statistical model for protein expression data analysis and its application to individualized medicine for cancer patients

蛋白质表达数据分析统计模型及其在癌症患者个体化医疗中的应用

• 批准号: 19500250
• 负责人: MIYATA Satoshi
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19500250/
• 关键词: プロテオーム情報処理; 蛋白発現データ; adaptive density estimation; adaptive model selection; adaptive regression spline; adaptive model selection criterion

質量分析計からの二次元蛋白データは、相関構造を持ったTOF/MSデータの集合であり、蛋白発現プロファイルの関数データの抽出にはinhomogeneously smoothな関数の平滑化が必要である。このため、不連続点あるいは微分不能な点を含む目的関数を、ノイズを含んだデータから推定するのに適したadaptive free-knot splineの理論的研究およびプログラム開発を行った。また、蛋白発現データを微分不能な点を持つ確率分布から得られたものと解釈し、きわめて特異な確率密度関数の推定問題として研究した。さらにこれらを用いた判別問題への応用も検討したこれら不均一な滑らかさを持つ関数データの抽出、確率密度関数の推定、判別問題の解決は、多重節点を持つスプライン関数を用いてモデル化された。スプライン関数のtuning parameterである節点の最適化は、適応型モデル選択基準 (adaptive model selection criterion) を最適化することで行われた。この最適化問題は複雑な非線形問題となるが、遺伝的アルゴリズムを適用することで、大域的な最適解を探索することで解決した研究の成果は、日本癌学会学術総会、統計関連学会連合大会などの国内学会、および、台北大学で行われた中国統計学会、日本統計学会、韓国統計学会合同のjoint statistical conference of CSA-JSS-KSSでの招待講演で報告した。また主要研究成果は論文発表のため投稿準備中である

Mass analysis is necessary to extract the two-dimensional protein data, to maintain the TOF/MS data set, to extract the protein data, and to smooth the data inhomogeneously. A theoretical study on adaptive free-knot spline is carried out. A study on the estimation of the specific accuracy density of protein discovery and protein differentiation In addition, it is used to determine the problem, such as the problem of non-uniformity, the problem of non-uniformity, and the problem of non-uniformity. Optimization of tuning parameters of the relevant nodes, optimization of adaptive model selection criteria and optimization of tuning parameters The results of this research include the Academic Conference of the Japanese Cancer Society, the Joint Conference of the Statistical Association, the National Society of China Statistical Society, the Statistical Society of Japan, Taipei University, etc. Report on the joint statistical conference of CSA-JSS-KSS contract Main research results are in preparation for submission

项目成果

Identification of the Molecular Mechanisms for Dedifferentiation at the Invasion Front of Colorectal Cancer by a Gene Expression Analysis

• DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-08-0370
• 发表时间: 2008-11
• 期刊: Clinical Cancer Research
• 影响因子: 11.5
• 作者: Y. Oku;Takashi Shimoji;K. Takifuji;T. Hotta;S. Yokoyama;K. Matsuda;Takashi Higashiguchi;Toshiji Tominaga;T. Nasu;Koichi Tamura;Masaaki Matsuura;Satoshi Miyata;Yo Kato;Hiroki Yamaue;Yoshio Miki

Inference on biological mechanisms using an integrated phenotype prediction model.

使用集成表型预测模型推断生物机制。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Hiroshima Journal of Medical Sciences 57
• 作者: Enomoto;Y. Ushijima;M. Miyata;S;Matsuura. M. and Ohtaki;M.
• 通讯作者: M.

Gene expression profiles related with dedifferentiation at the invasion front of colorectal cancer

结直肠癌侵袭前沿与去分化相关的基因表达谱

• 发表时间: 2007
• 作者: Yoshimasa Oku;Yakashi Shimoji;Masaaki Matsuura;Satoshi Miyata;Katsunari Takifuji;Tsukasa Hotta;Yo Katou;Tetsuo Noda;Yoshio Miki
• 通讯作者: Yoshio Miki

Common peak approach by semi-supervised learning using mass spectrometry datasets for predicting effects on anticancer drugs on breast cancer

使用质谱数据集进行半监督学习的共峰方法用于预测抗癌药物对乳腺癌的作用

• 发表时间: 2007
• 期刊: Cancer Informatics 3
• 作者: Ushijima M;Miyata S;Eguchi S;Kawakita M;Yoshimoto M;Iwase T;Akiyama F;Sakamoto G;Nagasaki K;Miki Y;Noda T;Hoshikawa Y;Matsuura M.
• 通讯作者: Matsuura M.

Association of Cytologic Micropapillary Clusters with Lymphatic Spread in Clinical Stage I Lung Adenocarcinomas

细胞学微乳头簇与临床 I 期肺腺癌淋巴扩散的关系

• 发表时间: 2009
• 期刊: Lung Cancer Vol.64, No.3
• 作者: Satoh;Y.;Hoshi;R.;Horai;T.;Okumura;Nakagawa;K.;Ishikawa;Y.;Miyata;S
• 通讯作者: S