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蛋白質の遅い揺らぎを捉えるための粗視化モデル

用于捕获蛋白质缓慢波动的粗粒度模型

基本信息

批准号：
14780506
负责人：
高野光則
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Waseda University (2004)The University of Tokyo (2002-2003)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

これまでの研究で、Goモデルベースの粗視化モデルMD計算により蛋白質の遅い揺らぎをシミュレートし、結果の有効性・信頼性を検証してきた。そして、大幅な計算時間の軽減とともに高精度全原子モデルと同等の結果を得られることを示した(Nat.Comput)。本年度は、(1)これまで使:用してきたGoモデルの:Folding問題に対する応用(Chem.Phys)、そして、(2)モデルの拡張を行った。新たなモデルでは、結晶構造で頻繁にみられ、かつ遅い揺らぎ原因にもなる蛋白質の構造多型性を直接的に粗視化モデルに埋め込む工夫を行った。最も簡単な構造多型として、2つの構造が安定になる粗視化モデルを考案し、このモデルと従来のモデルとが質的な違いを見せるか否かを研究した。その結果、両者間には大きな相違は見られなかた。すなわち天然構造に本来的に備わったダイナミクスに既に構造多型問遷移の情報が埋め込まれていることが示唆された。換言すると、従来のGoタイプの粗視化モデルで蛋自質の構造多型間遷移のような遅い揺らぎも再現できる、ということである。この結果をふまえ、(3)応用として、昨年度来、研究を進めてきた分子モーター・アクトミオシン動作機構に関し、ミオシン側の構造多型間遷移が力発生の直接の原因とするレバーアーム仮説の可否を、Goタイプの粗視化モデルによるミオシンの揺らぎダイナミクス、および摂動に対する応答という観点から検証し、レバーアーム説を否定する結果が得られた。同様の手法で、DNA結合蛋白であるCRPのアロステリック制御機構について研究した(FEBSLett)。本研究の最終目標とした「遅い揺らぎ」とアロステリック構造変化および誘導適合との関わりについては、今後、これらの系の研究をさらに進展させた上で一定の答えに到達できると考える。

The results showed that there was no significant difference between the two groups. The results showed that there was no significant difference between the two groups. The results showed that there was no significant difference in the results of the study, Go and MD calculation. The results of high-precision all-atomic computer simulations show that the results show that the performance of the Nat.Comput is very high. This year, (1) this year, (1) this year, we will use the following information: the Folding problem (Chem.Phys), (2), (2), and so on. The new method, the crystal method, the reason, the protein, the pleomorphism, the direct coarsening, the reason, the reason, the reason, The most important thing is to create polymorphisms, 2-year-olds, stability, stability and research. The results of the test, the results of the results, the results and the results of the results, the results and the results of the results. The original product was made naturally and instigated by the fact that there was a problem of polymorphism. Let's talk about it, Go it, make it rough, make it easy to make a polymorphism, move it, make it look like it's happening again. The results are as follows: (3) in the past year, research has been carried out on the mechanism of multi-type transport. The results show that the direct cause of multi-type transfer force is the direct cause of the disease. (3) the results show that, in the past year, the research has been carried out in the field of molecular medicine, and the mechanism of action has been studied. The direct cause of the multi-type transfer force is the direct cause of the disease, and the results show that it is possible to determine whether or not it is possible, and the Go effect is not valid. Please tell me that the results of the negative test were successful. In the same way as the manual method and DNA binding protein, the control mechanism of the CRP system was used to conduct the research lab (FEBSLett). In this study, the most important purpose of this study is that the development of research in the department of science and technology is very important in this study. in this study, the most important part of this study is that the development of research in the department of science and technology is very important in this study.