アジア太平洋地域の人類集団における自然選択と人口学的歴史に関する研究

亚太地区人类自然选择和人口历史研究

• 批准号: 04J10328
• 负责人: 木村 亮介
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J10328/
• 关键词: 遺伝子; ゲノム; 自然選択; 連鎖不平衡; 人類; 集団; オセアニア; SNP; アジア太平洋; DNA多型; 歴史人口学

1.集団間における遺伝的分化や連鎖不平衡の減衰の違いを指標として、ある集団特異的に自然選択を受けた遺伝子を検出する方法を開発し、コンピューターシミュレーションを用いてその検出力を評価した結果、この方法は非常に検出力の高い優れた方法であることが明らかとなった。また、HapMapプロジェクトによる大規模SNPタイピングデータを解析することにより、アフリカ人、ヨーロッパ人、およびアジア人に特異的な自然選択の痕跡を探索したところ、これまでに自然選択の影響が報告されていた遺伝子のほかに、いくつかの候補遺伝子が見出された。以上の結果を国際誌(PLoS ONE)に掲載した。2.アフィメトリックス社のGeneChip Mapping 500K Assayを用いて、ポリネシアのトンガ人およびメラネシアのギデラ族において、ゲノムワイドSNPタイピングを行い、アフィメトリックス社が公開するアフリカ人、ヨーロッパ人およびアジア人集団のSNPタイピングデータと併せて様々な解析をおこなった。系統樹解析や集団構造解析の結果、メラネシア人は遺伝的にアジア人に近いこと、ポリネシア人はアジア人(70%)とメラネシア人(30%)を祖先にもつことがわかった。トンガ人やギデラ族において連鎖不平衡の程度の平均値が高かったことは、これらが比較的集団サイズの小さい集団であったことと一致する。これらのオセアニア集団において自然選択の痕跡を探索したところ、複数の候補遺伝子が浮かび上がった。これらの遺伝子の中には、エネルギー代謝関連の遺伝子も含まれており、オセアニアにおける"倹約遺伝子"の候補として期待される。

1. Differentiation of inter-collection linkage disequilibrium and attenuation index. , the unique natural selection of the collection group,コンピューターシミュレーションを用いてその検出账秒到 result,この法は Very に検出力の高い优れた法であることが明らかとなった.また、HapMapプロジェクトによるLarge-scale SNPタイピングデータをanalyticsすることにより、アフリカ人、ヨーロッパ人、およびアジア人にUnique Traces of Natural Selection したところ、Influence of Natural Selectionがreportされていた伝子のほかに、いくつかの candidate supplement 伝子が见出された. The above results are published in PLoS ONE. 2. アフィメトリックス社 GeneChip Mapping 500K Assayいて、ポリネシアのトンガ人およびメラネシアのギデラ国において、ゲノムワイドSNPタイピングを行い、アフィメトリックス社が开するアフリカ人、ヨーロッパ人およびアジア人Set団のSNPタイピングデータと和せて様々なanalyticsをおこなった. Phylogenetic tree analysis and cluster structure analysis results, メラネシア人は伝's にアジア人にNearly いこと, ポリネシア人はアジア人(70%)とメラネシア人(30%)をancestorにもつことがわかった.トンガ人やギデラ国においてLinkage disequilibrium degree のmean value が高かったことは、これらがComparative collection団サイズの小さい集団であったことと unanimousする.これらのオセアニア集団においてnatural selection択の tracesをExplore したところ, plural の candidate addendum 伝子が风かび上がった.これらの缝子の中には, エネルギーmetabolism-related の缝子も有まれており、オセアニアにおける "倹约缝子" is a candidate and I'm looking forward to it.

项目成果

Coexistence of five G6PD variants indicates ethnic complexity of Phuket islanders, Southern Thailand

• DOI: 10.1007/s10038-006-0380-y
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Ninokata, Aya;Kimura, Ryosuke;Ishida, Takafumi
• 通讯作者: Ishida, Takafumi

Anthropometry of 5-19-year-old Tongan children with special interest in the high prevalence of obesity among adolescent girls

• DOI: 10.1080/03014460500273275
• 发表时间: 2005-11-01
• 期刊: ANNALS OF HUMAN BIOLOGY
• 影响因子: 1.7
• 作者: Fukuyama, S;Inaoka, T;Ohtsuka, R
• 通讯作者: Ohtsuka, R

A practical genome scan for population-specific strong selective sweeps that have reached fixation.

实用的基因组扫描已达到固定的人群特异性强选择性扫描。

• DOI: 10.1371/journal.pone.0000286
• 发表时间: 2007-03-14
• 期刊: PLOS ONE
• 影响因子: 3.7
• 作者: Kimura, Ryosuke;Fujimoto, Akihiro;Tokunaga, Katsushi;Ohashi, Jun
• 通讯作者: Ohashi, Jun

Polymorphisms in the ABO blood group gene in three populations in New Georgia Islands, Solomon Islands

所罗门群岛新乔治亚群岛三个人群 ABO 血型基因多态性

• 发表时间: 2006
• 期刊: Journal of Human Genetics (印刷中)
• 作者: Ohashi J;Naka I;Kimura R;Tokunaga K et al.
• 通讯作者: Tokunaga K et al.

Cis-acting effect of the IL1B C-31T polymorphism on IL-1β mRNA expression

• DOI: 10.1038/sj.gene.6364128
• 发表时间: 2004-11-01
• 期刊: GENES AND IMMUNITY
• 影响因子: 5
• 作者: Kimura, R;Nishioka, T;Ishida, T
• 通讯作者: Ishida, T