食道癌のcDNA・CGHマイクロアレイを用いた癌関連遺伝子の同定と臨床応用

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食道癌の発生と進展過程において強く関与する遺伝子群を解明することを目的とした。マイクロタイゼクションの手法を用いて食道癌臨床検体の癌細胞のみを採取した。まずCGHマイクロアレイ(BAC由来の4,030probeで全ゲノムをカバーするもの)を29例でおこない、食道癌細胞のゲノムコピー数変化と生命予後について解析を行い、報告した(Hirasaki, et. al., Oncologist 2007)。食道癌細胞においては11q.13.3領域に約1.1Mbpの増幅領域が複数症例で再現されることと、ゲノム上特定領域のコピー数異常が術後の再発死と有意に関連することを発見した。これらのコピー数異常を示す領域のbreakpointを調べるため、あらたに発売されたオリゴマイクロアレイ(オリゴヌクレオチド由来の244,000probeで全ゲノムをカバーするもの)を14例でおこなった。すると11q13.3(癌遺伝子CCND1の存在部位)での増幅ならびに9p21.1(癌抑制遺伝子CDKN2Aの存在部位)での欠失が複数症例で認められたが、塩基レベルでの増幅/欠失の範囲はそれぞれの症例ですこしずつ異なることが分かった。また、同じ14例で同じくオリゴヌクレオチド由来の44,000probeでmRNAを観察する発現アレイを行った。個々の症例でゲノムコピー数異常がmRNA発現に影響する程度を観察し、同時に症例間で同様の変化が再現されるかを観察した。その結果、11q13.3領域についてはCCND1遺伝子の他、FADD, PPFIA1, TMEM16Aといったような今まで報告が少数であった遺伝子の発現レベルが予後に影響している可能性を認めた。そこで全く別の症例群のcDNAライブラリーを用いreal time RT-PCRを施行したところ、これら遺伝子の発現量の相互関係で、有意差をもって予後を予測できることを発見した。