バーチャルリアリティ技術を用いたゲノム情報の可視化に関する研究

DNAチップを利用することで,遺伝子発現量情報をはじめ,ゲノムコピー数情報を網羅的に計測できるようになり,ゲノム情報解析において重要な役割を果たすようになった.遺伝子発現量情報やゲノムコピー数の変化が疾患と関連している可能性が高いため,多くのサンプル内で比較し異常値などを検出することが求められている.本研究では,ゲノム研究者を支援するために,可視化によるアプローチによって解析を紫煙する手法を考案した.まず,バーチャルリアリティ(VR)技術を利用して,遺伝子発現量情報を可視化し,解析作業空間を構築した.解析する研究者の周辺に情報を配置し,身体を動かすことなどから直観的なインタラクションを提供する作業空間は,解析への理解度を高めることを示した.この結果は,論文として発表される.次に、ゲノムコピー数情報を比較し,異常値を検出する可視化手法を提案した.染色体イメージを利用して,複数サンプルが共通して変化している領域を可視化することや,片側対立遺伝子の欠損LOH(Loss of Heterozygosity)を抽出して可視化する手法などを開発し,論文として高揚した.また,研究者からの情報発信という観点から,日本科学未来館でVR環境を利用したゲノム関連展示を実施し,その来館者の反応や,操作ログの可視化手法を用いた解析などをまとめて論文として発表を行った.博物館における研究者の発表について焦点をあて,展示におけるVR装置の有効性を示すとともに,VR装置を使ったゲノム(生物)関連の授業や解析環境のニーズが高いことを示した.共同研究として,ゲノムコピー数を解析する際に,ノイズを減らすアルゴリズムGIM(Genome Inbalance Map)を開発し,論文として2本公表した.このアルゴリズムを用いることにより,より効果的にゲノムコピー数解析を進めることができるようになる.

DNAチップを利用することで,遺伝子発現量情報をはじめ,ゲノムコピー数情報を網羅的に計測できるようになり,ゲノム情報解析において重要な役割を果たすようになった.遺伝子発現量情報やゲノムコピー数の変化が疾患と関連している可能性が高いため,多くのサンプル内で比較し異常値などを検出することが求められている.本研究では,ゲノム研究者を支援するために,可視化によるアプローチによって解析を紫煙する手法を考案した.まず,バーチャルリアリティ(VR)技術を利用して,遺伝子発現量情報を可視化し,解析作業空間を構築した.解析する研究者の周辺に情報を配置し,身体を動かすことなどから直観的なインタラクションを提供する作業空間は,解析への理解度を高めることを示した.この結果は,論文として発表される.次に、ゲノムコピー数情報を比較し,異常値を検出する可視化手法を提案した.染色体イメージを利用して,複数サンプルが共通して変化している領域を可視化することや,片側対立遺伝子の欠損LOH(Loss of Heterozygosity)を抽出して可視化する手法などを開発し,論文として高揚した.また,研究者からの情報発信という観点から,日本科学未来館でVR環境を利用したゲノム関連展示を実施し,その来館者の反応や,操作ログの可視化手法を用いた解析などをまとめて論文として発表を行った.博物館における研究者の発表について焦点をあて,展示におけるVR装置の有効性を示すとともに,VR装置を使ったゲノム(生物)関連の授業や解析環境のニーズが高いことを示した.共同研究として,ゲノムコピー数を解析する際に,ノイズを減らすアルゴリズムGIM(Genome Inbalance Map)を開発し,論文として2本公表した.このアルゴリズムを用いることにより,より効果的にゲノムコピー数解析を進めることができるようになる.