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RNA-RNA interaction prediction using hybrid optimization

使用混合优化预测 RNA-RNA 相互作用

基本信息

批准号：
22700313
负责人：
KATO Yuki
金额：
$ 1.58万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2011
项目状态：
已结题

项目摘要

In this work, we developed a novel method for RNA joint secondary structure prediction that aims at RNA. RNA interaction prediction by integrating the maximizing expected accuracy principle with integer programming. Furthermore, based on the idea of the proposed method, we presented an algorithm for predicting RNA secondary structures with pseudoknots, a class of complex substructures, when a single RNA sequence is given. Experimental results on real data sets indicate that both methods are at least comparable in prediction accuracy to existing methods, and even more importantly, are overwhelmingly faster than the early predictors. A web server that implements the proposed methods is free and open to all users.

在这项工作中，我们开发了一种针对RNA的RNA联合二级结构预测新方法。结合最大期望精度原理与整数规划的RNA相互作用预测。此外，基于该方法的思想，我们提出了一种在给定单个RNA序列时，用伪结（一类复杂亚结构）预测RNA二级结构的算法。在真实数据集上的实验结果表明，这两种方法的预测精度至少与现有方法相当，更重要的是，它们比早期预测器要快得多。实现上述方法的web服务器是免费的，并向所有用户开放。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Branch-and-bound algorithms for enumerating treelike chemical graphs with given path frequency using detachment-cut

使用分离切割枚举具有给定路径频率的树状化学图的分支定界算法

DOI：
发表时间：
期刊：
Journal of Chemical Information and Modeling (in press)
影响因子：
0
作者：
Y. Ishida;Y. Kato;L. Zhao;H. Nagamochi;T. Akutsu
通讯作者：
T. Akutsu

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DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sakurai;Y. and Takahashi;S.;木賀大介;加藤有己
通讯作者：
加藤有己

A grammar-based approach to RNA pseudoknotted structure prediction for aligned sequences

基于语法的对齐序列 RNA 假结结构预测方法

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nobuyoshi Mizoguchi;Yuki Kato and Hiroyuki Seki
通讯作者：
Yuki Kato and Hiroyuki Seki

期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測

基于最大化预期精度的 RNA 假结预测

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kengo Sato;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu and Kiyoshi Asai;Kengo Sato;荻島創一;佐藤健吾
通讯作者：
佐藤健吾

DOI：
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作者：
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KATO Yuki

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发表时间：
2022
期刊：
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作者：
大原千乃;城野のどか;多田裕亮;高屋麻里子;森下　徹;高屋麻里子・藤川昌樹;李松竹・高屋麻里子・藤川昌樹;梁美惠・高屋麻里子・藤川昌樹;王之然・高屋麻里子・藤川昌樹;松山　恵;森下　徹;渋谷葉子;KATO Yuki;森下　徹;岩淵　令治;岩淵　令治;加藤悠希
通讯作者：
加藤悠希