Theoretical analysis of functional mechanisms of biological macromolecules using hybrid quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation
利用混合量子力学/分子力学分子动力学模拟理论分析生物大分子的功能机制
基本信息
- 批准号:21340108
- 负责人:
- 金额:$ 12.15万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2009
- 资助国家:日本
- 起止时间:2009 至 2011
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
In thisstudy, mechanisms of biochemical reactions of crucial biological macromolecularsystems wereanalyzedbyemploying hybrid quantummechanicsQM molecularmechanicsMM molecular dynamicsMDsimulation, whichisastate-of-the-art theoretical methodology. As aconsequence of the analyses, we revealedthe significance of "hybrid ribozyme/protein catalyst" andits reaction mechanism, the functional roles of a novelprotein structural element involving "Nainteraction", modulation mechanismsof electronic structures ofDNA bases by protein-DNA interaction, unidirectional mechanisticvalved mechanisms for ammonia transport in protein, etc.
本研究采用最先进的混合量子力学、分子力学、分子动力学、模拟等理论方法,对关键生物大分子系统的生化反应机理进行了分析。通过分析,我们揭示了“杂化核酶/蛋白催化剂”的意义及其反应机理、涉及“相互作用”的新蛋白结构元件的功能作用、蛋白质- dna相互作用对dna碱基电子结构的调节机制、蛋白质中氨转运的单向机制等。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
An integrated automatic system for signal processing of genome-wide ChIP-data and identification of transcriptional binding motifs
用于全基因组 ChIP 数据信号处理和转录结合基序识别的集成自动系统
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ryo Nakaki;Masaru Tateno
- 通讯作者:Masaru Tateno
シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割
细胞色素氧化酶 Cu_A 位点中 Cu 配位 Met 残基的功能作用
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Jiyoung Kang;舘野賢
- 通讯作者:舘野賢
Computational analysis of reaction mechanisms of HhaI DNA methyltra nsferase
HhaI DNA甲基转移酶反应机制的计算分析
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:MoonYoung Yang;Yohsuke Hagiwara;Masaru Tateno
- 通讯作者:Masaru Tateno
Molecular dynamics simulation of human adult hemoglobin
成人血红蛋白的分子动力学模拟
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Kyohei Hanaoka;Jiyoung Kang;Takashi Yonetani;Masaru Tateno
- 通讯作者:Masaru Tateno
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
TATENO Masaru其他文献
Verification of the linguistic validity and feasibility of the Japanese version of the Gaming Disorders Screening Scale
日语版游戏障碍筛查量表的语言有效性和可行性验证
- DOI:
- 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
TOKUSHIGE Makoto;ONO Koki;ASAOKA Hiroki;MIYAMOTO Yuki;TATENO Masaru;TAKANO Ayumi - 通讯作者:
TAKANO Ayumi
TATENO Masaru的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('TATENO Masaru', 18)}}的其他基金
A study to investigate biomarkers of metabolic syndrome in pervasive developmental disorder
一项研究广泛性发育障碍代谢综合征生物标志物的研究
- 批准号:
24591724 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Development of an integrated structural determination system employing crystallographic diffraction data and ab initio electronic structure calculation of biological macromolecules
开发利用生物大分子晶体衍射数据和从头算电子结构计算的集成结构测定系统
- 批准号:
23654129 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
A study on the pathophysiology of pervasive developmental disorder and development of diagnostic support tool from a viewpoint of gender difference
性别差异视角下广泛性发育障碍的病理生理学研究及诊断支持工具开发
- 批准号:
22791133 - 财政年份:2010
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
A study on the pathophysiology of dementia with Lewy bodies (DLB) and the usefulness of Yokukan-san for the treatment of DLB and its functional mechanism
路易体痴呆(DLB)的病理生理学研究以及药官散治疗DLB的有效性及其作用机制
- 批准号:
20790852 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
相似海外基金
分子動力学計算と連続体計算の協働で紐解く界面活性剤添加による乱流抑制の物理機構
通过分子动力学和连续介质计算的协作揭示添加表面活性剂抑制湍流的物理机制
- 批准号:
24KJ0109 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
鉱物の水素同位体効果の解明:第一原理経路積分分子動力学計算法と高圧実験による展開
阐明矿物中的氢同位素效应:通过第一原理路径积分分子动力学计算和高压实验进行开发
- 批准号:
23K25969 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
分子動力学的アプローチによる断層摩擦メカニズムの解明
使用分子动力学方法阐明断层摩擦机制
- 批准号:
24KJ1375 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
色分子動力学の長時間大規模計算による高密度熱力学的諸量の導出
通过长期大规模的颜色分子动力学计算推导高密度热力学量
- 批准号:
24K07054 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
共溶媒分子動力学計算を用いた薬剤標的タンパク質の選抜と環状ペプチド設計の同時実行
使用共溶剂分子动力学计算同时执行药物靶蛋白选择和环肽设计
- 批准号:
23K28185 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
機械学習分子動力学による珪酸カルシウム水和物細孔中の水・イオンの輸送現象の解明
使用机器学习分子动力学阐明硅酸钙水合物孔隙中的水和离子传输现象
- 批准号:
24K08574 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
安全な抗菌ペプチドのin silico分子設計へ資する分子動力学法と機械学習による研究
使用分子动力学方法和机器学习的研究有助于安全抗菌肽的计算机分子设计
- 批准号:
24K18085 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
分子動力学による多体量子トンネル現象と天体核融合反応への新しいアプローチ
利用分子动力学进行多体量子隧道和天文聚变反应的新方法
- 批准号:
23K22485 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
第一原理原子エネルギー計算が実現するオートノマス機械学習分子動力学法の創成
创建自主机器学习分子动力学方法,实现第一原理原子能计算
- 批准号:
23K28105 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
相変化材料の熱物性の予測・設計を志向した分子動力学メカニズムの解明
阐明分子动力学机制,旨在预测和设计相变材料的热物理性质
- 批准号:
24K00815 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 12.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)