Elucidation of reaction mechanism for post-transcriptional modification at tRNA anticodon region

阐明 tRNA 反密码子区域转录后修饰的反应机制

• 批准号: 20687007
• 负责人: NUMATA Tomoyuki
• 金额: $ 16.47万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20687007/
• 关键词: tRNA; 転写後修飾; RNA修飾酵素; 結晶構造解析; 揺らぎ塩基; アンチコドン; 古細菌; ポリアミン; ミトコンドリア病; 遺伝暗号翻訳; アンチコト゛ン

The uridine at the first position of the tRNA anticodon (U34) in tRNA^<Glu>UUC, tRNA^<Lys>UUU, tRNA^<Gln>UUG is modified to 5-carboxymethylaminomethyl-2-thiouridine (cmnm^5s^2U), which is crucial for the precise decoding of the genetic code. In eubacteria, two conserved proteins, GidA and MnmE, are responsible for adding the cmnm5 group to the 5-position of U34. Here we report the crystal structures of GidA and MnmE. Together with the mutational study, we propose a novel mechanism for the cmnm^5U modification process.

在tRNA^<Glu>UUC, tRNA^<Lys> uu, tRNA^<Gln>UUG中，tRNA^<Gln>UUG的反密码子第一个位置的尿嘧啶（U34）被修饰为5-羧甲基胺甲基-2-硫脲（cmnm^5s^2U），这对遗传密码的精确解码至关重要。在真细菌中，两个保守蛋白GidA和MnmE负责将cmm5基团添加到U34的5位上。本文报道了GidA和MnmE的晶体结构。结合突变研究，我们提出了cmnm^5U修饰过程的新机制。

项目成果

Mechanism for the alteration of the substrate specificities of template-independent RNA polymerases.

• DOI: 10.1016/j.str.2010.12.006
• 发表时间: 2011-02
• 期刊: Structure
• 影响因子: 5.7
• 作者: Y. Toh;D. Takeshita;Takashi Nagaike;T. Numata;K. Tomita

tRNAアンチコドンの修飾に関わる酵素GidAにおいて保存されているシステインは5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン生合成に不可欠である

GidA 中的保守半胱氨酸是一种参与 tRNA 反密码子修饰的酶，对于 5-羧甲基氨基甲基尿苷生物合成至关重要

• 发表时间: 2009
• 作者: 大澤拓生;伊藤耕一;稲永英子;沼田倫征
• 通讯作者: 沼田倫征

tRNA揺らぎ塩基の修飾に関わる酵素の構造機能解析(1)

参与tRNA波动碱基修饰的酶的结构和功能分析(1)

• 发表时间: 2009
• 作者: 大澤拓生;伊藤耕一;稲永英子;沼田倫征
• 通讯作者: 沼田倫征

Agmatine-conjugated cytidine in a tRNA anticodon is essential for AUA decoding in archaea

• DOI: 10.1038/nchembio.323
• 发表时间: 2010-04-01
• 期刊: NATURE CHEMICAL BIOLOGY
• 影响因子: 14.8
• 作者: Ikeuchi, Yoshiho;Kimura, Satoshi;Suzuki, Tsutomu
• 通讯作者: Suzuki, Tsutomu

Conserved Cysteine Residues of GidA Are Essential for Biogenesis of 5-Carboxymethylaminomethyluridine at tRNA Anticodon

• DOI: 10.1016/j.str.2009.03.013
• 发表时间: 2009-05-13
• 期刊: STRUCTURE
• 影响因子: 5.7
• 作者: Osawa, Takuo;Ito, Koichi;Numata, Tomoyuki
• 通讯作者: Numata, Tomoyuki