Theoretical analysis of functional mechanisms of biological macromolecules using hybrid quantum mechanics/molecular mechanics molecular dynamics simulation

利用混合量子力学/分子力学分子动力学模拟理论分析生物大分子的功能机制

基本信息

项目摘要

In thisstudy, mechanisms of biochemical reactions of crucial biological macromolecularsystems wereanalyzedbyemploying hybrid quantummechanicsQM molecularmechanicsMM molecular dynamicsMDsimulation, whichisastate-of-the-art theoretical methodology. As aconsequence of the analyses, we revealedthe significance of "hybrid ribozyme/protein catalyst" andits reaction mechanism, the functional roles of a novelprotein structural element involving "Nainteraction", modulation mechanismsof electronic structures ofDNA bases by protein-DNA interaction, unidirectional mechanisticvalved mechanisms for ammonia transport in protein, etc.
本研究采用混合量子力学、QM分子力学、MM分子动力学、MD模拟等先进的理论方法,对关键生物大分子体系的生化反应机理进行了分析。作为分析的一个顺序,我们揭示了“杂化核酶/蛋白质催化剂”的意义及其反应机理,涉及“Na相互作用”的一种新的蛋白质结构元件的功能作用,蛋白质-DNA相互作用对DNA碱基电子结构的调节机制,蛋白质中氨的单向机械配位机制等。

项目成果

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An integrated automatic system for signal processing of genome-wide ChIP-data and identification of transcriptional binding motifs
用于全基因组 ChIP 数据信号处理和转录结合基序识别的集成自动系统
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ryo Nakaki;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割
细胞色素氧化酶 Cu_A 位点中 Cu 配位 Met 残基的功能作用
  • DOI:
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Jiyoung Kang;舘野賢
  • 通讯作者:
    舘野賢
Computational analysis of reaction mechanisms of HhaI DNA methyltra nsferase
HhaI DNA甲基转移酶反应机制的计算分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    MoonYoung Yang;Yohsuke Hagiwara;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
Molecular dynamics simulation of human adult hemoglobin
成人血红蛋白的分子动力学模拟
  • DOI:
  • 发表时间:
    2010
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kyohei Hanaoka;Jiyoung Kang;Takashi Yonetani;Masaru Tateno
  • 通讯作者:
    Masaru Tateno
Evaluation of Electronic and Geometrical Properties of the Blue Copper Site in Fully Solvated Azurin by QM/MM Hybrid Calculations Using a New Interface Program Connecting QM and MM Engine
使用连接 QM 和 MM 引擎的新接口程序,通过 QM/MM 混合计算评估完全溶解的天青蛋白中蓝铜位点的电子和几何性质
  • DOI:
    10.1166/jctn.2009.1329
  • 发表时间:
    2009
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ohta;T.;Hagiwara;Y.;Kang;J.;and Tateno;M.
  • 通讯作者:
    M.
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TATENO Masaru其他文献

Verification of the linguistic validity and feasibility of the Japanese version of the Gaming Disorders Screening Scale
日语版游戏障碍筛查量表的语言有效性和可行性验证
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 期刊:
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    TOKUSHIGE Makoto;ONO Koki;ASAOKA Hiroki;MIYAMOTO Yuki;TATENO Masaru;TAKANO Ayumi
  • 通讯作者:
    TAKANO Ayumi

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