Construction of protein-structure prediction method based on liquid state theory

基于液态理论的蛋白质结构预测方法构建

• 批准号: 22300100
• 负责人: KINOSHITA Masahiro
• 金额: $ 11.07万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22300100/
• 关键词: 蛋白質; フォールディング; 立体構造予測; 水和; 自由エネルギー関数; α-ヘリックス; エントロピー; 膜蛋白質; ケミカルシフト; 水和エントロピー; 積分方程式論; 形態熱力学理論; フラグメントアセンブリ法; 分子性流体用積分方程式論; 比較モデリング法

We analyze the structural stabilities of proteins in aqueous and nonpolar environments, thus revealing their differences. Free-energy functions are constructed for these proteins on the basis of liquid-state theories and their usefulness is demonstrated. After generating a number of candidate structures using typical bioinformatics techniques, we select the structure giving the free-energy function for a protein in aqueous environment: Promising results are obtained for several proteins tested.

我们分析了蛋白质在水和非极性环境中的结构稳定性，从而揭示了它们的差异。自由能函数构建这些蛋白质的液体状态理论的基础上，证明了它们的有用性。在使用典型的生物信息学技术生成了一些候选结构后，我们选择了在水环境中给出蛋白质自由能函数的结构：对几种测试的蛋白质获得了有希望的结果。

项目成果

タンパク質水和理論の新機軸III．理論的考察

蛋白质水化理论的新创新三．

• 发表时间: 2012
• 期刊: 生物物理
• 作者: Shigehiko Hayashi;Hiroshi Ueno;Abdul Rajjak Shaikh;Myco Umemura;Motoshi Kamiya;Yuko Ito;Mitsunori Ikeguchi;Yoshihiro Momoriya;Ryota Iino;Hiroyuki Noji;木下正弘，永山國昭
• 通讯作者: 木下正弘，永山國昭

Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys

用于区分蛋白质天然折叠和错误折叠诱饵的自由能函数

• DOI: 10.1002/prot.23036
• 发表时间: 2011
• 期刊: Proteins-Structure Function and Bioinformatics
• 影响因子: 2.9
• 作者: S.Yasuda;T.Yoshidome;Y.Harano;E.Roth;H.Oshima;K.Oda;Y.Sugita;M.Ikeguchi;M.Kinoshita
• 通讯作者: M.Kinoshita

シャペロニンに対する蛋白質挿入のダイナミクス

蛋白质插入相对于伴侣蛋白的动态

• 发表时间: 2012
• 作者: 原諒平;天野健一;木下正弘;吉森明
• 通讯作者: 吉森明

Statistical Thermodynamics for Cold Denaturation of Proteins

蛋白质冷变性的统计热力学

• 发表时间: 2010
• 作者: H.Oshima;T.Yoshidome;K.Amano;M.Kinoshita
• 通讯作者: M.Kinoshita

Insertion and Release of a Big Sphere into and from a Cylindrical Vessel

将大球体插入圆柱形容器或从圆柱形容器中释放

• 发表时间: 2010
• 作者: K.Amano;M.Kinoshita
• 通讯作者: M.Kinoshita