タンパク質内部に存在するすき間の進化的保存性と機能的役割

蛋白质内部间隙的进化保守性和功能作用

• 批准号: 14780508
• 负责人: 高橋 健一
• 金额: $ 2.56万
• 依托单位: Nagahama Institute of Bio-Science and Technology (2003)Nagoya University (2002)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14780508/
• 关键词: タンパク質; 構造機能相関; すき間; 進化的保存性; タンパク質ファミリー; ダイナミクス; 構造変化; 機能部位

タンパク質の示す機能はタンパク質がとる特異的な立体構造や運動性により担われているが、両者の関係はまだ不明な点が多い。本研究課題では、運動性に関係があると思われるタンパク質内部のすき間と、蛋白質の機能の間に強い結びつきがあるのかどうかを明らかとする目的で、多くのタンパク質ファミリーそれぞれについて、1)そもそも共通なすき間が有るか無いか、2)有る場合は共通なすき間と機能部位との位置関係に特徴がないか、3)タンパク質の種類によって違いがないかを解析した。SCOPのタンパク質ファミリーのうち、質のよい構造データだけに限定した際に複数のメンバーが存在し、メンバー間の配列一致度が30%以上90%未満であるファミリー(118個)を解析対象とした。保存したすき間の見られたものは76ファミリー(64%)存在した。SwissProtから、23ファミリーについて活性部位の情報を得ることができ、その中で活性部位の近くに保存したすき間が存在するのは4ファミリーのみであった。ファミリーを酵素か非酵素かで分類すると、すき間の保存性のある(ない)ファミリーのうち、酵素ファミリーは59%(33%)であった。また、酵素(非酵素)ファミリーのうちすき間の保存性が見られるものは、76%(53%)であった。保存したすき間の見られなかったタンパク質ファミリーについて、すき間の全くないことが保存されている例はなかった。以上、多くのタンパク質ファミリーにおいて保存したすき間があることを初めて明らかとした。特に、酵素ファミリーに保存したすき間がやや多い傾向がみられた。保存したすき間には何らかの機能的な意味があると考えられるが、活性部位の近くに保存したすき間があるケースは小数であり、機能との関係はまだ不明確である。その解明のために、今後、タンパク質のダイナミクスと保存したすき間との関係を解析していく予定である。

This is an indication that the machine can use the machine to make a three-dimensional system of the special machine. It is important to know that there is an unknown number of points. The purpose of this study is to improve the performance of the system. In this study, we do not have any information on the purpose of this study. In this study, we do not know how to do this in this study. in this study, we need to know that the purpose of this study is clear, multi-purpose, and so on. in this study, we do not know how to do this in this study. in this study, we do not have any information in this study. 2) there is a common information system, the location of the equipment is special, and 3) the information is analyzed in the same way. SCOP is responsible for determining the number of complex data that exists and that the consistency of allocation is more than 30%. There are 118 analytical models. Save