Digital gene expression QTL analysisas an efficient gene mapping tool

数字基因表达QTL分析作为有效的基因定位工具

• 批准号: 22380009
• 负责人: MATSUMURA Hideo
• 金额: $ 11.81万
• 依托单位: Shinshu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22380009/
• 关键词: ゲノム育種; 遺伝子発現解析; DNA マーカー; ゲノム多型; 遺伝子発現; 次世代シークエンサー; 連関解析; イネ; デジタル遺伝子発現解析; 次世代DNAシークエンサー; 遺伝子発現QTL; Recombinant Inbred Line; 遺伝子型タイピング

We aimed at developing a novel QTL (quantitative trait locus) mapping procedure based on genome-wide gene expression analysisdata in rice. In the present study, quantitative digital gene expression analysis method was developed, allowed to analyzing expression of thousands of gene in multiple samples, like segregated individuals. Additionally, a novel tool for exploring DNA polymorphisms was also established and it enabled to genotyping many loci at a time. These techniques were basis of digital expression QTL analysis.

我们的目标是基于水稻全基因组基因表达分析数据开发一种新的QTL（数量性状位点）定位程序。在本研究中，定量数字化基因表达分析方法的发展，允许分析成千上万的基因在多个样品中的表达，如隔离的个人。此外，还建立了一种探索DNA多态性的新工具，它能够一次对许多位点进行基因分型。这些技术为数字化表达QTL分析奠定了基础。

项目成果

RAD-tag 解析法によるイネRecombinant Inbred Lines (RILs) のゲノムワイドな多型解析

使用 RAD 标签分析方法对水稻重组自交系 (RIL) 进行全基因组多态性分析

• 发表时间: 2012
• 作者: 音川俊太郎;阿部陽;寺内良平;松村英生
• 通讯作者: 松村英生

RAD-tag解析法によるイネRecombinant Inbred Lines (RILs) のゲノムワイドな多型解析

使用 RAD 标签分析方法对水稻重组自交系 (RIL) 进行全基因组多态性分析

• 发表时间: 2012
• 作者: 鳥塚悠太;今村順;肥塚信也;河西めぐみ・種田晃人・金澤章;佐藤 豊;音川俊太郎
• 通讯作者: 音川俊太郎

次世代シーケンサーを利用したタグによる遺伝子発現解析

使用下一代测序仪使用标签进行基因表达分析

• 发表时间: 2013
• 期刊: 生物科学
• 作者: Shinya Nakamura;Shoji Mano;Yuji Tanaka;Masato Ohnishi;Chihiro Nakamori;Masami Araki;Tomoko Niwa;Mikio Nishimura;Hironori Kaminaka;Tsuyoshi Nakagawa;Yutaka Sato;Sumie Ishiguro;松村英生,寺内良平
• 通讯作者: 松村英生,寺内良平

Tag-based Nex Generation Sequencing

基于标签的下一代测序

• 发表时间: 2012
• 作者: Nakagome S;Mano S;L.Kozlowski;J.M.Bujnicki;Shibata H;Fukumaki Y;J.R.Kidd;K.K.Kidd;Kawamura S;Oota H.;Hideo Matsumura
• 通讯作者: Hideo Matsumura

Tag-based next generation sequencing /

• 发表时间: 2012
• 作者: M. Harbers;G. Kahl