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異物排出トランスポーター発現制御ネットワーク解析ならびにその生理機能解明

异物外排转运蛋白表达控制网络分析及其生理功能阐明

基本信息

批准号：
08J04644
负责人：
二階堂英司
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度はサルモネラ異物排出トランスポーターAcrABの発現制御因子であるRamRの結晶構造解析と基質認識機構の解明に取り組んだ。RamRはAcrABアクチベーターのRamAを誘導し、AcrABを誘導する。まず、RamRの結晶化を行い、X線結晶構造解析を行った。RamRはホモダイマーであり、TetR familyに特徴的な構造であった。RamRは9個のα-helixにより構成されていた。また、α1からα3にかけて構成された3 helix budle構造は、helix-turn-helix motifであったことから、RamRのDNA結合ドメインであることが示唆された。また、α4からα9にかけて、空隙が存在することから、RamRはこの部分に基質を収容する可能性が示唆された。そこで、次に、基質とRamRとの相互作用様式について検討を行った。EthidiumおよびRhodaime 6GはRamRを介して、RamAを誘導することが分かった。そこで、EthidiumまたはRhodamine 6GとRamRとの共結晶化を行い、両化合物との複合体構造解析に成功した。その結果、両化合物ともα4からα9にかけて構成される空隙に結合することが分かった。また、RamRの両化合物の認識は、RamRのPhe155を介したπ-πstacking相互作用と複数の水素結合によって行われていることが分かった。また、EthidiumおよびRhodamine 6Gと水素結合するRamR残基は異なることから、RamRは基質をマルチサイト結合により認識していることが分かった。

This year, the crystal structure analysis of RamR and the analysis of matrix recognition mechanism were selected. RamR and AcrAB are both induced by RamA. In addition, the crystallization of RamR and the analysis of X-ray crystal structure were carried out. RamR RamR is composed of 9 α-helix elements.α1 α3 α 2 α 3 α 4 α 5 α 6 α 7 α 8 α 9 The possibility of a gap between α4 and α9 is shown.そこで、次に、基质とRamRとの相互作用様式について検讨を行った。Ethidium and Rhodaime 6G are both RamR and RamA. The co-crystallization of Rhodamine 6G and RamR was successfully carried out, and the structural analysis of the complex of Rhodamine 6G and RamR was successful. As a result, the compound α4 and α9 are combined to form a gap between them. The understanding of RamR and Phe155 is based on π-πstacking interaction and complex water binding. RamR residues are different from those of Rhodamine 6G and Rhodamine 6G.