An attempt to analysis of protein expression data as functional data, and cancer individualization diagnosis

将蛋白质表达数据分析为功能数据的尝试以及癌症个体化诊断

• 批准号: 22500271
• 负责人: MIYATA Satoshi
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tohoku University (2012)Japanese Foundation For Cancer Research (2010-2011)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22500271/
• 关键词: ゲノム統計解析; 関数データ解析; 非線型回帰; 統計数学; 非線形回帰

To extract functional data from protein expression profile, smoothing for functions with locally different smoothness was applied. We developed theoretical investigation of adaptive free-knot splines (AFKS), and implemented programing for it. We also interpreted that protein expression profile is obtained from probability distributions with indifferentiable points, and we analyzed estimation problem of extremely illegal probability distributions. The optimization of knots of spline functions was attained by optimizing the adaptive model selection criterion (AMSC) with evolutionary algorithms.

为了从蛋白质表达谱中提取功能数据，应用具有局部不同平滑度的函数的平滑。对自适应自由结点样条（AFKS）进行了理论研究，并实现了AFKS的程序设计，解释了蛋白质表达谱是由不可微点的概率分布得到的，分析了极端非法概率分布的估计问题。利用进化算法优化自适应模型选择准则，实现样条函数节点的优化。

项目成果

イメージング質量分析データに基づいて領域を判別するソフトウェアの開発

开发基于成像质谱数据确定区域的软件

• 发表时间: 2011
• 作者: 梶原茂樹;保坂蔵人;宮田敏;早坂孝宏;井上菜穂子;正木紀隆;久保亜希子;涌井昌俊;矢尾育子;小河潔;瀬藤光利;松浦正明
• 通讯作者: 松浦正明

Prediction of response to cancer chemotherapy by generalized additive model

通过广义相加模型预测癌症化疗的反应

• 发表时间: 2010
• 作者: Miyata;S.;Matsuura;M.
• 通讯作者: M.

Application of generalized additive models to prediction of response to cancer chemotherapy

广义相加模型在预测癌症化疗反应中的应用

• 发表时间: 2010
• 作者: Miyata;S.;Matsuura;M.
• 通讯作者: M.

Tribl links the MEKI;ERK pathway in myeloid leukemogenesis

Tribl 将 MEKI;ERK 通路与髓系白血病发生联系起来

• 发表时间: 2010
• 期刊: Blood
• 影响因子: 20.3
• 作者: Takashi Y.;Miyata.S.;et al.
• 通讯作者: et al.

New software for imaging mass spectrometry data

用于成像质谱数据的新软件

• 发表时间: 2012
• 作者: Masaaki Matsuura;Masaru Ushijima;Akiko Yuba-Kubo;Masatoshi Wakui;Mitsuyo Ohmura;Kurando Hosaka;Takahiro Hayasaka;Noritaka Masaki;Satoshi Miyata;Ikuko Yao;Mitsutoshi Setou;Kiyoshi Ogawa;Shigeki Kajihara
• 通讯作者: Shigeki Kajihara