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Development of cell diversity analysis method based on gene regulatory prediction by Bayesian network

Development of cell diversity analysis method based on gene regulatory prediction by Bayesian network
基于贝叶斯网络基因调控预测的细胞多样性分析方法开发
批准号：
18H04124
负责人：
MATSUDA Hideo
金额：
$22.63万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2018
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2018-04-01 至 2022-03-31
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18H04124/
关键词：
遺伝子制御ネットワーク推定動的ベイジアンネットワークモデル1細胞RNAシーケンシング細胞系譜推定バイオインフォマティクス１細胞RNAシーケンシング細胞系譜解析ネットワーク解析遺伝子発現解析ベイジアンネットワークトランスクリプトーム解析時系列データ解析1細胞トランスクリプトーム解析

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Detecting Lineage-Specific Marker Genes for Tumor Evolution Based on Single Cell Transcriptome
DOI： 10.17706/ijbbb.2021.11.3.50-57
发表时间： 2021
期刊：
影响因子： --
作者： [Kosho Murayama;H. Matsuda]
通讯作者： Kosho Murayama;H. Matsuda
Detection of fusion genes from human breast cancer cell-line RNA-Seq data using shifted short read clustering
使用移位短读聚类检测人乳腺癌细胞系 RNA-Seq 数据中的融合基因
DOI： --
发表时间： 2018
期刊：
影响因子： --
作者： [Yoshiaki Sota, Shigeto Seno, Hironori Shigeta, Naoki Osato, Masafumi Shimoda, Shinzaburo Noguchi, Hideo Matsuda]
通讯作者： Hideo Matsuda
A Method for Detection of Markers for Epithelial-Mesenchymal Transition based on Single Cell Transcriptomic Data
DOI： 10.1145/3510427.3510436
发表时间： 2022-01
期刊： Proceedings of the 2022 12th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
影响因子： --
作者： [Kosho Murayama;H. Matsuda]
通讯作者： Kosho Murayama;H. Matsuda
Improvement of detection performance of fusion genes from RNA-seq data by clustering short reads
通过短读长聚类提高 RNA-seq 数据融合基因的检测性能
DOI： 10.1142/s0219720019400080
发表时间： 2019
期刊： Journal of Bioinformatics and Computational Biology
影响因子： 1
作者： [Sota Yoshiaki, Seno Shigeto, Shigeta Hironori, Osato Naoki, Shimoda Masafumi, Noguchi Shinzaburo, Matsuda Hideo]
通讯作者： Matsuda Hideo
共 7 条
    Development of multiple classification and comparison methods of cells based on information criteria and their applications to Cell Atlas
    • 批准号：
      19K22894
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额：
      $4.16万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Comprehensive and Systematic Analysis of Cell Migration Dynamics by Real-Time Bioimaging
    • 批准号：
      16K12525
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.25万
    • 财政年份：
      2016
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Dynamic analysis for living cell environment by 4D imaging
    • 批准号：
      24651229
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.58万
    • 财政年份：
      2012
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Development of Gene Regulatory Network Analysis Methods for Revealing Cell Differentiation Processes
    • 批准号：
      22310125
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $11.98万
    • 财政年份：
      2010
    • 负责人：
      MATSUDA Hideo
    • 依托单位：
      Osaka University