Protein folding simulation on the large scale computer system

大规模计算机系统上的蛋白质折叠模拟

• 批准号: 19300101
• 负责人: OTA Motonori
• 金额: $ 11.98万
• 依托单位: Nagoya University (2008-2009)Tokyo Institute of Technology (2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19300101/
• 关键词: 分子動力学; シミュレーション; スーパーコンピュータ; 軌道解析技術

Because of the progress of computational technology, a large scale calculation that would be unrealistic a couple of years ago, becomes realistic nowadays. In this study, we conducted protein folding simulations on the large scale computers, and analyzed large amount of data produced by the simulations, using newly developed techniques. We simulated folding of Trp-Cage and λrepressor, and developed the multiple trajectory alignment, the partial order trajectory alignment, the itinerary profile.

由于计算技术的进步，几年前不现实的大规模计算，现在变得现实了。在这项研究中，我们在大型计算机上进行了蛋白质折叠模拟，并使用新开发的技术分析了模拟产生的大量数据。模拟了Trp-Cage和λ抑制因子的折叠过程，建立了多轨迹对准、偏序轨迹对准和行程轮廓。

项目成果

タンパク質間相互作用およびドメイン間相互作用ネットワークの構築と比較

蛋白质-蛋白质相互作用和域-域相互作用网络的构建和比较

• 发表时间: 2009
• 作者: 奥野晃裕;他
• 通讯作者: 他

Protein structural change upon ligand binding correlates with enzymatic reaction mechanism

• DOI: 10.1016/j.jmb.2008.04.019
• 发表时间: 2008-06-06
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 5.6
• 作者: Koike, Ryotaro;Amemiya, Takayuki;Kidera, Akinori
• 通讯作者: Kidera, Akinori

Motion Tree 法による蛋白質の階層的構造変化の解析

使用运动树方法分析蛋白质的层次结构变化

• 发表时间: 2009
• 作者: 小池亮太郎;他
• 通讯作者: 他

An evaluation of minimal cellular functions to sustain a bacterial cell

• DOI: 10.1186/1752-0509-3-111
• 发表时间: 2009-11-28
• 期刊: BMC SYSTEMS BIOLOGY
• 作者: Azuma, Yusuke;Ota, Motonori
• 通讯作者: Ota, Motonori

タンパク質間相互作用面での Hotspot におけるアミル酸置換

蛋白质-蛋白质相互作用热点中的淀粉酸取代

• 发表时间: 2009
• 作者: 西羽美;太田元規
• 通讯作者: 太田元規