Environmental Assessment Based on Synoptic Molecular Taxonomy of Soil Bacterial DNA

基于土壤细菌DNA概要分子分类的环境评价

• 批准号: 18310009
• 负责人: ITOH Kiminori
• 金额: $ 9.32万
• 依托单位: Yokohama National University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18310009/
• 关键词: 環境計測; 土壌細菌; 鎖長多形; DGGE; SSCP; DNA二次元電気泳動; 生態系; 湖; 複雑系; 食物網; レジームシフト; 多様性; 二次元電気泳動; ランク・アバンダンスプロット; 回復性

環境中で重要な機能を担うにも関わらず、その詳細が不明な土壌細菌群集に関して、実験的・理論的な解析を行った。実験的には、DNA を高い分離能の検出できる二次元電気泳動法と、異なるDNA の集合を全体的に見るための総観的分子分類学に基づいて、新しい評価法を開発した。二次元電気泳動では、それぞれの細菌種を、1 つ1 つのスポットとして得ることができるため、全体の見通しが良い。理論的には、多様性が出現する機構を、「食う・食われる」の関係を表す食物網から検討すると共に、生態系中の非線形な相互作用による動態の解析を行い、典型的な湖汚染であるアオコ(シアノバクテリアの集団)の季節変動や日内変動などの挙動を明らかにした

Important functions in the environment are relevant, detailed, and theoretical. A new method for molecular taxonomy of DNA aggregation was developed based on two-dimensional electrokinetic method. 2-D electric swimming is not good for bacteria species, 1 1 Theory, diversity, emergence, organization, expression of food web, interaction, dynamics, typical lake pollution, seasonal and intraday dynamics, and environmental dynamics

项目成果

Development of a two-dimensional electrophoresis method to study soil bacterial diversity

• DOI: 10.1111/j.1747-0765.2006.00081.x
• 发表时间: 2006-10
• 期刊: Soil Science and Plant Nutrition
• 影响因子: 2
• 作者: Takumi Isshi;Rajendran Narasimmalu;T. Amemiya;K. Itoh

Mathematical modeling of colony formation in algal blooms

藻华中菌落形成的数学模型

• 发表时间: 2008
• 期刊: phenotypic plasticity in cyanobacteria, Ecological Research 23
• 作者: H. Serizawa;T. Amemiya;T. Enomoto;A. G. Rossberg;and K. Itoh
• 通讯作者: and K. Itoh

Two-Dimentional DNA Gel Electrophoresis Mapping: a Novel Approach to Diversity Analysis of Bacterial Communities in Environmental Soil

二维 DNA 凝胶电泳图谱：环境土壤中细菌群落多样性分析的新方法

• 发表时间: 2008
• 期刊: J. Bioscience and Bioengineering 105
• 作者: 佐藤由季;浜崎恒二;A.G. Rossberg;安田忠典;Guohua Liu
• 通讯作者: Guohua Liu

Some properities of the speciation model for food-web structure - Mechanisms for degree distributions and intervality

食物网结构物种形成模型的一些特性 - 程度分布和间隔的机制

• 发表时间: 2006
• 期刊: Journal of Theoretical Biology 238
• 作者: A.G.Rossberg;H.Matsuda;T.Amemiya;K.Itoh
• 通讯作者: K.Itoh

Activities of algicidal bacteria and their influences on microbial communities

杀藻细菌的活性及其对微生物群落的影响

• 发表时间: 2008
• 作者: Shibata K;Amemiya T;Itoh K
• 通讯作者: Itoh K