル法であるレプリカ交換法とシミュレーティッド・テンパリング法を組み合わせたレプリカ交換シミュレーティッド・テンパリング法、シミュレーティッド・テンパリングレプリカ交換法の開発を行った。従来のシミュレーティッド・テンパリング法より容易にエネルギー空間上のランダムウォークを実現し、この有効性を示した。この研究に関しては、今年度論文として出版された。また、統計力学に基づくRISM理論と拡張アンサンブル法を結合したアルゴリズムの開発を行った。RISM理論で溶媒効果を取り入れる場合、全エネルギーが温度に依存する。今までの拡張アンサンブル法ではエネルギーが温度に依存する場合を取り扱うことができなかったが、レプリカ交換法を修正して、溶媒の温度依存性を取り入れた拡張アンサンブルシミュレーションができるようになった。この手法の有効性を示し、論文としてまとめた。既存のタンパク質のソフトTINKERに拡張アンサンブル法を組み込むことを行った。これにより、モンテカルロ法と分子動力学法どちらでも拡張アンサンブルシミュレーションができるようになった。また、これにRISM理論を組み込むことを行った。TINKERはいろいろなタンパク質の力場を選ぶことができるので、RISM理論の力場依存性なども調べることができるようになった。水分子の拡張アンサンブルシミュレーションも行っており、現在結果をまとめている段階である。本研究では、拡張アンサンブル法の開発と、既存ソフトウエアへの導入を主に行った。今年度は最後の年度なので、国内外研究成果の発表を頻繁に行った。

The development of the new method is carried out by combining the new method with the new method It's easy to create a new space for your computer, and it's very effective. This year's paper is published. The theory of RISM is based on the theory of statistical mechanics. The RISM theory provides a temperature dependent solution for all applications. The temperature dependence of the solvent can be corrected by the temperature dependence of the solvent. The method of writing is very simple. The existing TINKER is a good way to improve the quality of the product. This is the first time I've ever seen a woman who's had sex with someone else. RISM theory TINKER is a force field of RISM theory. The water molecule is released from the atmosphere, and the results are now in the middle of the stage. This study is aimed at the development and introduction of the existing software. This year, the last year of the year, domestic and foreign research results are frequently presented.