Creations of Dynamical Guiding Principle of Selectivity and Stochasticity across Spatiotemporal Hierarchy in Biological Functions

生物功能跨时空层次选择性和随机性动态指导原理的创立

• 批准号: 21340117
• 负责人: KOMATSUZAKI Tamiki
• 金额: $ 12.23万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21340117/
• 关键词: 1分子計測(SMD); 化学物理; 生物物理; ネットワーク; 生体分子; 化学反応ダイナミクス; 法双曲的不変多様体; カオス力学系; 遷移状態; 複雑ネットワーク; 一分子計測; 化学反応ダイナミックス; エネルギー地形; 非平衡定常状態

To the fundamental question of how molecular functions persist its selectivity under influence of thermal fluctuation, we revealed that one can predict analytically the reaction fate or structural change by a nonlinear coordinate transformation involving the velocities of the system and the friction and random force exerted by thermal degrees of freedom, transition state can change dynamically at high energy/temperature regimes, and developed a new theory that enables us to derive an effective energy landscape from hierarchical state space transition network derived from single molecule time series.

关于分子功能如何在热波动影响下保持其选择性的基本问题，我们透露，人们可以通过非线性坐标转换在分析上预测反应命运或结构变化，涉及系统的速度以及摩擦的速度和摩擦和随机力，并通过自由的热能范围造成的能量范围，并在高度上驱动了范围，并在高度的范围内造成了新的范围，并有效地构成了新的论点，从而有效地范围有效地范围，从而有效地范围，并有效地变化，从而有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，从而有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化，并有效地变化。分层状态空间转变网络来自单分子时间序列。

项目成果

Dynamical Reaction Coordinate in Thermally Fluctuating Environments in the Framework of Multidimensional Generalized Langevin Equations

多维广义朗之万方程框架下热脉动环境中的动力反应坐标

• 发表时间: 2010
• 期刊: Physical Chemistry Chemical Physics
• 影响因子: 3.3
• 作者: 北澤英明;目時直人;寺田典樹;吉川明子;河村幸彦;柳町治;A.Donni;松田雅昌;金子耕士;加倉井和久;阿野元貴;赤津光洋;根本祐一;武田直也;後藤輝孝;Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki
• 通讯作者: Shinnosuke Kawai and Tamiki Komatsuzaki

大自由度分子系のダイナミクスを記述する低次元力学系の抽出

提取描述大自由度分子系统动力学的低维动力学系统

• 发表时间: 2011
• 作者: 河合信之輔;寺本央;小松崎民樹
• 通讯作者: 小松崎民樹

Mining Energy Landscapes from Single-Molecule Time Series

从单分子时间序列挖掘能源景观

• 发表时间: 2011
• 作者: 日高芳樹;R. ANUGRAHA;植木達博;甲斐昌一;Y. J. Suzuki and T. Koyaguchi;T.Komatsuzaki
• 通讯作者: T.Komatsuzaki

Understanding high dimensional molecular dynamics in terms of stable/unstable manifolds(一般、口頭)

从稳定/不稳定流形的角度理解高维分子动力学（一般，口头）

• 发表时间: 2009
• 作者: H.Teramoto;T.Komatsuzaki
• 通讯作者: T.Komatsuzaki

"Advancing Theory for Kinetics and Dynamics of Complex, Many-Dimensional Systems : Clusters and Proteins" Advances in Chemical Physics, 145

“复杂多维系统的动力学和动力学理论：簇和蛋白质”化学物理进展，145

• 发表时间: 2011
• 作者: T.Komatsuzaki;R.S.Berry;D.M.Leitner (Eds.)
• 通讯作者: D.M.Leitner (Eds.)