Nuclear genome analyses of Hatena arenicola using by next generation sequencing

使用下一代测序对 Hatena arenicola 进行核基因组分析

• 批准号: 22657024
• 负责人: INOUYE Isao
• 金额: $ 2.1万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22657024/
• 关键词: ゲノム; 細胞内共生; 進化

Hatena arenicola, a kathablepharid flagellate that maintains endosymbiotic algae temporary, is considered to be in the intermediate stage of secondary endosymbiosis. However, it is difficult to get an enough amount of DNA from H. arenicola because the flagellate cannot be cultured. Thus, we study the possibility of the genomic analyses using DNA amplified from single or a few cells. We succeeded to get genomic DNA sequences from plural cells of H. arenicola, but the most reads (about 90%) consisted of 2. 4 base pair repeated sequences. We performed BLASTx for the remaining 10% reads and identified possible sequences originated from Hatena genome. However, it was difficult to cover the whole nuclear genome of Hatena using these sequences, thus we concluded that further examination is necessary.

Hatena arenicola 是一种暂时维持内共生藻类的鞭毛虫，被认为处于次级内共生的中期阶段。然而，由于鞭毛虫无法培养，因此很难从 H. arenicola 中获得足够量的 DNA。因此，我们研究使用从单个或几个细胞扩增的 DNA 进行基因组分析的可能性。我们成功地从 H. arenicola 的多个细胞中获得了基因组 DNA 序列，但大多数读数（约 90%）由 2. 4 碱基对重复序列组成。我们对剩余 10% 的读数进行了 BLASTx，并鉴定了源自 Hatena 基因组的可能序列。然而，利用这些序列很难覆盖 Hatena 的整个核基因组，因此我们得出结论，需要进一步检查。

项目成果

NBRP「藻類」:未来を支える藻類リソース

NBRP“藻类”：支撑未来的藻类资源

• 发表时间: 2011
• 作者: 山口晴代;井上勲
• 通讯作者: 井上勲

Taxonomy of Nephroselmis viridis sp. nov. (Nephroselmidophyceae, Chlorophyta), a sister marine species to freshwater N. olivacea

• DOI: 10.1007/s10265-010-0349-y
• 发表时间: 2011-01-01
• 期刊: JOURNAL OF PLANT RESEARCH
• 影响因子: 2.8
• 作者: Yamaguchi, Haruyo;Suda, Shoichiro;Inouye, Isao
• 通讯作者: Inouye, Isao

NBRP「藻類」:日本における藻類の収集・保存・提供-ナショナルバイオリソースプロジェクトの活動

NBRP“藻类”：日本藻类的收集、保存和提供 - 国家生物资源项目活动

• 发表时间: 2010
• 作者: 河地正伸;川井浩史;井上勲;中山剛;石田健一郎;渡邉信;羽生田岳昭;山岸隆博;甲斐厚;中山卓郎;笠井文絵
• 通讯作者: 笠井文絵

藻類から見た地球進化と地球環境

从藻类看全球进化和全球环境

• 发表时间: 2011
• 作者: 山口晴代;井上勲;井上勲
• 通讯作者: 井上勲

NBRP「藻類」:日本における藻類の収集・保存・提供.ナショナルバイオリソースプロジェクトの活動

NBRP“藻类”：日本藻类的收集、保存和提供。国家生物资源项目的活动

• 发表时间: 2010
• 作者: 河地正伸;川井浩史;井上勲;中山剛;石田健一郎;渡邉信;羽生田岳昭;山岸隆博;甲斐厚;中山卓郎;笠井文絵
• 通讯作者: 笠井文絵