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RNA-protein interaction prediction based on formal grammars

基于形式语法的RNA-蛋白质相互作用预测

基本信息

批准号：
20800023
负责人：
KATO Yuki
金额：
$ 1.83万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

项目摘要

In this study, we first performed RNA-RNA interaction prediction using formal grammars. We then modeled protein secondary structures and developed a fast algorithm for secondary structure prediction given protein sequences. Furthermore, we presented an efficient algorithm for binding site prediction in RNA sequences, based on binding profiles. All of these methods were validated on real biological data and achieved good prediction accuracy at least comparable to that of earlier methods.

在这项研究中，我们首先使用形式语法进行RNA-RNA相互作用预测。然后，我们建立了蛋白质二级结构模型，并开发了一种快速算法，用于蛋白质序列的二级结构预测。此外，我们提出了一个有效的算法预测结合位点的RNA序列的基础上，结合概况。所有这些方法都在真实的生物数据上进行了验证，并取得了良好的预测精度，至少与早期的方法相当。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Pairwise RNA pseudoknotted structure prediction based on stochastic grammar

基于随机语法的成对RNA假结结构预测

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nobuyoshi Mizoguchi;Yuki Kato;Hiroyuki Seki
通讯作者：
Hiroyuki Seki

An integer programming-based method of predicting RNA secondary structure with pseudoknots and its relation to simple linear tree adjoining grammar

基于整数规划的假结RNA二级结构预测方法及其与简单线性树邻接文法的关系

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
0
作者：
Unyanee Poolsap;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu
通讯作者：
Tatsuya Akutsu

Prediction of interacting RNA secondary structures including binding sites

预测相互作用的 RNA 二级结构，包括结合位点

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Unyanee Poolsap;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu;Yuki Kato
通讯作者：
Yuki Kato

Prediction of RNA secondary structures with binding sites using dynamic programming algorithm

使用动态规划算法预测具有结合位点的 RNA 二级结构

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Unyanee Poolsap;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu
通讯作者：
Tatsuya Akutsu

ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノツトっきRNA2 次構造予測

使用配对随机多重上下文无关语法预测假结 RNA 二级结构

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
田中翔;加藤有己;関浩之;田中翔
通讯作者：
田中翔

DOI：
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作者：
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发表时间：
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