分子プログラミング

分子编程

• 批准号: 14085101
• 负责人: 萩谷 昌己
• 金额: $ 34.88万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14085101/
• 关键词: DNAコンピュータ; 生体生命情報学; 自己組織化; ナノバイオ; バイオテクノロジー; 生態生命情報学

本研究領域の目標は,主としてDNA分子によって作られた分子システムのためのシステマティックな設計論を確立することである.本研究領域の研究項目は多岐に渡っており,その研究成果も膨大であるため、本研究領域の主目的である,分子計算のための計算分子と分子反応の設計論および応用に関係する研究成果の中から,領域全体を通して主要なものを取捨選択し簡潔にまとめると,以下のようになる.1.計算分子(DNA配列)の設計論(1-1)望ましくない構造を作らない配列の設計(1-2)望ましい構造を作る配列の設計(1-3)自在に構造変化する配列の設計(1-4)構造変化の数理モデルと実験的検証2.分子反応の設計論(2-1)反応の並列化(2-2)反応の精密化(2-3)進化のための反応3.計算論的ナノテクノロジー応用(3-1)DNAナノ構造の高信頼アセンブリ(3-2)4*4DNAタイルによるバイナリカウンタの実現(3-3)ヘアピンとバルジによる並行計算(3-4)光ライゲーションによる耐熱性DNAナノ構造体の構築4.合成生物学応用(4-1)in vitro論理演算素子,発振素子の構築(4-2)in vivo論理演算素子の構築(4-3)大腸菌を用いたバクテリアコンピュータの開発(4-4)WetTDGAによるaaRSの基質改変(1),(2)は基礎的な設計技術に関する理論および実験であり、主として研究期間の前半の成果である.特に(1)の配列設計は, DNAを計算分子とするすべての分子計算に共通した基礎的成果である。(3),(4)は,分子プログラミングの次世代の展開として重要視されている計算論的ナノテクノロジーおよび合成生物学への応用研究であり,研究期間の後半の成果である.

In the field of this study, the main purpose of this study is that the main purpose of this study is to make sure that the DNA molecular marker is correct. In the field of this study, there are many research projects in the field of research, the results of the research are expanded, and the main objectives of this research field are expanded. The molecular counter-calculation of molecules is used in this research field. In the research results, the main candidates in the field are selected and selected. 1. Computational molecule (DNA configuration) Design Theory (1-1) Watch device configuration Design (1-2) configuration Design (1-2) equipment configuration Design (1-3) customization equipment configuration Design (1-4) configuration Design (1-4) configuration Design for Mathematical and physical equipment Design 2. Molecular reaction design theory (2-1) reverse parallelization (2-2) reverse precision (2-3) improve performance response 3. In the calculation and theory, we use (3-1) DNA to create a high level of information. (3-2) 4*4DNA performance measurement results show that (3-3) there are significant differences between (3-3) and (3-4). The results show that there are significant differences in the performance of the system. Synthetic biology uses (4-1) in vitro physics calculus, (4-2) in vivo physics calculus (4-2), (4-3) macrobiotics, (4-4) WetTDGA physics, (4-4) genetic modification of aaRS (1). (2) the basic theory of design and technical training and the review of the results of the first half of the research period. Special (1) equipped with a set of devices, DNA calculates the results of the common base of molecular computing. (3), (4) the next generation of molecular biology will be launched in the second generation of molecular science, and the results in the second half of the study period will be successful.

项目成果

Biofilm formation by a Bacillus subtilis strain that produces gamma-polyglutamate.

• 发表时间: 2006
• 期刊: Microbiology
• 影响因子: 1.5
• 作者: M. Morikawa;Shinji Kagihiro;M. Haruki;K. Takano;S. Branda;R. Kolter;S. Kanaya

Incorporation of Methyl Group on Azobenzene for the Effective Photo-Regulation of Hybridization and Suppression of Thermal Isomerization

在偶氮苯上引入甲基可有效调节光杂化和抑制热异构化

• 发表时间: 2006
• 期刊: Nucleic Adds Symp. Ser 50
• 作者: Nishioka;H.;Kashida;H.;Komiyama;M.;Hang;X.G.;Asanuma;H
• 通讯作者: H

Insertion of Two Pyrene Moieties to Oligodeoxyribonucleotides for the Efficient Detection of Insertion/Deletion Polymorphisms

将两个芘部分插入寡脱氧核糖核苷酸以有效检测插入/缺失多态性

• 发表时间: 2006
• 期刊: Chem. Commun. 2006
• 作者: H.Asanuma;H.Kashida et al.;筒井真楠;H.Asanuma et al.
• 通讯作者: H.Asanuma et al.

The Number of Orbits of Periodic Box-Ball Systems

周期性盒球系统的轨道数

• 发表时间: 2006
• 期刊: Proc.Unconventional Computation,5th International Conference,UC 2006, Springer-Verlag,LNCS 4135
• 作者: K.;Inata;T.;Miyahara;H.;Ueda;K.;Takahashi;Hitoshi Yamasaki;Hidenori Hirashima;Akihiro Mikoda
• 通讯作者: Akihiro Mikoda

Logic Programming and Concurrency : a Personal Perspective

逻辑编程和并发：个人观点

• 发表时间: 2006
• 期刊: The ALP NewsLetter(available online) Vol.19, No.2
• 作者: Ueda;K
• 通讯作者: K