深海生底生有孔虫類の地理的分布と生物多様性

深海底栖有孔虫的地理分布和生物多样性

• 批准号: 10F00202
• 负责人: 北里 洋
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10F00202/
• 关键词: 有孔虫; 進化; 遺伝子; massive sequencing; 生物多様性; massive sequence

有孔虫の多様性に関する統合的な見方を得るために、最新の遺伝子解析技術であるイルミナ(Illumina)massive sequencingを用いて、環境サンプル(堆積物)からDNAとRNAを抽出した。塩基配列のうち、SSU rDNAの中で、37/fに注目して解析を行った。a)massive sequencing手法による環境サンプル中の有孔虫の多様性:世界の5つの海域から得られた堆積物試料についてmassive sequencingを行い、50万通りの異なったDNA遺伝子断片を得、1643OTUs(Operational Taxonomic Units)に区分できた。OTUsの半分は上科のレベルで同定することができ、それらの大半は早い時期に分化した軟質殻有孔虫グループであった。同様の手法を用いて、マリアナ海溝チャレンジャー海淵の堆積物の93の試料のDNAおよびRNAについて3500万の遺伝子断片を得た。30--40cmの深さの試料からも、非常に多くのOTUsグループが得られた。この事実は、DNA断片は生物そのものが死んだ後も「長時間、堆積物中で保存される」という考え方を支持している。b)小笠原海溝域のゼノフィオフォアXenophyophoresの分類と生態系における役割:小笠原海溝域から採取した3個体のゼノフィオフォアの形態は平行あるいは互いに組み合った小板の集合から形成されており、類似した形態的な特徴を持っていた。これらは、いずれもステルコマータというペレットを内包するチューブが殻内にある細胞質に分布する。分子分類と形態分類から、これらの3つの形態的に類似したゼノフィオフォアはいずれもおなじ属に所属する。このグループをタイプとする新属を提唱する。ゼノフィオフォアの軟体部にはステルコマータが分布し、そこにはPb210などの重金属濃度が高い。このグループは、重金属を濃集する性質を持つことが示唆される。

Foraminifera の multiple others に masato す る integration of な square を る た め に analytical technology, the latest の but 伝 で あ る イ ル ミ ナ (Illumina) massive sequencing を with い て, environmental サ ン プ ル (deposits) か ら DNA と RNA を spare し た. In the base sequence of うち, in the SSU rDNA sequence of で, 37/fに, pay attention to the て and analyze the を line った. A) massive sequencing technique に よ る environment サ ン プ ル の of foraminifera の multiple others: の world 5 つ の waters か ら have ら れ た debris sample に つ い て massive sequencingを rows of を, 500,000 <s:1> homologous なったDNA progeny 伝 fragment を obtained, 1643OTUs(Operational Taxonomic Units)に distinguish で た た. OTUs の half は on secco の レ ベ ル で with fixed す る こ と が で き, そ れ ら の most は い earlier period に differentiation し た soft shell foraminifera グ ル ー プ で あ っ た. With others in の gimmick を with い て, マ リ ア ナ trench チ ャ レ ン ジ ャ ー fosse の debris の 93 の sample の DNA お よ び RNA に つ い て 35 million の 伝 son を must た fragment. 30- 40cm deep さ さ test material ら ら ら, very に large く く OTUsグ プが プが られた. こ の things be は, DNA fragment は biological そ の も の が die ん だ も after "で preserved in a long time, debris さ れ る" と い う え party を test support し て い る. B) the bonin trench domain の ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア Xenophyophores の classification と ecosystems に お け cut る service: bonin trench domain か ら take し た 3 individual の ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア は の form parallel あ る い は mutual い に group み close っ た platelet の collection か ら form さ れ て お り, similar し た form of な 徴 を hold っ て い た. こ れ ら は, い ず れ も ス テ ル コ マ ー タ と い う ペ レ ッ ト を insourcing す る チ ュ ー ブ が shell に あ る cytoplasm に distribution す る. Molecular classification と shape classification か ら, こ れ ら の 3 つ に の form similar し た ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア は い ず れ も お な じ genus に belongs す る. The new genus を tising する. ゼ ノ フ ィ オ フ ォ ア の software department に は ス テ ル コ マ ー タ が し, そ こ に は Pb210 な ど の が い high heavy metal concentration. The properties of を グ and を プ プ, as well as the concentration of heavy metals を and する, are を, supported by される, とが, とが and される.

项目成果

Short rDNA Barcodes for Species Identification in Foraminifera

• DOI: 10.1111/j.1550-7408.2009.00468.x
• 发表时间: 2010-03-01
• 期刊: JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY
• 影响因子: 2.2
• 作者: Pawlowski, Jan;Lecroq, Beatrice
• 通讯作者: Lecroq, Beatrice

Assessment of foraminiferal richness from deep-sea benthos using Illumin a massive sequencing technology

使用 Illumin 大规模测序技术评估深海底栖有孔虫丰富度

• 发表时间: 2011
• 作者: Beatrice Lecroq;Franck Lejzerowicz;Jan Pawlowski;Philippe Esling;Loic Baerlocher;Laurent Farinelli;Magne Osteras
• 通讯作者: Magne Osteras

Ultra-deep sequencing of foraminiferal microbarcodes unveils hidden richness of early monothalamous lineages in deep-sea sediments

• DOI: 10.1073/pnas.1018426108
• 发表时间: 2011-08-09
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Lecroq, Beatrice;Lejzerowicz, Franck;Pawlowski, Jan
• 通讯作者: Pawlowski, Jan

Ultra-deep sequencing of ultra-deep sediment

超深层沉积物的超深度测序

• 发表时间: 2012
• 作者: 坂本裕紀;大竹翼;掛川武;高橋栄一・潮田雅司・浅野健太;BEATRICE LECROQ
• 通讯作者: BEATRICE LECROQ