Methods of genome-wide gene-gene interaction analysis

全基因组基因-基因相互作用分析方法

• 批准号: 22590300
• 负责人: TAMIYA Gen
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Yamagata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22590300/
• 关键词: SNP-GWAS; SNPs; ゲノムワイド関連解析; モデル選択; 変数選択; 遺伝子×遺伝子相互作用; 高次元変数選択; 量的形質

We propose utilizing a model selection strategy for an exhaustive interaction analysis in whole GWA data. Our new software, EPISIS, implements the ‘sure independence screening', which has two major parts, screening and variable selection;EPISIS can complete an exhaustive search for all possible SNP by SNP interactions innon-filtered GWA data within several days under common computing environments. Ourfast program is applied to find novel genetic components in GWA data from WTCCC (Wellcome Trust Case-Control Consortium).

我们建议利用模型选择策略对整个GWA数据进行详尽的相互作用分析。我们的新软件EPISIS实现了“绝对独立筛选”，它包括筛选和变量选择两个主要部分；在普通计算环境下，EPISIS可以在几天内完成对未过滤的GWA数据中所有可能的SNP相互作用的详尽搜索。我们的快速程序被应用于从WTCCC （Wellcome Trust Case-Control Consortium）的GWA数据中寻找新的遗传成分。

项目成果

Boosting local quasi-likelihood estimators

增强局部拟似然估计

• 发表时间: 2010
• 期刊: Annals of the Institute of Statistical Mathematics VOL.62
• 作者: Ueki M;Fueda K
• 通讯作者: Fueda K

Polymorphism of proinflammatory cytokine genes and albuminuria in the Japanese general population: the Takahata study

日本普通人群促炎细胞因子基因多态性和蛋白尿：高畑研究

• DOI: 10.1093/ndt/gfr105
• 发表时间: 2011
• 期刊: Nephrol Dial Transplant
• 作者: Mashima Y;Konta T;Kudo K;Suzuki K;Ikeda A;Ichikawa K;Shibata Y;Watanabe T;Tamiya G;Kato T;Kawata S;Kubota I.
• 通讯作者: Kubota I.

Genome-wide gene-gene interaction analysis based on ultrahigh-dimensional variable selection

基于超高维变量选择的全基因组基因间相互作用分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Ueki M;Kawasaki Y;平塚正治;Shima H;Ueki M.
• 通讯作者: Ueki M.

役に立つ集団遺伝学

有用的群体遗传学

• 发表时间: 2012
• 作者: Ueki M;Kawasaki Y;平塚正治;Shima H;Ueki M.;島礼;島礼;Tamiya G.;島礼;田宮元
• 通讯作者: 田宮元

高次元変数選択法によるゲノムワイド遺伝子-遺伝子および遺伝子-環境相互作用解析法

使用高维变量选择方法的全基因组基因-基因和基因-环境相互作用分析方法

• 发表时间: 2012
• 作者: Kishimoto A;Tanuma N;Suzuki M;Sasaki;N Abe T;Kiyonari H;Aizawa S-i,Watanabe T;Shima H;植木優夫
• 通讯作者: 植木優夫