Pseudomonas sp. A9 におけるホモコリン分解経路の酵素学的研究

假单胞菌 A9 中高胆碱降解途径的酶学研究。

• 批准号: 10F00409
• 负责人: 森 信寛
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Tottori University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10F00409/
• 关键词: ホモコリン; トリメチルアミノブタノール; アラニンベタイン; 第4級アンモニウム化合物; ジメチルスルフィド; トリメチルアミノプロパノール

蛋白質のディファレンシャル分析により,ホモコリン生育菌体で特異的に発現している蛋白スポットを約90個見出した.主要なスポットをゲルから抽出し,トリプシン消化後,MALDI-TOF-MS分析を行った.ホモコリンの分解経路と考えられる蛋白質(コリン及びベタインアルデヒド脱水素酵素)を見出した.さらに,ホモコリン生育菌体でもっとも特異的に発現していた蛋白質は海洋性の細菌で見出されているDddD遺伝子産物と80%のホモロジーがあった.DddDはdimethylsulfoniopropionate(DMSP)のC-S結合を切断し,dimethylsulphide(DMS)と3-hydroxypropionateを生成する酵素[(CH_3)_2S^+CH_2CH_2COOH→CH_3SCH_3+CH_2(OH)CH_2COOH]である.この結果から,この蛋白質はβ-アラニンベタインのC-N結合を開裂し,トリメチルアミンと3-hydroxypropionateを生成する酵素と推定した.また,DddB(iron-containing alcohol dehydrogenase)やDddC(methylmalonate semi-aldehyde dehydrogenase)と高い相同性を持った蛋白質スポットを同定した.サブトラクション法を用いてゲノムのディファレンシャル分析を行い,約60個の特異的なDNA断片を同定した.これらのDNA断片中にコリン脱水素酵素,ベタインアルデヒド脱水素酵素,DddD,DddB,DddC遺伝子の一部を見出し,DNA配列を解読した.この配列と,プロテオミクス分析により決定したN-末端のアミノ酸配列の情報を元にプライマーを設計し,PCR法によりこれらの全長の塩基配列を決定した.Ddd遺伝子クラスター(6.2kbp)の全塩基配列を決定したが,DMSP分解細菌のDdd遺伝子クラスターで見出されているDddT遺伝子(ベタイン,カルニチン,コリントランスポーター)は存在しなかった.

Protein の デ ィ フ ァ レ ン シ ャ ル analysis に よ り, ホ モ コ リ ン fertility bacteria で specific に 発 now し て い る protein ス ポ ッ ト を out about 90 し た. Main な ス ポ ッ ト を ゲ ル か ら drew し, ト リ プ シ ン after digestion, MALDI - TOF - MS analysis line を っ た. ホ モ コ リ ン decomposition 経 の way と exam え ら れ る protein (コ リ ン and び ベ タ イ ン ア ル デ ヒ ド dehydrated vegetable enzyme) を shows し た. さ ら に, ホ モ コ リ ン fertility bacteria で も っ と も specific に 発 now し て い た protein Qualitative は maritime の bacteria で shows さ れ て い る DddD heritage 伝 zi chan と 80% の ホ モ ロ ジ ー が あ っ た. DddD は dimethylsulfoniopropionate (DMSP) の C -s を cut し, dimethylsulphide (DMS) と 3 - hydroxyp [ropionate を generated す る enzyme (CH_3) _2S ^ + CH_2CH_2COOH - CH_3SCH_3 + CH_2 (OH) CH_2COOH] で あ る. こ の results か ら, こ の protein は beta ア ラ ニ ン ベ タ イ ン の C - N し を cracking, ト リ メ チ ル ア ミ ン と 3 - hyd roxypropionateを generates する enzyme と presumed た た. Youdaoplaceholder4,DddB(iron-containing alcohol dehydrogenase)やDddC(methylmalonate semi-aldehyde High dehydrogenase) と い identity を hold っ た protein ス ポ ッ ト を with fixed し た. サ ブ ト ラ ク シ ョ を ン method with い て ゲ ノ ム の デ ィ フ ァ レ ン シ ャ ル analysis を い, about 60 の specific DNA fragment な を with fixed し た. こ れ ら の DNA fragment に コ リ ン dehydrated vegetable enzyme, ベ タ イ ン ア ル デ ヒ ド dehydration Traces of enzymes, DddD, DddB DddC 伝 son の a を see し, DNA match column を solution 読 し た. こ match column と の, プ ロ テ オ ミ ク ス analysis に よ り decided し た N - terminal の ア ミ ノ acid with column の intelligence を yuan に プ ラ イ マ ー を し design, PCR method に よ り こ れ ら の span の salt base with column を decided し た. Ddd 伝 ク son ラ ス タ ー (KBP) 6.2 の salt base full column を decided し た が, DMSP decomposing bacteria の Ddd posthumous son 伝 ク ラ ス タ ー で shows さ れ て い る DddT heritage 伝 child (ベ タ イ ン, カ ル ニ チ ン, コ リ ン ト ラ ン ス ポ ー タ ー) exist は し な か っ た.

项目成果

Microbial Degradation of Homocholine

同胆碱的微生物降解

• 发表时间: 2011
• 作者: Mohamed Ahmed Isam Ali.;J.Arima;T.Ichiyanagi;N.Mori
• 通讯作者: N.Mori