タモロコ属魚類の適応的形態変異をもたらす環境要因と遺伝的基盤に関する研究

田摩罗科鱼类适应性形态变异的环境因素及遗传基础研究

• 批准号: 09J55282
• 负责人: 柿岡 諒
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-09J55282/
• 关键词: 適応進化; 生体ゲノミクス; 系統地理; タモロコ属; SNPマーカー; 外来種

コイ科タモロコ属魚類の形態における適応進化に関する研究を進めるため,本年度は,1)タモロコ属野外集団の系統的・系統地理的解析,2)タモロコとホンモロコのF2種間雑種を用いた連鎖解析を主に行った.1)については,ミトコンドリア遺伝子の塩基配列を用いた系統・集団遺伝学的解析を昨年度から引き続き行った.その結果,属内における系統の多様化とタモロコ種内の隠蔽系統が明らかにされるとともに,湖沼集団の成立が複数回独立に生じたことを明らかにすることができた.この結果については論文執筆を行い,投稿した.河川から湖沼に進出した魚類では遊泳・採餌関連形質に適応的変化が生じることが示唆されており,この変化がタモロコ属魚類でもホンモロコに生じたことが考えられた.この適応的な形態分化の遺伝的基盤を明らかにするため,タモロコとホンモロコのF2交配家系を用いた連鎖地図の作成と湖沼適応に関連したQTL(量的遺伝子座位)解析を行った.遺伝マーカーを探索するに当たっては,次世代シーケンサーを利用してゲノムワイドで高効率に大量のSNP(一塩基多型)マーカーを作成できるrestriction-site associated DNA sequencing (RAD-seq)を採用した.Illuminaシーケンシングにより得られたRAD-tagマーカーを用いて,高密度連鎖地図を作成することに成功した.さらに得られた連鎖地図と形態計測データをもとにQTL解析を行ったところ,湖沼型のホンモロコと河川型のタモロコ間での形態の差に差に関わる遺伝領域とその効果が検出された.ホンモロコとタモロコ間における採餌関連形質や体型の違いの多くは,効果の小さい複数の遺伝子座に支配されることが示唆された.

コ イ secco タ モ ロ コ fish の form に お け る evolve with 応 に masato す を る research into め る た め, this year は 1) タ モ ロ コ belongs to the field set 団 の system of geography, system analysis, 2) タ モ ロ コ と ホ ン モ ロ コ の F2 雑 between species を with い た chain analytic を main line に っ た. 1) に つ い て は, ミ ト コ ン ド リ ア heritage 伝 son の salt base with columns を with い た system, set 団 but 伝 learn analytical を yesterday annual か ら led き 続 き line っ た. そ の result, within the genus に お け る system の others more と タ モ ロ コ intraspecific の government all system が Ming ら か に さ れ る と と も に, limnetic set 団 の が plural back to independent に raw じ た こ と を Ming ら か に す る こ と が で き た. こ の results に つ い て は paper penned い を line Contribute to た. Rivers か ら limnetic に access し た fish で は swimming, adopt the bait masato even character に variations of optimum 応 が raw じ る こ と が in stopping さ れ て お り, こ の variations change が タ モ ロ コ fish で も ホ ン モ ロ コ に raw じ た こ と が exam え ら れ た. こ の の な morphological differentiation of optimum 応 伝 base plate を Ming ら か に す る た め, タ モ ロ コ と ホ ン モ ロ コ の F2 mating genealogy Youdaoplaceholder0 use the linked map of を た to create a と lake and marsh suitability 応に correlation <s:1> たQTL(the 伝 sub-seat of the quantity). Analyze the を line った. Heritage 伝 マ ー カ ー を explore す る に when た っ て は, next generation シ ー ケ ン サ ー を using し て ゲ ノ ム ワ イ ド で high working rate に large の SNPS (a salt Quito) マ ー カ ー を made で き る restriction - site associated DNA sequencing (RAD - seq) を using し た. Illumina シ ー ケ ン シ ン グ に よ り have ら れ た RAD - tag マ ー カ ー を with い て, high-density chain to 図 を made す る こ と に successful し た. さ ら に have ら れ た chain to 図 と form measuring デ ー タ を も と に QTL parsing line を っ た と こ ろ, lake type の ホ ン モ ロ コ と river Between sichuan and type の タ モ ロ コ で の の form poor に poor に masato わ る heritage 伝 field と そ の unseen fruit が 検 out さ れ た. ホ ン モ ロ コ と タ モ ロ コ between に お け る mining bait masato even character や size の violations い の more く は, unseen small fruit の さ い plural の heritage 伝 stroma に dominate さ れ る こ と が in stopping さ れ た.

项目成果

タモロコ属魚類の湖沼適応にかかわる遊泳関連形質の遺伝的分化

Tamoroko 属鱼类与湖泊适应相关的游泳相关性状的遗传分化

• 发表时间: 2011
• 作者: Kakioka;R.;T.Kokita;H.Kumada;K.Watanabe;N.Okuda;柿岡諒・小北智之・熊田裕喜・渡辺勝敏・瀬戸雅文・奥田昇
• 通讯作者: 柿岡諒・小北智之・熊田裕喜・渡辺勝敏・瀬戸雅文・奥田昇

Linkage map construction using sequenced restriction-site associated DNA markers in Gnathopogon fishes

使用 Gnathopogon 鱼类中测序限制位点相关 DNA 标记构建连锁图谱

• 发表时间: 2011
• 作者: Kakioka;R.;T.Kokita;H.Kumada;K.Watanabe;N.Okuda
• 通讯作者: N.Okuda

Phenotypic adaptation toward the use of the limnetic niche in Gnathopogon fishes

Gnathopogon 鱼类利用湖沼生态位的表型适应

• 发表时间: 2010
• 作者: Kakioka;R.;T.Kokita;H.Kumada;K.Watanabe;M.Seto;N.Okuda
• 通讯作者: N.Okuda

タモロコ属魚類の湖沼適応の遺伝基盤の探索:次世代シーケンサーを利用したsRADマーカーによる連鎖地図作成とQTL解析

探索 Tamoroko 属鱼类湖泊适应的遗传基础：利用下一代测序技术使用 sRAD 标记创建连锁图谱和 QTL 分析

• 发表时间: 2011
• 作者: R Kakioka;T Kokita;H Kumada;K Watanabe;N Okuda;柿岡諒・小北智之・熊田裕喜・渡辺勝敏・奥田昇
• 通讯作者: 柿岡諒・小北智之・熊田裕喜・渡辺勝敏・奥田昇

Next-generation RAD sequencing for the genome-wide genetic marker discovery and linkage analysis in Gnathopogon fishes

用于 Gnathopogon 鱼类全基因组遗传标记发现和连锁分析的新一代 RAD 测序

• 发表时间: 2012
• 作者: R Kakioka;T Kokita;H Kumada;K Watanabe;N Okuda
• 通讯作者: N Okuda