Molecular analysis for evaluation of genetic diversity and taxonomic relationships among populations of Japanese newts

评估日本蝾螈种群遗传多样性和分类关系的分子分析

• 批准号: 22770087
• 负责人: TOMINAGA Atsushi
• 金额: $ 1.75万
• 依托单位: University of the Ryukyus
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22770087/
• 关键词: 分子系統地理; イモリ属; 日本; 遺伝的分化; 種分化; マイクロサテライト; ｍｔDNA; 東アジア; 系統解析; 系統地理解析; 集団遺伝解析; 氷期; ミトコンドリアDNA

We investigated the phylogenetic relationships and estimated the historical demography of the Japanese fire-bellied newt, Cynops pyrrhogaster, from Japanese mainlands using 1407-bp sequences of the mitochondrial DNA (NADH6, tRNAglu, cyt b) and 1208-bp sequences of nuclear DNA (Rag-1) genes. Phylogenetic trees based on mitochondrial DNA revealed four major clades (NORTHERN, CENTRAL, WESTERN, and SOUTHERN clades) within this species. Nuclear gene presented no obvious patterns of geographic structure except for the NORTHERN clade, suggesting results of incomplete lineage sorting. We developed 15 novel microsatellite markers for C. pyrrhogaster using next generation sequencer. Genetic survey using these markers around a boundary region revealed allele frequencies of CENTRAL clade differ from those of WESTERN clade, suggesting these clades reproductively isolated from each other.

我们使用 1407 bp 的线粒体 DNA（NADH6、tRNAglu、cyt b）序列和 1208 bp 的核 DNA (Rag-1) 基因序列，研究了来自日本大陆的日本火腹蝾螈 (Cynopspyrrhogaster) 的系统发育关系并估计了其历史人口统计学。基于线粒体 DNA 的系统发育树揭示了该物种内的四个主要分支（北部、中部、西部和南部分支）。除NORTHERN分支外，核基因没有表现出明显的地理结构模式，表明谱系排序不完整。我们使用下一代测序仪为 C.pyrrhogaster 开发了 15 个新型微卫星标记。在边界区域周围使用这些标记进行的遗传调查显示，中央分支的等位基因频率与西部分支的等位基因频率不同，表明这些分支在生殖上彼此隔离。

项目成果

アカハライモリにみられる遺伝的分化

红腹蝾螈的遗传分化

• 发表时间: 2012
• 作者: 富永篤;松井正文;吉川夏彦;西川完途;林光武
• 通讯作者: 林光武

アカハライモリにみられる遺伝集団とその分布

红腹蝾螈的遗传种群及其分布

• 发表时间: 2011
• 作者: Tominaga;A.;Matsui;M.;Yoshikawa;N.;Nishikawa;松浦啓一;富永篤・松井正文・吉川夏彦・西川完途・林光武
• 通讯作者: 富永篤・松井正文・吉川夏彦・西川完途・林光武

Phylogeny and historical demography of Cynops pyrrhogaster (Amphibia: Urodela)

Cynopspyrrogaster（两栖纲：Urodela）的系统发育和历史人口学

• 发表时间: 2012
• 作者: Tominaga;A.;Matsui;M.;Yoshikawa;N.;Nishikawa
• 通讯作者: Nishikawa

アカハライモリに見られる遺伝的分化

红腹蝾螈的遗传分化

• 作者: Tominaga;A.;Matsui;M.;Yoshikawa;N.;Nishikawa;松浦啓一;富永篤・松井正文・吉川夏彦・西川完途・林光武;富永篤，松井正文，吉川夏彦，西川完途
• 通讯作者: 富永篤，松井正文，吉川夏彦，西川完途

Phylogeny and historical demography of Cynops pyrrhogaster (Amphibia: Urodela): Taxonomic relationships and distributional changes associated with climatic oscillations

• DOI: 10.1016/j.ympev.2012.10.015
• 发表时间: 2013-03-01
• 期刊: MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION
• 影响因子: 4.1
• 作者: Tominaga, Atsushi;Matsui, Masafumi;Ota, Hidetoshi
• 通讯作者: Ota, Hidetoshi