Algebraic Topological Approaches to Protein Structure Analysis

蛋白质结构分析的代数拓扑方法

• 批准号: 22654016
• 负责人: HIRAOKA Yasuaki
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Kyushu University (2011-2012)Hiroshima University (2010)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22654016/
• 关键词: タンパク質; 圧縮率; パーシステントホモロジー群; アルファ複体; 最小生成元; Wasserstein距離; パーシステント・ホモロジー群; ホモロジー群

In this research, we developed some approaches based on algebraic topology to several problems of protein structure analysis. We succeeded in developing a new quantification of protein compressibility by using data in Protein Data Bank. The key tool is persistent homology and persistent diagrams, which enable us to detect information on cavities with certain properties. In addition, we also proposed a technique to classify proteins from their geometric structure by means of distance functions on persistent diagrams.

本研究针对蛋白质结构分析中的几个问题，发展了一些基于代数拓扑的方法。我们成功地开发了一种新的定量蛋白质的压缩性，通过使用蛋白质数据库中的数据。关键的工具是持久的同源性和持久的图表，使我们能够检测具有某些属性的腔的信息。此外，我们还提出了一种技术，通过持久图上的距离函数从蛋白质的几何结构进行分类。

项目成果

計算トポロジーの応用

计算拓扑的应用

• 发表时间: 2012
• 作者: K. Obuse;S. Takehiro;M. Yamada;平岡裕章;A.C.Chian;平岡裕章
• 通讯作者: 平岡裕章

パーシステントホモロジー群 -離散データのトポロジカル解析-

持久同源群-离散数据的拓扑分析-

• 发表时间: 2013
• 期刊: Kyushu University COE Lecture Note
• 作者: Masanobu Inubushi;Miki U. Kobayashi;Shin-ichi Takehiro;Michio Yamada;Keiji Kimura;Kiori Obuse;K.Iiyamada;平岡裕章;平岡裕章
• 通讯作者: 平岡裕章

パーシステントホモロジー群のタンパク質構造解析への応用

持久同源群在蛋白质结构分析中的应用

• 发表时间: 2013
• 作者: A. C. Chian;R. A. Rodrigo;E. L. Rempel;Y. Saiki and M. Yamada;平岡裕章
• 通讯作者: 平岡裕章

パーシステントホモロジー群--離散データのトポロジカル解析--

持久同源群--离散数据的拓扑分析--

• 发表时间: 2013
• 期刊: COE Lecture Note
• 作者: Masanobu Inubushi;Miki U. Kobayashi;Shin-ichi Takehiro;Michio Yamada;Keiji Kimura;Kiori Obuse;K.Iiyamada;平岡裕章
• 通讯作者: 平岡裕章

現象を解明する数学

数学阐明现象

• 作者: K. Obuse;S. Takehiro;M. Yamada;平岡裕章;A.C.Chian;平岡裕章;K..Obuse;平岡裕章
• 通讯作者: 平岡裕章