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Development of Gene Regulatory Network Analysis Methods for Revealing Cell Differentiation Processes

Development of Gene Regulatory Network Analysis Methods for Revealing Cell Differentiation Processes
开发揭示细胞分化过程的基因调控网络分析方法
批准号：
22310125
负责人：
MATSUDA Hideo
金额：
$11.98万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2010 至 2012
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22310125/
关键词：
遺伝子ネットワーク細胞分化ベイジアンネットワーク遺伝子制御ネットワーク遺伝子発現プロファイルバイオインフォマティクス遺伝子発現解析

项目摘要

项目成果

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我们构建了一个数学模型表达基因调控关系，基因调控网络的基础上，对多个细胞分化。我们成功地探索了在小鼠脂肪细胞和成骨细胞两种细胞分化过程中出现的几个调控基因。我们开发了一种在大规模并行服务器上的并行处理方法，以减少处理的大量计算成本。
英文摘要
We constructed a mathematical model for expressing gene regulatory relationships, based on gene regulatory networks, on multiple cell differentiations. We successfully explored several regulatory genes appeared in both of the two cell differentiations of mouse adipocytes and osteoblasts. We developed a parallel processing method on massively parallel servers to reduce a large amount of computational costs of the processing.
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会议论文
Feature selection for specifying experimental conditions that activate gene transcriptions
用于指定激活基因转录的实验条件的特征选择
DOI： --
发表时间： 2011
期刊：
影响因子： --
作者： [Nozawa A, Ogasawara T, Matsunaga S, Iwasaki T, Sawasaki T, Endo Y, Sho Ohsuga]
通讯作者： Sho Ohsuga
Network analysis for time-series expression profile using nested effects models
使用嵌套效应模型对时间序列表达谱进行网络分析
DOI： --
发表时间： 2011
期刊：
影响因子： --
作者： [Tatsuya Kitaguchi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda]
通讯作者： Hideo Matsuda
大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用
大规模基因网络分析及其应用
DOI： --
发表时间： 2010
期刊：
影响因子： --
作者： [Ichinose, N., Yada, T., Gotoh O., 松田秀雄]
通讯作者： 松田秀雄
スパコンによる遺伝子ネットワーク解析
使用超级计算机进行基因网络分析
DOI： --
发表时间： 2012
期刊：
影响因子： --
作者： [Matsui, T. et al., 松田秀雄]
通讯作者： 松田秀雄
共 19 条
    Development of multiple classification and comparison methods of cells based on information criteria and their applications to Cell Atlas
    • 批准号：
      19K22894
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额：
      $4.16万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Development of cell diversity analysis method based on gene regulatory prediction by Bayesian network
    • 批准号：
      18H04124
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
    • 资助金额：
      $22.63万
    • 财政年份：
      2018
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Comprehensive and Systematic Analysis of Cell Migration Dynamics by Real-Time Bioimaging
    • 批准号：
      16K12525
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.25万
    • 财政年份：
      2016
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Dynamic analysis for living cell environment by 4D imaging
    • 批准号：
      24651229
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.58万
    • 财政年份：
      2012
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    海外基金