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食道癌のcDNA・CGHマイクロアレイを用いた癌関連遺伝子の同定と臨床応用

食管癌cDNA/CGH芯片鉴定癌症相关基因及临床应用

基本信息

批准号：
18790964
负责人：
平崎重雄
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University (2007)Kyushu University (2006)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18790964/
关键词：
cDNA CGH マイクロアレイ食道癌

项目摘要

食道癌の発生と進展過程において強く関与する遺伝子群を解明することを目的とした。マイクロタイゼクションの手法を用いて食道癌臨床検体の癌細胞のみを採取した。まずCGHマイクロアレイ(BAC由来の4,030probeで全ゲノムをカバーするもの)を29例でおこない、食道癌細胞のゲノムコピー数変化と生命予後について解析を行い、報告した(Hirasaki, et. al., Oncologist 2007)。食道癌細胞においては11q.13.3領域に約1.1Mbpの増幅領域が複数症例で再現されることと、ゲノム上特定領域のコピー数異常が術後の再発死と有意に関連することを発見した。これらのコピー数異常を示す領域のbreakpointを調べるため、あらたに発売されたオリゴマイクロアレイ(オリゴヌクレオチド由来の244,000probeで全ゲノムをカバーするもの)を14例でおこなった。すると11q13.3(癌遺伝子CCND1の存在部位)での増幅ならびに9p21.1(癌抑制遺伝子CDKN2Aの存在部位)での欠失が複数症例で認められたが、塩基レベルでの増幅/欠失の範囲はそれぞれの症例ですこしずつ異なることが分かった。また、同じ14例で同じくオリゴヌクレオチド由来の44,000probeでmRNAを観察する発現アレイを行った。個々の症例でゲノムコピー数異常がmRNA発現に影響する程度を観察し、同時に症例間で同様の変化が再現されるかを観察した。その結果、11q13.3領域についてはCCND1遺伝子の他、FADD, PPFIA1, TMEM16Aといったような今まで報告が少数であった遺伝子の発現レベルが予後に影響している可能性を認めた。そこで全く別の症例群のcDNAライブラリーを用いreal time RT-PCRを施行したところ、これら遺伝子の発現量の相互関係で、有意差をもって予後を予測できることを発見した。

The development of esophageal cancer is closely related to the development of esophageal cancer. The method of diagnosis and treatment of esophageal cancer CGH is the most common type of cancer in the world.(Hirasaki, et. al.) al., Oncologist 2007)。Esophageal cancer cells in the 11q.13.3 domain of about 1.1 Mbp amplitude domain, multiple cases of recurrence, abnormal number of cells in specific domains, postoperative recurrence, intentional association, were found. The number of probes in the field is different from that in the field. There are 14 cases of breakpoints in the field. 11q13.3(site of presence of cancer gene CCND1), 9p21.1(site of presence of cancer suppressor gene CDKN2A), lack of amplitude, multiple cases, increase in amplitude/lack of amplitude, increase in amplitude, increase in amplitude/lack of amplitude, increase in amplitude, increase in amplitude/lack of amplitude, increase in amplitude In the same way, 14 cases were found to have 44,000 probes for mRNA detection. The extent to which the presence of abnormal mRNA is affected by each individual disease is examined, and the degree to which the same changes occur among the disease is examined. Results, 11q13.3 Field, CCND1, FADD, PPFIA1, TMEM 16A, and a few reports on the occurrence of CCND 1, FADD, PPFIA1, TMEM 16A, and the possibility of future impact. The relationship between the expression of cDNA and the detection of cDNA in all the different disease groups was analyzed by real time RT-PCR.