配列選択的活性化を利用した新規RNA切断法の開発と遺伝子診断への応用

开发一种利用序列选择性激活的新型RNA切割方法及其在基因诊断中的应用

• 批准号: 04J10254
• 负责人: 葛谷 明紀
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J10254/
• 关键词: DNAナノチューブ; ナノテクノロジー; AFM; PNA; アクリジン; RNA; 配列選択的切断; DNA; SNPs; MALDI-TOF; MS

切断したいRNAと相補的な2本のPNAを用いて、切断したい位置だけを一本鎖にしておくことで、RNAを配列選択的に切断することができることがわかった。高いRNA切断活性をもつランタニドイオンの他、亜鉛(II)イオンなどでも選択的な切断が可能であった。RNAの相補鎖としてDNAを用いる場合には、インターカレーターであるアクリジンを修飾しておくことで、RNAの切断活性を飛躍的に上昇できることが既に明らかになっているが、相補鎖がPNAの場合には、若干挙動が異なることがわかった。ランタニドイオンを切断の触媒として使用した場合にはほとんど切断活性化が見られないのに対し、亜鉛(II)イオンを用いたときには顕著にRNA切断活性が上昇することが明らかになった。アクリジンによるRNA活性化の機構を解明する上で、非常に重要な知見を得ることが出来た。PNAはRNAと非常に安定な複合体をつくり、分解耐性も高いため、複雑な高次構造を形成するrRNAなどの解析に役立つことが期待される。またRNA切断と質量解析を利用した遺伝子診断系への応用を目指してDNAナノ構造体の形成の研究を行った。8本のB型DNA二重らせんを束ねたDNAナノチューブを設計し、その形成をAFMで確認した。これまでそれぞれ120°の角度で6本のDNAを束ねたナノチューブは報告されているものの、8本を束ねたものは非常に難しいと考えられてきた。本研究では、二重らせんを結合する角度を一本ずつ適宜変えることで、この問題を解決することに成功した。

Cut off the two copies of the RNA, cut off the location of the PNA, cut the location, cut the location, cut the location, High RNA cut-off activity may be affected by the selected cut-off (II) cut-off activity. In the RNA system, the system is used in the PNA system, the system is used in the system, the system is used to repair the system, and the RNA is used to cut the active part of the system. The current situation is that the system is in good condition, the PNA system is in good condition, and several applications are available. Use the catalyst to cut off the activity of the catalyst. Use the RNA to activate the RNA. Please tell us that the RNA activation mechanism is very important for you to know that your information is very important. PNA RNA is very stable, the complex is very stable, the decomposition tolerance is high, the replication is high, and the replication is high. The formation of the complex is called "rRNA", "analytical", "expected". Quantitative analysis of RNA cutting off the use of the broken system of the child to form the research line with the eye finger, the DNA, the body. 8 this type B DNA double bundle bundle, the DNA device, the AFM device, the confirmation card. There are 6 copies of the DNA report, 8 copies of the bundles, and 8 copies of the bundles. The purpose of this study is to improve the success of this study by combining the angle of this study with the combination of the two-fold method and the angle of view.

项目成果

Cooperation of metal-ion fixation and target-site activation for efficient site-selective RNA scission

金属离子固定和靶位点激活协同实现有效的位点选择性 RNA 断裂

• 发表时间: 2005
• 期刊: Journal of Biological Inorganic Chemistry 10巻・2号(未定)
• 作者: Takahide A.Ishida;Kouhei Hattori;Satoshi Shibata;Mayuko Suzuki;Hiroaki Sato;Masahito T.Kimura;Yoji Yamamoto;Akinori Kuzuya
• 通讯作者: Akinori Kuzuya

Design of phosphoramidite monomer for optimal incorporation of functional intercalator to main chain of oligonucleotide

• DOI: 10.1021/bc049698m
• 发表时间: 2005-03-01
• 期刊: BIOCONJUGATE CHEMISTRY
• 影响因子: 4.7
• 作者: Shi, Y;Machida, K;Komiyama, M
• 通讯作者: Komiyama, M

Lanthanide ions as versatile catalyst in biochemistry: Efficient site-selective scission of RNA by free lanthanide ions

• DOI: 10.1016/j.jallcom.2004.12.149
• 发表时间: 2006-02
• 期刊: Journal of Alloys and Compounds
• 影响因子: 6.2
• 作者: A. Kuzuya;Kenzo Machida;T. Sasayama;Yun Shi;R. Mizoguchi;M. Komiyama

Site-selective RNA scission by PNA-Lu(III) hybrid system

通过 PNA-Lu(III) 混合系统进行位点选择性 RNA 断裂

• 发表时间: 2006
• 期刊: Nucleic Acids Symposium Series Vol.50, No.1
• 作者: Takahide A.Ishida;Kouhei Hattori;Satoshi Shibata;Mayuko Suzuki;Hiroaki Sato;Masahito T.Kimura;Yoji Yamamoto
• 通讯作者: Yoji Yamamoto