RNAヘリカーゼ活性をもつ分岐状DNA-PNAハイブリッドアンチセンス核酸の開発

具有RNA解旋酶活性的分支DNA-PNA杂合反义核酸的开发

• 批准号: 18750142
• 负责人: 森口 朋尚
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: Gunma University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18750142/
• 关键词: 人工核酸; アンチセンス核酸; 分岐型核酸; ペプチド核酸

本研究は、mRNAの形成している高次構造を解消しながら、相補的配列に配列特異的に結合することができる新規人工核酸分子の創製を目指している。本研究で、標的としている新規人工核酸分子は、人工DNA鎖の途中の部分から分岐した形でPNA分子が延長した構造をしている。分岐部分の構造は、デオキシウリジンの5位にカルボキシメチル基を導入したヌクレオシド類縁体を用い、ここにヘキサメチレンリンカーを介してPNA鎖を連結するようになっている。2年目の本年度は、前年の知見を元に、DNA-PNAハイブリッド形成反応の更なる検討を行った。ハイブリッド形成反応を通常のDNA固相合成で用いられているCPGを用いて行ったところ、ハイブリッドを得ることができなかった。この原因としてCPG固相表面上での反応性が低いことが原因として考えられたので、より有機溶媒への親和性が高い高架橋型ポリスチレン(HPS)を用いて同様の反応の検討を行った。HPSを用いた修飾DNAの合成は、従来型のCPG固相担体を用いた場合とほぼ同等の収率で合成できることがわかり、HPSを用いても5位置換修飾ウリジンを含む修飾DNAが合成できることが明らかになった。つぎに、ハイブリッド体の形成反応の検討を行った。縮合剤、溶媒等種々反応条件を検討したが、目的とするハイブリッド体の形成を確認することはできなかった。これらの問題を解決するために、DNAとPNAの結合部分の構造を当初のアミド結合から、反応性が高いチオカルバミル結合などに替えた誘導体の合成を行っていく予定である。

This study focused on the creation and creation of new artificial nucleic acid molecules based on the formation and elimination of higher-order structures of mRNA and the combination of complementary alignment and alignment-specific alignment. The subject of this study is the construction of a new artificial nucleic acid molecule, a part of the artificial DNA lock that is divided into two parts, and a PNA molecule that is shaped and extended. The structure of the bifurcated part, the デオキシウリジンの5-bit にカルボキシメチルbaseを import したヌクレオシド class縁体を用い、ここにヘキサメチレンリンカーを Introduction してPNA lock をconnection するようになっている. The 2-year project of the current year, the previous year's knowledge of the situation, and the DNA-PNA system formed the back-end of the current year. HYDROXY CP Gを用いて行ったところ、ハイブリッドを得ることができなかった. The reason for the low reactivity on the surface of the CPG solid phase is the low resistance of the CPG solid phase. The affinity of the organic solvent is high and the viaduct type HPS (HPS) is used in the same way. HPS can be used for the synthesis of modified DNA, and the derived type CPG solid phase support can be used in situations where the same yield can be achieved.とがわかり, HPSを modified ウリジンをcontaining む modified DNA with いても5-position replacement, synthesized できることが明らかになった.つぎに、ハイブリッド体の Formation of 濜の検検を行った. Condensation agents, solvents, etc. can be used to react against conditions such as とするハイブリッドbody formation and confirm することはできなかった. The solution to the problem was solved, and the structure of the binding part of DNA and PNA was originally combined.ら、High reactive いチオカルバミル combined with the などにsubstituted えた inducer and のsynthetic を行っていく predetermined である.

项目成果

Synthesis and Properties of Novel Oligodeoxynucleotides Containing 6,3'-Methanodeoxyuridine

新型6,3-甲基脱氧尿苷寡脱氧核苷酸的合成及性质

• 发表时间: 2008
• 期刊: Chemistry Letters 37(印刷中)
• 作者: M. Ikeda;T. Hasegawa;M. Numata;K. Sugikawa;K. Sakurai;M. Fujiki;and S. Shinkai;沼田宗典;F.Gu;橋詰 峰雄;D.Minamida;D.Minamida;Tomohisa Moriguchi
• 通讯作者: Tomohisa Moriguchi

シリル化ピレンで標識化された人工DNAの合成と性質

硅烷化芘标记的人工DNA的合成及性质

• 发表时间: 2008
• 作者: M. Ikeda;T. Hasegawa;M. Numata;K. Sugikawa;K. Sakurai;M. Fujiki;and S. Shinkai;沼田宗典;F.Gu;橋詰 峰雄;D.Minamida;D.Minamida;Tomohisa Moriguchi;Tohru Sekiguchi;Kazuo Shinozuka;森口朋尚;森口 朋尚
• 通讯作者: 森口 朋尚

Novel sequence-responding fluorescent oligoDNA probe bearing a silylated pyrene molecule

带有硅烷化芘分子的新型序列响应荧光寡DNA探针

• 发表时间: 2007
• 期刊: Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 17
• 作者: M. Ikeda;T. Hasegawa;M. Numata;K. Sugikawa;K. Sakurai;M. Fujiki;and S. Shinkai;沼田宗典;F.Gu;橋詰 峰雄;D.Minamida;D.Minamida;Tomohisa Moriguchi;Tohru Sekiguchi
• 通讯作者: Tohru Sekiguchi

Synthesis, duplex-forming ability and fluorescent property of oligoDNA bearing silylated fluorophore

带有硅烷化荧光团的寡DNA的合成、双链体形成能力和荧光性质

• 发表时间: 2007
• 期刊: Nucleic Acids Symposium Series 51
• 作者: M. Ikeda;T. Hasegawa;M. Numata;K. Sugikawa;K. Sakurai;M. Fujiki;and S. Shinkai;沼田宗典;F.Gu;橋詰 峰雄;D.Minamida;D.Minamida;Tomohisa Moriguchi;Tohru Sekiguchi;Kazuo Shinozuka
• 通讯作者: Kazuo Shinozuka

Synthesis and duplex-forming property of oligonucleotides bearing a novel polyamine-modified intercalator at the terminal or the internal position

末端或内部带有新型多胺修饰嵌入剂的寡核苷酸的合成和双链体形成特性

• 发表时间: 2006
• 期刊: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 25
• 作者: M. Ikeda;T. Hasegawa;M. Numata;K. Sugikawa;K. Sakurai;M. Fujiki;and S. Shinkai;沼田宗典;F.Gu;橋詰 峰雄;D.Minamida;D.Minamida;Tomohisa Moriguchi;Tohru Sekiguchi;Kazuo Shinozuka;森口朋尚
• 通讯作者: 森口朋尚