课题基金 / 基金详情

高精度電子移動理論による電気伝導性DNAの分子モデリング設計

高精度電子移動理論による電気伝導性DNAの分子モデリング設計
利用高精度电子转移理论进行导电DNA分子建模设计
批准号:
08J10066
负责人:
松井 亨
金额:
$0.77万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2008
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2008 至 2009

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项目成果

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今年度の研究においては導電性のモデリングを行うため、より導電性の高い金属含有DNAを模索した。チミンミスマッチは水銀イオンを取り入れることで分子軌道が塩基対全体に非局在化するのみならず、スタック方向にも広がることが密度汎関数法を用いた計算により分かった。一方で、人工DNAとよばれる核酸塩基に似た塩基に関して、近年硫黄原子を塩基内に取り込むことで柔らかい金属イオン(Ni,Pd,Pt)を取り入れられることが分かっている。ただ、この人工DNAは実験ではUV-Visスペクトルや質量スペクトルでしかデータの裏付けが取れていないことから、理論によるアプローチを試みた。その結果、金属が塩基対間に入るときのみUV-Visスペクトルに変化が起こることを示すことができ、実験の結果を裏付けることに成功した。また、昨年の研究と同様に分散力の補正を加えた計算を用いてこれらの塩基対もスタックすることを示した。導電性の計算を行うにあたり、相互作用項の求め方を従来の摂動を用いるものから直接計算する形に変えることで、より実験結果に近い値を導出することに成功した。これを用いて、水銀イオンを含むミスマッチ塩基対や硫黄原子を含む人工DNAについて導電性を計算した所、水銀のスタックにより導電性が大幅に向上すること、人工DNAにおいては重い金属であるほどに導電性が向上することが分かった。これら一連の計算は合成されて間もない金属-DNA系の安定性や光学特性、電気伝導度に逸早くアプローチしたものである。
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会议论文
金属イオンを内包したチミンミスマッチ塩基対に関する理論的研究
含金属离子胸腺嘧啶错配碱基对的理论研究
DOI: --
发表时间: 2009
期刊:
影响因子: --
作者: [Yuki Igarashi, Takeo Igarashi Hiromasa Suzuki, 松井亨]
通讯作者: 松井亨
金属イオンを含む人工DNAに関する理論的研究
含金属离子人工DNA的理论研究
DOI: --
发表时间: 2008
期刊:
影响因子: --
作者: [松井亨, 宮地秀明, 佐藤健, 重田育照, 平尾公彦]
通讯作者: 平尾公彦
DOI: 10.1021/jp9045319
发表时间: 2009-08
期刊: The journal of physical chemistry. B
影响因子: --
作者: [Toru Matsui;Hideaki Miyachi;Yasuyuki Nakanishi;Y. Shigeta;Takeshi Sato;Y. Kitagawa;M. Okumura;K. Hira]
通讯作者: Toru Matsui;Hideaki Miyachi;Yasuyuki Nakanishi;Y. Shigeta;Takeshi Sato;Y. Kitagawa;M. Okumura;K. Hira
Sequence dependent proton-transfer reaction in stacked GC pair I : The possibilities of proton-transfer reaction
堆叠 GC 对 I 中的序列依赖性质子转移反应:质子转移反应的可能性
DOI: --
发表时间: 2009
期刊: International Journal of Quantum Chemistry 109
影响因子: --
作者: [T. Matsui, T. Sato, Y. Shigeta]
通讯作者: Y. Shigeta
Development of pKa estimation scheme for polar amino acids considering protein conformational fluctuation
  • 批准号:
    23K04674
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额:
    $2.83万
  • 财政年份:
    2023
  • 负责人:
    松井 亨
  • 依托单位:
人工核酸塩基を基盤としたナノマテリアルの理論設計
海外基金