HIV-1プロテアーゼによる基質認識機構の解明

HIV-1蛋白酶底物识别机制的阐明

• 批准号: 08J06329
• 负责人: 大出 裕高
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08J06329/
• 关键词: HIV; ウイルス; 分子動力学法; 基質選択; 分子動力学

HIV-1プロテアーゼは、感染細胞内で、HIV-1の前駆体蛋白質中の10箇所程度の切断箇所を"順序よく"切断していく。この順序だった切断はHIV-1の増殖に必須であるものの、その制御機構はいまだにはっきりと理解されていない。この制御機構を理解することで、HIV-1の増殖機構の理解が深まり、新規の薬物の標的が発見されることも期待される。報告者は、平成22年度において、上述の制御機構に関する研究をまとめ、平成21年度において国際雑誌に投稿に至った英語論文について、論文の改訂を行った。改定後、論文は受理に至った(Ode H., Yokoyama M., Kanda T., Sato H.: Identification of Folding Preferences of Cleavage Junctions of HIV-1 Precursor Proteins for Regulation of Cleavability J. Mol. Model., 17, 391-9 (2011).)。さらに報告者は、前駆体タンパクの切断反応において切断速度を制御する因子をより深く理解するため、HIV-1プロテアーゼの切断反応サイクルのシミュレーションを観察する方法論の検討に着手した。HIV-1 HXB2株の基質結合時、基質非結合時のHIV-1プロテアーゼの構造の動的挙動について、計算機科学の手法で観察が可能かの検討を行った。計算機科学の手法のひとつである分子動力学法(MD)の結果、基質非結合時のHIV-1プロテアーゼは、10ナノ(10^<-9>)秒程度のシミュレーションにて、"ふた"となるFlap領域が広がり基質の結合部位が広がることを観察した。一方で、基質結合時のHIV-1プロテアーゼでは、10ナノ秒程度のシミュレーションでは、Flap領域はふたをしたまま、広がることはなかった。このことから、MDを用いれば、タンパクの動的観察を観察可能なことが示唆された。しかしながら、MDでの観察では非常におおくの時間が必要であったため、代替法の必要性が考えられた。

HIV-1 is a highly selective, highly selective, and highly selective protein. This sequence is necessary to cut off HIV-1 reproduction, and the regulatory agencies are responsible for this. The regulatory framework for HIV-1 infection is well understood, and new drug targets are expected. The reporter is responsible for the research related to the above-mentioned regulatory agencies in 2012, and the contribution to the international journal in 2012 to the English paper revision. After the revision, the paper will be accepted until ta (Ode H., Yokoyama M., Kanda T., Sato H.: Identification of Folding Preferences of Cleavage Junctions of HIV-1 Precursor Proteins for Regulation of Cleavability J. Mol. Model., 17, 391-9 (2011).)。A methodological study of HIV-1 virus infection control factors was carried out. HIV-1 HXB2 strain in matrix binding, matrix non-binding of the structure of the dynamic analysis, computer science methods to detect possible detection The results of molecular dynamics (MD) method in computer science, HIV-1 expression in matrix non-binding, 10-second level of HIV-1 expression in matrix non-binding<-9>,"Flap" field, and matrix binding sites were observed. The HIV-1 gene expression in a single, substrate-binding region is expressed in a single, 10-second-order manner, and in a single, Flap domain. This is the first time I've ever seen a person who's been in a situation where I've been in a The time is necessary, the necessity of substitution is necessary.

项目成果

HIV-1前駆体蛋白質の切断効率を制御する構造特性

控制 HIV-1 前体蛋白切割效率的结构特性

• 发表时间: 2009
• 作者: 大出裕高;ほか
• 通讯作者: ほか

Identification of folding preferences of cleavage junctions of HIV-1 precursor proteins for regulation of cleavability

• DOI: 10.1007/s00894-010-0739-z
• 发表时间: 2011-02-01
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR MODELING
• 影响因子: 2.2
• 作者: Ode, Hirotaka;Yokoyama, Masaru;Sato, Hironori
• 通讯作者: Sato, Hironori

Impact of Human Leukocyte Antigen-B^*51-restricted Cytotoxic T-lymphocyte Pressure on Mutation Patterns of Nonnucleoside Reverve Transcriptase Inhibitor Resistance.

人白细胞抗原-B^*51 限制性细胞毒性 T 淋巴细胞压力对非核苷逆转录酶抑制剂耐药性突变模式的影响。

• 发表时间: 2010
• 期刊: AIDS 24
• 作者: Gatanaga;H.;et al.
• 通讯作者: et al.

ゲノミクスと計算科学の手法に基づく薬剤耐性予測の研究

基于基因组学和计算科学方法的耐药性预测研究

• 发表时间: 2010
• 作者: 佐藤裕徳;ほか;大出裕高
• 通讯作者: 大出裕高

HIVの構造と感染・増殖の分子機構

HIV的结构及感染和增殖的分子机制

• 发表时间: 2009
• 期刊: 日本臨床 67
• 作者: 佐藤裕徳;ほか
• 通讯作者: ほか