Identification of DNA markers and promoters for rice cold tolerancebreeding using SuperSAGE

利用 SuperSAGE 鉴定水稻耐冷育种的 DNA 标记和启动子

• 批准号: 18688001
• 负责人: MATSUMURA Hideo
• 金额: $ 18.89万
• 依托单位: Iwate Biotechnology Research Center
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18688001/
• 关键词: イネ; 耐冷性; 花粉; 遺伝子発現; SuperSAGE; 次世代DNAシークエンサー; 遺伝子発現解析

イネ栽培過程において最も強く低温による障害をうける出穂前の葯および花粉におけるSuperSAGE法を用いた網羅的な遺伝子発現解析を試みた。耐冷性の強い品種ひとめぼれと弱い品種ササニシキの穂ばらみ期の植物体を各々28℃および15℃で1日間処理し、各試料の凍結切片から葯組織、花粉を各々レーザーマイクロダイセクション装置を用いて単離し、RNA抽出を行った。抽出したRNAは増幅を行った後にSuperSAGE法による遺伝子発現解析に供試した。これらの試料での解析を行うに当たって近年に急速に進歩した次世代DNAシークエンサーを活用したSuperSAGE法の確立を行った。454社の機器を用いたSuperSAGE法を確立後に花粉等の試料の遺伝子発現解析を実施して10万タグ以上の花粉および葯壁の遺伝子発現情報を収集した。花粉については低温処理区との発現データ比較により低温応答性遺伝子候補を多数見出した。またDNAマーカー探索のために独自にイネインド型品種の全ゲノム配列解析を実施してSNPs情報を収集した。これらの情報を組み合わせて耐冷性プロモーター、マーカーの同を進めている。

In the process of cultivation, the most intense low temperature, the most harmful, the most harmful, the most harmful. Cold tolerance of strong varieties, weak varieties, early stage plants, each at 28℃ to 15℃ for 1 day treatment, frozen sections of each sample, drug tissue, pollen, each of the cold tolerance of strong varieties, weak varieties, early stage plants, each of the cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance of weak varieties, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance, cold tolerance of strong varieties, cold tolerance, cold RNA amplification was followed by SuperSAGE analysis. In recent years, rapid progress has been made in the analysis of samples. The SuperSAGE method was used to analyze the occurrence of pollen and other samples, and to collect the occurrence information of pollen and drug wall with more than 100,000 samples. Pollen samples were collected from the low temperature processing area and most of the candidate samples were collected from the low temperature processing area The analysis of SNPs information was carried out in order to explore the genetic diversity of the species. This information is combined with the cold resistance and the heat resistance.

项目成果

The Handbook of Plant Functional Genomics

植物功能基因组学手册

• 发表时间: 2008
• 作者: 竹本研;永井健治;宮脇敦史;三浦正幸;Ryohei Terauchi
• 通讯作者: Ryohei Terauchi

SuperSAGE: the drought stress-responsive transcriptome of chickpea roots.

• DOI: 10.1186/1471-2164-9-553
• 发表时间: 2008-11-24
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Molina C;Rotter B;Horres R;Udupa SM;Besser B;Bellarmino L;Baum M;Matsumura H;Terauchi R;Kahl G;Winter P
• 通讯作者: Winter P

SuperSAGE : The most advanced transcriptome technology for functional genomics. Handbook of plant functional genomics

SuperSAGE：最先进的功能基因组转录组技术。

• 作者: Terauchi;R.;Matsumura;H.;Krueger;D. H.;Kahl;G. SuperSAGE
• 通讯作者: G. SuperSAGE

SuperSAGEアレイ法

SuperSAGE 数组方法

• 发表时间: 2008
• 期刊: 遺伝子医学Mook 10
• 作者: Medina;C.M;永井健治;松村英生
• 通讯作者: 松村英生

イネゲノム育種への次世代シークエンシング技術の活用

利用下一代测序技术进行水稻基因组育种

• 发表时间: 2009
• 作者: 永井健治;小寺一平;松村英生
• 通讯作者: 松村英生