深海生底生有孔虫類の地理的分布と生物多様性

深海底栖有孔虫的地理分布和生物多样性

• 批准号: 10F00202
• 负责人: 北里 洋
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10F00202/
• 关键词: 有孔虫; 進化; 遺伝子; massive sequencing; 生物多様性; massive sequence

有孔虫の多様性に関する統合的な見方を得るために、最新の遺伝子解析技術であるイルミナ(Illumina)massive sequencingを用いて、環境サンプル(堆積物)からDNAとRNAを抽出した。塩基配列のうち、SSU rDNAの中で、37/fに注目して解析を行った。a)massive sequencing手法による環境サンプル中の有孔虫の多様性:世界の5つの海域から得られた堆積物試料についてmassive sequencingを行い、50万通りの異なったDNA遺伝子断片を得、1643OTUs(Operational Taxonomic Units)に区分できた。OTUsの半分は上科のレベルで同定することができ、それらの大半は早い時期に分化した軟質殻有孔虫グループであった。同様の手法を用いて、マリアナ海溝チャレンジャー海淵の堆積物の93の試料のDNAおよびRNAについて3500万の遺伝子断片を得た。30--40cmの深さの試料からも、非常に多くのOTUsグループが得られた。この事実は、DNA断片は生物そのものが死んだ後も「長時間、堆積物中で保存される」という考え方を支持している。b)小笠原海溝域のゼノフィオフォアXenophyophoresの分類と生態系における役割:小笠原海溝域から採取した3個体のゼノフィオフォアの形態は平行あるいは互いに組み合った小板の集合から形成されており、類似した形態的な特徴を持っていた。これらは、いずれもステルコマータというペレットを内包するチューブが殻内にある細胞質に分布する。分子分類と形態分類から、これらの3つの形態的に類似したゼノフィオフォアはいずれもおなじ属に所属する。このグループをタイプとする新属を提唱する。ゼノフィオフォアの軟体部にはステルコマータが分布し、そこにはPb210などの重金属濃度が高い。このグループは、重金属を濃集する性質を持つことが示唆される。

为了提供有关有孔虫多样性的综合视图，使用最新的遗传分析技术，即Illumina sequicensing从环境样品（种子）中提取DNA和RNA。在基本序列中，进行了分析，重点是SSU rDNA中的37/F。 a）使用大量测序技术在环境样品中的多样性：从世界各地的五个海洋中获得的沉积物样品进行了大规模测序，从而产生了500,000种不同的DNA基因片段，这些基因片段分为1643 OTUS（操作分类单位）。一半的OTU可以在上层家庭一级识别，其中大多数是早期分化的软壳有孔虫组。使用类似的技术，获得了3500万个基因片段，用于93个Mariana Trench挑战者深层沉积物的DNA和RNA。还从30-40 cm的深度中获得了大量的OTU组。这一事实支持这样的观念，即即使有机体本身死亡，即使在沉积物中保存了很长时间”。 b）异种植物学在ogasawara沟渠中的分类和生态系统作用：从ogasawara沟渠中收集的3个个体的形态是由一组平行或组合的血小板形成的，具有相似的形态学特征。所有这些都分布在细胞质中，其中包含一个称为stelcomatta的弹丸的管位于壳内部。基于分子和形态学分类，这三个在形态上相似的异种生物植物均属于同一属。我们将该群体作为一种类型提出了一个新属。 stelcomatas分布在仇外基团的软体内，并且诸如PB210之类的重金属浓度很高。建议该组具有丰富重金属的特性。

项目成果

Short rDNA Barcodes for Species Identification in Foraminifera

• DOI: 10.1111/j.1550-7408.2009.00468.x
• 发表时间: 2010-03-01
• 期刊: JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY
• 影响因子: 2.2
• 作者: Pawlowski, Jan;Lecroq, Beatrice
• 通讯作者: Lecroq, Beatrice

Assessment of foraminiferal richness from deep-sea benthos using Illumin a massive sequencing technology

使用 Illumin 大规模测序技术评估深海底栖有孔虫丰富度

• 发表时间: 2011
• 作者: Beatrice Lecroq;Franck Lejzerowicz;Jan Pawlowski;Philippe Esling;Loic Baerlocher;Laurent Farinelli;Magne Osteras
• 通讯作者: Magne Osteras

Ultra-deep sequencing of foraminiferal microbarcodes unveils hidden richness of early monothalamous lineages in deep-sea sediments

• DOI: 10.1073/pnas.1018426108
• 发表时间: 2011-08-09
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Lecroq, Beatrice;Lejzerowicz, Franck;Pawlowski, Jan
• 通讯作者: Pawlowski, Jan

Ultra-deep sequencing of ultra-deep sediment

超深层沉积物的超深度测序

• 发表时间: 2012
• 作者: 坂本裕紀;大竹翼;掛川武;高橋栄一・潮田雅司・浅野健太;BEATRICE LECROQ
• 通讯作者: BEATRICE LECROQ