A searching method for interacting chemical compounds for target proteins using 3D structures of compound-protein complexes

利用化合物-蛋白质复合物的 3D 结构搜索目标蛋白质相互作用的化合物的方法

• 批准号: 22500274
• 负责人: KAWABATA Takeshi
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Osaka University (2011-2012)Nara Institute of Science and Technology (2010)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22500274/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 構造バイオインフォマティクス

We developed the program kcombu to calculate one-to-one atomic correspondences from 2D structures of chemical compounds. The method is based on the classical concept, maximum common substructure (MCS). Our method employs the fast heuristic “build-up” algorithm, and calculates topologoically-constrained disconnected MCS (TD-MCS) in addition to conventional connected and disconnected MCS. Based on this program, we developed a template-based structural prediction method of chemical compounds. We also researched common and specific 3D features of chemical compounds, which bind to proteins of the same family.

我们开发了从化合物的二维结构计算一对一原子对应关系的程序kcomu。该方法基于经典的最大公共子结构(MCS)概念。我们的方法使用快速启发式“构建”算法，除了计算传统的连通和不连通MCS外，还计算了拓扑约束的不连通MCS(TD-MCS)。在此基础上，我们开发了一种基于模板的化合物结构预测方法。我们还研究了化合物的共同和特定的3D特征，这些化合物与同一家族的蛋白质结合。

项目成果

結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド-蛋白質複合体予測

通过结合结合位点预测和对接计算来预测配体-蛋白质复合物

• 发表时间: 2010
• 作者: 加藤文彦;川端猛
• 通讯作者: 川端猛

化合物構造比較プログラムKCMOBUサーバ

化合物结构比较程序KCMOBU服务器

The build-up algorithm formatching chemicalsubstructures

格式化化学子结构的构建算法

• 发表时间: 2010
• 作者: 宮田雄輔;川端猛;宮田敏;川端猛
• 通讯作者: 川端猛

結合部位予測とドッキング計算の組み合わせによるリガンド・蛋白質複合体予測

通过结合结合位点预测和对接计算来预测配体-蛋白质复合物

• 发表时间: 2010
• 作者: 加藤文彦;川端猛
• 通讯作者: 川端猛

リガンド結合構造の比較モデリング －リガンド類似性・蛋白質相同性の予測精度への影響 －

配体结合结构的比较建模 - 配体相似性和蛋白质同源性对预测准确性的影响 -

• 发表时间: 2012
• 作者: 川端 猛;中村春木
• 通讯作者: 中村春木