アジア太平洋地域の人類集団における自然選択と人口学的歴史に関する研究

亚太地区人类自然选择和人口历史研究

• 批准号: 04J10328
• 负责人: 木村 亮介
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J10328/
• 关键词: 遺伝子; ゲノム; 自然選択; 連鎖不平衡; 人類; 集団; オセアニア; SNP; アジア太平洋; DNA多型; 歴史人口学

1.集団間における遺伝的分化や連鎖不平衡の減衰の違いを指標として、ある集団特異的に自然選択を受けた遺伝子を検出する方法を開発し、コンピューターシミュレーションを用いてその検出力を評価した結果、この方法は非常に検出力の高い優れた方法であることが明らかとなった。また、HapMapプロジェクトによる大規模SNPタイピングデータを解析することにより、アフリカ人、ヨーロッパ人、およびアジア人に特異的な自然選択の痕跡を探索したところ、これまでに自然選択の影響が報告されていた遺伝子のほかに、いくつかの候補遺伝子が見出された。以上の結果を国際誌(PLoS ONE)に掲載した。2.アフィメトリックス社のGeneChip Mapping 500K Assayを用いて、ポリネシアのトンガ人およびメラネシアのギデラ族において、ゲノムワイドSNPタイピングを行い、アフィメトリックス社が公開するアフリカ人、ヨーロッパ人およびアジア人集団のSNPタイピングデータと併せて様々な解析をおこなった。系統樹解析や集団構造解析の結果、メラネシア人は遺伝的にアジア人に近いこと、ポリネシア人はアジア人(70%)とメラネシア人(30%)を祖先にもつことがわかった。トンガ人やギデラ族において連鎖不平衡の程度の平均値が高かったことは、これらが比較的集団サイズの小さい集団であったことと一致する。これらのオセアニア集団において自然選択の痕跡を探索したところ、複数の候補遺伝子が浮かび上がった。これらの遺伝子の中には、エネルギー代謝関連の遺伝子も含まれており、オセアニアにおける"倹約遺伝子"の候補として期待される。

1。我们开发了一种方法来检测以人群特异性方式进行自然选择的基因，利用遗传分化的差异和人群之间的连锁不平衡的衰减作为指标，并使用计算机模拟评估了他们的检测能力，并且发现这种方法是一种出色且功能强大的方法。此外，通过分析HAPMAP项目中的大规模SNP键入数据，我们探索了针对非洲人，欧洲和亚洲人的自然选择痕迹，并发现了几个候选基因，除了以前报道了自然选择效果的基因外。上述结果已发表在国际杂志（PLOS One）中。 2。在波利尼西亚的汤加人中进行了全基因组SNP的打字，使用副标准的Genechip映射500K分析的Melanesia的Gidera Tribe进行，并与SNP与Adrimetrics发表的非洲，欧洲和亚洲人群一起进行了各种分析。系统发育分析和种群结构分析表明，美拉尼亚人在遗传上接近亚洲人，而波利尼西亚人则是亚洲人（70％）和黑人人（30％）作为祖先。汤加人和格德拉部落之间的高平均连锁不平衡水平与这些人口规模相对较小的事实是一致的。在这些大洋洲人群中探索自然选择痕迹时，出现了几种候选基因。这些基因包括与能量代谢有关的基因，预计将成为大洋洲“节俭基因”的候选者。

项目成果

Coexistence of five G6PD variants indicates ethnic complexity of Phuket islanders, Southern Thailand

• DOI: 10.1007/s10038-006-0380-y
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Ninokata, Aya;Kimura, Ryosuke;Ishida, Takafumi
• 通讯作者: Ishida, Takafumi

Cis-acting effect of the IL1B C-31T polymorphism on IL-1β mRNA expression

• DOI: 10.1038/sj.gene.6364128
• 发表时间: 2004-11-01
• 期刊: GENES AND IMMUNITY
• 影响因子: 5
• 作者: Kimura, R;Nishioka, T;Ishida, T
• 通讯作者: Ishida, T

Polymorphisms in the ABO blood group gene in three populations in New Georgia Islands, Solomon Islands

所罗门群岛新乔治亚群岛三个人群 ABO 血型基因多态性

• 发表时间: 2006
• 期刊: Journal of Human Genetics (印刷中)
• 作者: Ohashi J;Naka I;Kimura R;Tokunaga K et al.
• 通讯作者: Tokunaga K et al.