Identification of DNA markers and promoters for rice cold tolerancebreeding using SuperSAGE

イネ栽培過程において最も強く低温による障害をうける出穂前の葯および花粉におけるSuperSAGE法を用いた網羅的な遺伝子発現解析を試みた。耐冷性の強い品種ひとめぼれと弱い品種ササニシキの穂ばらみ期の植物体を各々28℃および15℃で1日間処理し、各試料の凍結切片から葯組織、花粉を各々レーザーマイクロダイセクション装置を用いて単離し、RNA抽出を行った。抽出したRNAは増幅を行った後にSuperSAGE法による遺伝子発現解析に供試した。これらの試料での解析を行うに当たって近年に急速に進歩した次世代DNAシークエンサーを活用したSuperSAGE法の確立を行った。454社の機器を用いたSuperSAGE法を確立後に花粉等の試料の遺伝子発現解析を実施して10万タグ以上の花粉および葯壁の遺伝子発現情報を収集した。花粉については低温処理区との発現データ比較により低温応答性遺伝子候補を多数見出した。またDNAマーカー探索のために独自にイネインド型品種の全ゲノム配列解析を実施してSNPs情報を収集した。これらの情報を組み合わせて耐冷性プロモーター、マーカーの同を進めている。

イネ栽培過程において最も強く低温による障害をうける出穂前の葯および花粉におけるSuperSAGE法を用いた網羅的な遺伝子発現解析を試みた。耐冷性の強い品種ひとめぼれと弱い品種ササニシキの穂ばらみ期の植物体を各々28℃および15℃で1日間処理し、各試料の凍結切片から葯組織、花粉を各々レーザーマイクロダイセクション装置を用いて単離し、RNA抽出を行った。抽出したRNAは増幅を行った後にSuperSAGE法による遺伝子発現解析に供試した。これらの試料での解析を行うに当たって近年に急速に進歩した次世代DNAシークエンサーを活用したSuperSAGE法の確立を行った。454社の機器を用いたSuperSAGE法を確立後に花粉等の試料の遺伝子発現解析を実施して10万タグ以上の花粉および葯壁の遺伝子発現情報を収集した。花粉については低温処理区との発現データ比較により低温応答性遺伝子候補を多数見出した。またDNAマーカー探索のために独自にイネインド型品種の全ゲノム配列解析を実施してSNPs情報を収集した。これらの情報を組み合わせて耐冷性プロモーター、マーカーの同を進めている。