权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

多谷エネルギー地形モデルによるタンパク質の構造変化機構のシミュレーション研究

利用Taya能量地形模型模拟蛋白质结构变化机制

基本信息

批准号：
07J01067
负责人：
岡崎圭一
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Kobe University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

自ら開発した、タンパク質の構造変化を記述するMultiple-basin modelとリガンドの効果を取り入れるImplicit ligand modelをF_1-ATPaseに適用をした。F_1-ATPaseは、リングサブユニットにある3つの触媒部位でATPを加水分解して、それによって得られた自由エネルギーから回転子γ-サブユニットの回転運動を生み出している。どのようなメカニズムで、化学エネルギーから力学エネルギーに変換されているのか、最近の実験またはシミュレーションにより明らかになりつつある。特にγ-サブユニットの働きに注目をすると、γ-dictator mechanismという考え方がある。これは、γの回転角度によって、各触媒部位のヌクレオチド状態が制御されているという考え方である。この考えを検証するために、まず、γの回転角とADP解離の間のallosteryについてシミュレーションを行った結果、γを正方向に回してやることでADPサイトがopen構造へ構造変化する速度が速くなることを示し、γとADP siteのβの間の相互作用が重要であることを示した。また、80回転を生み出すATP結合、ADP解離の間のallosteryについても解析をして、2つのプロセスのタイトなカップリングにγ-サブユニットの存在が必要不可欠であることを示し、また、γサブユニットの軸を削っていったときの回転への影響に関する実験結果(Furuike et al.Science 319:955(2008))を定性的に再現することができた。これらの結果はともに、γ-dictator mechanismを示唆している。

Self-opening and automatic recording of Multiple-basin model data. The results are imported into the Implicit ligand modeler F _ 1-ATPase file for use. The catalyst parts of the F_1-ATPase, the catalyst, the ATP, the water decomposition, the water decomposition, the temperature, the temperature, Chemistry, mechanics, mechanics, chemistry, mechanics, mechanics, Special attention should be paid to gamma-dictator mechanism and gamma-ray. The temperature, the angle of return, and the status of each part of the catalyst are measured. In this paper, we tested the results of the ADP separation of the allostery, the ADP, the gamma-ray, the speed, the γ-ADP site, the β-ray interaction, the speed, the temperature, the speed, the temperature, the speed, the speed, For the first time and 80 times, the combination of ATP, the analysis of allostery and the analysis of ADP in the quarantine room, and the presence of γ-ray, γ-ray, and so on, are necessary. The results of the results (Furuike et al.Science 319