常染色体性劣性遺伝を示す癌疾患群原因遺伝子のSNP解析

负责癌症疾病组的基因的 SNP 分析显示常染色体隐性遗传

• 批准号: 15689007
• 负责人: 磯村 実
• 金额: $ 13.64万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15689007/
• 关键词: SNP; 癌; 易罹患性; 常染色体性劣性遺伝; 癌関連遺伝子

これまでに、正常群サンプル100サンプル、乳癌患者群177サンプルを収集した。乳癌患者の詳細な臨床情報をカルテより抽出し、データベース化を行った。また、これら計277サンプルについて、11個の遺伝子上にある130箇所のSNPのタイピングを行った。タイピングにはインベーダー法を用いた。タイピングを行った遺伝子並びにSNP数(括弧内)は、ATM(13),NBS1(16),BLM(20),WRN(17),FANCA(15),FANCC(17),FANCD2(6),FANCE(4),FANCF(3),XPA(5),XPC(14)である。これらのタイピングデータを用いてまず、乳癌患者群と正常群間でアレル頻度に差があるSNPの検索を行ったが、両者間で有意な差があるSNPは認められなかった。次に癌患者に特有に見られるハプロタイプの同定を試みた。まず最初に各遺伝子のハプロタイプブロック構造をGabriel法により推定を行った。次にハプロタイプブロック毎にアレル頻度の推定並びに各個人のディプロタイプの推定を行い、癌患者群と正常群で頻度に差があるハプロタイプを検索した。その結果NBS1遺伝子とWRN遺伝子で有意な頻度差を認るハプロタイプを同定した。NBS1遺伝子は3つのブロックに分かれたが、そのうち一つのブロック内の3つのSNPからなるG-G-Gハプロタイプの頻度が癌患者群で有意に高いことが示された(癌患者群での頻度0.60 vs 正常群0.51 p=0.045)。またWRN遺伝子は3つのブロックに分かれたが、そのうちの一つのブロック内の2つのSNPからなるT-Gハプロタイプが癌患者群で有意に高いことが示された(癌患者群での頻度0.23 vs 正常群0.15 p=0.048)。これら結果は癌の易罹患性の診断に応用出来る可能性があり、また新たな発癌メカニズムの発見に寄与できるものと考えられた。

こ れ ま で に, normal group of サ ン プ ル 100 サ ン プ ル, breast cancer patients group of 177 サ ン プ ル を 収 set し た. Detailed な clinical information of breast cancer patients をカ をカ テよ テよ テよ をカ extraction ス, デ タベ タベ ス ス を を row った. 277 サ ま た, こ れ ら ン プ ル に つ い て, 11 の heritage in に 伝 あ る の by 130 SNPS の タ イ ピ ン グ を line っ た. The タ ピ ピ グに グに グに グに ベ ベ ダ ダ を method を uses を た. Line タ イ ピ ン グ を っ た heritage 伝 son and び に SNP number (in brackets) は, ATM (13), NBS1 (16), BLM (20), WRN (17), FANCA (15), FANCC (17), FANCD2 (6), FANCE (4), FANCF (3), others (5), XPC (14) )である. こ れ ら の タ イ ピ ン グ デ ー タ を with い て ま ず, breast cancer patients between the group of normal group と で ア レ ル poor frequency に が あ る SNP の 検 cable line を っ た が, struck between poor で intentionally な が あ る SNP は recognize め ら れ な か っ た. In patients with に cancer, に is specific to に see られるハプロタ プ プ <s:1> and を test みた. ま ず に initially the heritage 伝 son の ハ プ ロ タ イ プ ブ ロ ッ ク tectonic を Gabriel method に よ り presumption を line っ た. Time に ハ プ ロ タ イ プ ブ ロ ッ ク their に ア レ ル frequency の presumption and び に each person の デ ィ プ ロ タ イ プ の presumption を い, cancer patients group of normal group of poor で frequency に が と あ る ハ プ ロ タ イ プ を 検 cable し た. そ の results NBS1 heritage 伝 son と WRN posthumous son 伝 で intentionally な frequency difference を recognize る ハ プ ロ タ イ プ を with fixed し た. Traces of NBS1 伝 son は 3 つ の ブ ロ ッ ク に points か れ た が, そ の う ち a つ の ブ ロ ッ ク の within 3 つ の SNP か ら な る G - G - G ハ プ ロ タ イ プ の で intentionally に high frequency が carcinoma group い こ と が shown さ れ た (cancer group で の frequency 0.60 vs normal group of 0.51 p = 0.045). ま た WRN posthumous son 伝 は 3 つ の ブ ロ ッ ク に points か れ た が, そ の う ち の a つ の ブ ロ ッ ク の within 2 つ の SNP か ら な る T - G ハ プ ロ タ イ プ で が carcinoma group is interested in high に い こ と が shown さ れ た (cancer group で の frequency 0.23 vs normal group of 0.15 p = 0.048). こ れ ら results は diagnosis に の easy to suffer from sex の 応 possibility with out る が あ り, ま た new た な 発 carcinoma メ カ ニ ズ ム の 発 see に send で き る も の と exam え ら れ た.

项目成果

遺伝子多型の概要

遗传多态性概述

• 发表时间: 2005
• 期刊: Biotherapy 19巻6号
• 作者: 磯村 実