表在性膀胱癌における全Genome領域のAllelotypingとホモ欠失の解析

浅表性膀胱癌全基因组区域的等位基因分型及纯合缺失分析

• 批准号: 18791133
• 负责人: 千原 良友
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Nara Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18791133/
• 关键词: 表在性膀胱癌; マッピング解析; 染色体欠失; ホモ欠失; DNAチップ

1.方法病理組織学的にTaと診断された膀胱移行上皮癌32例(異型度G1:11,G2:15,G3:6)を対象に、101箇所のShort tandem repeat marker (STR)を用いて全染色体領域のallelic imbalance (AI)をマッピング解析し、この中から無作為抽出した15例についてはGeneChip (Affymetrix社)を用いて約11000箇所のSNPによるAI解析を行い比較検討した。2.結果STR解析では全症例中30%以上の頻度でAIが認められた領域は9p、9q、17p、1qであった。異型度とFAL index (Fractional allelic loss)は正の相関を認め、G3症例では6qのAIが高頻度に認められた。無病再発率と異型度には有意な相関を認めなかったが、FAL index<7%の症例は有意に予後良好であった。GeneChip解析との比較では88%のlocusでAIが一致したが、5q34、8q22 11p15、11p14、18q21、10p15に広範なAIを有する症例が認められ、これらはSTR解析では判定し得なかった領域であった。またGeneChip解析の結果よりホモ欠失を生じている候補領域の一つとしてp16遺伝子の位置する9p21.3が挙げられた。3.まとめGeneChipとSTRを併用することで、より解像度の高いAI解析結果が得られた。Ta表在性膀胱癌における全染色体領域のAIは異型度および予後と関連しており、悪性進展する腫瘍を判別する一助となる可能性が示唆された。今後GeneChip解析において、両alleleのコピー数測定を行い、ホモ欠失候補領域を同定していく予定である。

1. Methods: Pathological and histological diagnosis of 32 cases of transitional epithelial carcinoma of the bladder (atypia G1:11, G2:15, G3:6), 101 laboratory short tandem repeat marker (STR), and allelic imbalance in the whole chromosome field (AI)をマッピングANALYSISし、この中から inaction extractionした15 examplesについてはGeneChip (Affymetrix) Use AI analysis and comparison of approximately 11,000 SNPs. 2. As a result, STR analysis showed that AI recognition areas with a frequency of more than 30% in all cases were 9p, 9q, 17p, and 1q. The degree of abnormality and FAL index (Fractional allelic loss) are positive and relevant, and G3 cases are high-frequency and high-frequency. The disease-free relapse rate and the degree of atypicality are related to each other, and the cases with FAL index<7% are generally good after treatment. GeneChip analysis and comparison is consistent with 88% of locus and AI, 5q34, 8q22 11p15, 11p14, 18q21, 10p15に広法なAIを有する Symptomsがcognizeめられ、これらはSTR analysisではdeterminationしgetなかった区であった.またGeneChip analysis の results よ り ホ モ owed を生 じ て い る candidate field の 一 つ と し て p 16 伝子 の position す る 9 p 21. 3 が げ ら れ た. 3. The combination of the GeneChip and the STR and the high-resolution AI analysis results of the AI ​​were obtained. It expresses the risk of bladder cancer, the degree of atypia in the whole chromosome field, the correlation between the disease and the progression of bladder cancer, and the identification of the possibility of it. In the future, GeneChip will analyze the number of において, 両allele のコピーnumerical measurement and を行い, and the ホモしていく predetermined である.