Detecting selective sweeps along the Drosophila melanogaster X chromosome

检测沿果蝇 X 染色体的选择性扫描

• 批准号: 5376263
• 负责人: Professor Dr. Wolfgang Stephan
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Evolutionsbiologie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2001-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5376263?language=en
• 关键词: Detecting; selective; sweeps; along; Drosophila

Primäres Ziel dieses Projektes ist es, mit Hilfe von single nucleotide polymorphisms (SNPs) Abdrücke der natürlichen Selektion (selective sweeps) auf dem X-Chromosom von Drosophila melanogaster zu lokalisieren. Dazu wird zunächst die genetische Variabilität für eine grosse Anzahl von Genom-Abschnitten mittels Sequenzieren gemessen. Diese Messungen werden durchschnittlich alle 40 kb in jenem Bereich des X-Chromosoms vorgenommen, der eine mittlere bis hohe Rekombinationsrate aufweist. Zwei Populationen werden verglichen: Eine anzestrale Population von Afrika und eine Population von Europa; letztere ist durch die postglaziale Ausbreitung von D. melanogaster in den letzten 10 000 - 15 000 Jahren erst entstanden. Mit Hilfe eines likelihood-ratio-test wird dann in einem zweiten Schritt untersucht, welche der analysierten Genom-Abschnitte in der Vergangenheit unter dem Einfluss der natürlichen Selektion gestanden haben. Darüber hinaus wird mit diesem Verfahren der Selektionskoeffizient (Intensität des Selektionsereignisses) gemessen und die Target-Stelle der Selektion im Genom bestimmt. Die längerfristigen Ziele dieses Projektes sind, (i) die Rate von vorteilhaften Substitutionen abzuschätzen (dieser Parameter ist für die Evolutionsbiologie von enormer Bedeutung, war aber bisher schwer zu messen), und (ii) die Gene zu identifizieren und zu analysieren, die an der Adaptation von D. melanogaster an neue Habitate beteiligt sind.

Primäres Ziel dieses Projektes ist es，mit Hilfe von single nucleotide polymorphisms（SNPs）Abdrücke der natürlichen Selektion（selective sweeps）auf dem X-Chromosom von Drosophila melanogaster zu lokalisieren. Dazu wird zunächst die genetische Variabilität für grosse Anzahl von Genom-Abschnitten mittels Sequenzieren gemessen.这篇韦尔登共40 kb，全部由X染色体组成，其中一部分是重组的。两种韦尔登的分布：非洲的一种外来人口和欧洲的一种外来人口。黑腹果蝇的数量大约在10000 - 15000年之间。Mit Hilfe的一个似然比测试将在一个两维的Schritt中进行，而分析基因组的Abschnitte在Vergangenetum中的作用是影响自然选择。在基因组中，选择的目标是确定基因组中的选择强度。这些研究项目包括：（i）替代率（该参数是用于生物进化的生物学参数，但需要更大的信息量）;（ii）基因识别和分析，以及D.一种新的栖息地。