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Large scale MD simulation studies on quaternary structural changes of hemoglobin

Large scale MD simulation studies on quaternary structural changes of hemoglobin
血红蛋白四级结构变化的大规模MD模拟研究
批准号：
20500268
负责人：
SAITO Minoru
金额：
$2.83万
依托单位：
Hirosaki University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2008
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2008 至 2010
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20500268/
关键词：
生体生命情報学ヘモグロビン四次構造変化シミュレーション並列計算機サブユニット

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
我通过在超级计算机上进行矢量化和并行化来加速我的软件COSMOS 90，并使其能够在现实条件下对血红蛋白进行长距离MD模拟，包括水中的所有自由度和远程库仑相互作用。我发现了血红蛋白的四级结构变化和动力学。
英文摘要
I accelerated my software COSMOS90 by vectorization and parallelization on supercomputers and made it possible to perform long MD simulations for hemoglobin under the realistic condition, in water with all degrees of freedom and long-range Coulomb interactions included. I found quaternary structural changes and dynamics of hemoglobin.
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会议论文
Force-field parameters of the Ψ and Φ aroud glycosidic bonds to oxygen and sulfur atoms
氧和硫原子糖苷键周围 Ψ 和 Φ 的力场参数
DOI： --
发表时间： 2009
期刊： J.Comput.Chem. 30
影响因子： --
作者： [Minoru Saito, Isao Okazaki]
通讯作者： Isao Okazaki
ホームページ等。
主页等
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Large Scale MD Simulations of Proteins on the Earth Simulator : Quaternary Structural Changes of Hemoglobin
地球模拟器上蛋白质的大规模MD模拟：血红蛋白的第四纪结构变化
DOI： --
发表时间： 2009
期刊： Annual Report of the Earth Simulator Cent er, April 2008-March 2009 (印刷中)
影响因子： --
作者： [黒田正博, 森裕一, 飯塚誠也, 榊原道夫, Minoru Saito]
通讯作者： Minoru Saito
MD simulations of hemoglobin in water with all degrees of freedom for different oxygen binding states and quaternary structures
对水中血红蛋白进行不同氧结合态和四级结构的所有自由度的 MD 模拟
DOI： --
发表时间： 2010
期刊：
影响因子： --
作者： [Minoru Saito]
通讯作者： Minoru Saito
Estimation of fishway installation sites suitable for diadromous species based on species distribution models and food web evaluation
Development of odor sensors and odor sensing system mimicking biological olfactory system
  • 批准号：
    22560348
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $2.83万
  • 财政年份：
    2010
  • 负责人：
    SAITO Minoru
  • 依托单位：
    Nihon University
Development of more accurate molecular dynamics simulation method by combining ab initio all electron calculation method for proteins
  • 批准号：
    17510156
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $1.6万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    SAITO Minoru
  • 依托单位：
    Hirosaki University
Prediction and control of base sequence recognition ability for nucleic acid binding proteins by using computer experiments.
  • 批准号：
    14598001
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $1.41万
  • 财政年份：
    2002
  • 负责人：
    SAITO Minoru
  • 依托单位：
    Hirosaki University
海外基金