Comprehensive phenotypic analysis of yeast gene perturbation libraries and development of prediction system

酵母基因扰动文库的综合表型分析及预测系统开发

基本信息

  • 批准号:
    20700270
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.83万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
  • 财政年份:
    2008
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2008 至 2009
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

A question how cellular phenotype changes by genetic modifications is important for rational design of desired microorganisms for industrial purpose. Here, we comprehensively analyzed the phynotypic changes of yeast strains in single gene deletion library and single gene overexpression library. Based on the data, we found gene functional categories which are robust or fragile for the gene perturbations, and we also analyzed the correlation between expression changes and response to the gene perturbations.
细胞表型如何通过基因修饰改变的问题对于工业用途所需微生物的合理设计是重要的。在此,我们综合分析了酵母菌株在单基因缺失文库和单基因过表达文库中的表型变化。在此基础上,我们发现了对基因扰动具有鲁棒性和脆弱性的基因功能类别,并分析了表达变化与基因扰动响应之间的相关性。

项目成果

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专利数量(0)
Analysis of metabolic network based on conservation of molecular structure
  • DOI:
    10.1016/j.biosystems.2008.09.002
  • 发表时间:
    2009-03-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.6
  • 作者:
    Hogiri, Tomoharu;Furusawa, Chikara;Shimizu, Hiroshi
  • 通讯作者:
    Shimizu, Hiroshi
Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA microarray
  • DOI:
    10.1007/s00449-008-0292-7
  • 发表时间:
    2009-08-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.8
  • 作者:
    Dinh, Thai Nho;Nagahisa, Keisuke;Shimizu, Hiroshi
  • 通讯作者:
    Shimizu, Hiroshi
酵母を用いたL-乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析
综合分析基因破坏对酵母生产 L-乳酸的影响
  • DOI:
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    竹國正矩;平沢敬;吉川勝徳;大久保亜紀;古澤力;清水浩;小野直亮;竹國正矩
  • 通讯作者:
    竹國正矩
Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in l-lactate production by Saccharomyces cerevisiae
  • DOI:
    10.1007/s00253-009-2209-z
  • 发表时间:
    2009-09
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5
  • 作者:
    T. Hirasawa;A. Ookubo;Katsunori Yoshikawa;K. Nagahisa;C. Furusawa;H. Sawai;H. Shimizu
  • 通讯作者:
    T. Hirasawa;A. Ookubo;Katsunori Yoshikawa;K. Nagahisa;C. Furusawa;H. Sawai;H. Shimizu
Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae.
  • DOI:
    10.1263/jbb.106.507
  • 发表时间:
    2008-11
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.8
  • 作者:
    Katsunori Yoshikawa;C. Furusawa;T. Hirasawa;H. Shimizu
  • 通讯作者:
    Katsunori Yoshikawa;C. Furusawa;T. Hirasawa;H. Shimizu
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  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    FURUSAWA Chikara;HORINOUCHI Takaaki
  • 通讯作者:
    HORINOUCHI Takaaki
Graphene-induced on-demand nanocavity based on Si photonic crystal
基于硅光子晶体的石墨烯诱导按需纳米腔
  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    FURUSAWA Chikara;HORINOUCHI Takaaki;Teruo Ono;H. Chiba and M. Notomi,
  • 通讯作者:
    H. Chiba and M. Notomi,

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    $ 2.83万
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    2022
  • 资助金额:
    $ 2.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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  • 批准号:
    22K04840
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 2.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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  • 批准号:
    22K12449
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 2.83万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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    2022
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    $ 2.83万
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