Theoretical analysis of functional mechanisms of biological macromolecules using hybrid quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation

利用混合量子力学/分子力学分子动力学模拟理论分析生物大分子的功能机制

基本信息

项目摘要

In thisstudy, mechanisms of biochemical reactions of crucial biological macromolecularsystems wereanalyzedbyemploying hybrid quantummechanicsQM molecularmechanicsMM molecular dynamicsMDsimulation, whichisastate-of-the-art theoretical methodology. As aconsequence of the analyses, we revealedthe significance of "hybrid ribozyme/protein catalyst" andits reaction mechanism, the functional roles of a novelprotein structural element involving "Nainteraction", modulation mechanismsof electronic structures ofDNA bases by protein-DNA interaction, unidirectional mechanisticvalved mechanisms for ammonia transport in protein, etc.
本研究采用最先进的混合量子力学、分子力学、分子动力学、模拟等理论方法,对关键生物大分子系统的生化反应机理进行了分析。通过分析,我们揭示了“杂化核酶/蛋白催化剂”的意义及其反应机理、涉及“相互作用”的新蛋白结构元件的功能作用、蛋白质- dna相互作用对dna碱基电子结构的调节机制、蛋白质中氨转运的单向机制等。

项目成果

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An integrated automatic system for signal processing of genome-wide ChIP-data and identification of transcriptional binding motifs
用于全基因组 ChIP 数据信号处理和转录结合基序识别的集成自动系统
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ryo Nakaki;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割
细胞色素氧化酶 Cu_A 位点中 Cu 配位 Met 残基的功能作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Jiyoung Kang;舘野賢
  • 通讯作者:
    舘野賢
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HhaI DNA甲基转移酶反应机制的计算分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    MoonYoung Yang;Yohsuke Hagiwara;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
Molecular dynamics simulation of human adult hemoglobin
成人血红蛋白的分子动力学模拟
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kyohei Hanaoka;Jiyoung Kang;Takashi Yonetani;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
コンピュータ・シミュレーションによる生体触媒反応機構の研究
利用计算机模拟研究生物催化反应机理
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    姜志怜;萩原陽介;舘野賢
  • 通讯作者:
    舘野賢
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Verification of the linguistic validity and feasibility of the Japanese version of the Gaming Disorders Screening Scale
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  • 作者:
    TOKUSHIGE Makoto;ONO Koki;ASAOKA Hiroki;MIYAMOTO Yuki;TATENO Masaru;TAKANO Ayumi
  • 通讯作者:
    TAKANO Ayumi

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