オープンサイエンスの分析と基盤的ソフトウェアの構築

开放科学分析和基础软件构建

• 批准号: 21650018
• 负责人: 萩谷 昌己
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21650018/
• 关键词: オープンサイエンス; 合成生物学; 分子計算; データベース; オントロジー

本年度は,オープンサイエンスを志向した情報システム構築を行った.情報システムは,Media Wikiを拡張することによって構築されており,インターネットにアクセス可能なコンピュータであれば,自由に閲覧・編集できるようになっている.これを基盤システムとして,はじめに化学実験に関する情報を電子的に保管するためのテンプレートの作成を行った.実験の情報は,「Material Page」「Method Page」「Result Page」に分類され,相互に関連するページは整合性を保つようにリンク付けされる.データは電子的に保存されているため,検索性に優れており,即座に必要な情報にアクセスすることが可能である.また,前述したように各種の情報は整合性を保つ形で保存されており,どの実験結果のデータからでも元となる原データや実験プロトコルに辿りつくことができる.つまり,traceabilityを備えている.従来の実験系研究では,全てのデータは外部に非公開の実験ノートに記載されていたため,部外者は論文に記載されている一部のデータにしかアクセスできなかった.また,実験ノートにアクセスできたとしても,各々の流儀で書かれているために検索性や可読性,traceabilityに難があったが,本システムの導入により,これらの問題が解決され,実験系研究の進展が加速されることが期待される.また,情報システムの構築に加えて,iGEMの部門賞「Information Processing」を受賞するなど,オープンサイエンス活動に様々な観点から貢献した.

This year, the information system was constructed. Information system,Media Wiki, open source, free access, edit, open source. This is the first time I've ever seen a person who's been in a relationship with a person who's been in a relationship with a person. The information is classified into "Material Page""Method Page""Result Page", and is related to each other. The preservation of electrons is possible because it is possible to store the necessary information. All kinds of information mentioned above are integrated and preserved in shape, and the results are original and original.つまり,traceabilityを备えている. In recent years, the research on the system has been carried out, and the whole system has been recorded in the external non-public system. In addition, it is expected that the problems will be solved and the progress of system research will be accelerated. The information system is constructed and the iGEM department is rewarded with the "Information Processing" award.

项目成果

Hybrid Method for Simulating Small-Number Molecular Systems

模拟小数量分子系统的混合方法

• 发表时间: 2009
• 期刊: Algorithmic Bioprocesses, Natural Computing Series
• 作者: Kazufumi Mizunuma;Masami Hagiya
• 通讯作者: Masami Hagiya

DNAロボットの自動設計に向かって

DNA机器人的自动化设计

• 发表时间: 2009
• 作者: K.Ito;D.Sumpter;T.Nakagaki;Toshihiko Ogura;萩谷昌己
• 通讯作者: 萩谷昌己

Construction of a genetic AND gate under a new standard for assembly of genetic parts.

• DOI: 10.1186/1471-2164-11-s4-s16
• 发表时间: 2010-12-02
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Ayukawa S;Kobayashi A;Nakashima Y;Takagi H;Hamada S;Uchiyama M;Yugi K;Murata S;Sakakibara Y;Hagiya M;Yamamura M;Kiga D
• 通讯作者: Kiga D

合成生物学の実験のためのトレース可能なデータベース

合成生物学实验的可追溯数据库

• 发表时间: 2010
• 作者: 川又生吹;木賀大介;有田正規;田中文昭;萩谷昌己
• 通讯作者: 萩谷昌己

DNAプログラミング～塩基配列設計からDNAナノ構造・分子デバイスの設計まで～

DNA编程~从碱基序列设计到DNA纳米结构/分子器件设计~

• 发表时间: 2009
• 作者: 田中文昭;川又生吹;萩谷昌己
• 通讯作者: 萩谷昌己