Metagenome analysis of polymicrobial diseases and its application to clinical fields

多种微生物疾病的宏基因组分析及其在临床领域的应用

基本信息

批准号：
23310144
负责人：
HAYASHI Tetsuya
金额：
$ 13.06万
依托单位：
University of Miyazaki
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011-04-01 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

Papillomatous digital dermatitis (PDD) is caused by multiple bacteria including non-cultivable species, and is one of the polymicrobial diseases, a new category of infectious diseases. In this project, we developed a protocol for DNA extraction and a genome sequence assembler, both suitable for metagenome analysis of PDD. By using them, we obtained high quality reference metagenome sequences that can be used to reconstitute the genomes of major causative agents of PDD. As for Treponema phagedenis, a uniquely cultivable PDD-related species, we determined the complete genome sequences of one PDD-derived strain and one human-derived standard strain and, in addition, the high quality draft sequences of 5 PDD-derived strains. By comparing these genomes, we revealed unique mechanisms of evolution and diversification of this microbe via explosive amplification of IS and MITE elements, multiple phage infections, and extensive genome rearrangements mediated by these mobile genetic elements.

乳头状数字性皮炎（PDD）是由包括不可培养物种在内的多种细菌引起的，并且是一种多菌血性疾病之一，是一种新的传染病。在这个项目中，我们开发了一种用于DNA提取的方案和一个基因组序列组件，均适用于PDD的元基因组分析。通过使用它们，我们获得了高质量的参考元基因组序列，可用于重建PDD主要致病剂的基因组。至于一种与独特的PDD相关物种的Treponema Phagedenis，我们确定了一个PDD衍生菌株和一种人类衍生的标准菌株的完整基因组序列，此外，还确定了5个PDD衍生菌株的高质量草稿序列。通过比较这些基因组，我们通过IS和螨元素的爆炸性扩增，多种噬菌体感染以及由这些移动遗传元素介导的广泛的基因组重排，揭示了该微生物进化和多样化的独特机制。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

腸内共生系のバイオサイエンス

肠道共生系统的生物科学

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kazumi Kasakura;Kyoko Takahashi;Tomoko Ito;Kikuji Itoh;Akira Hosono;Shuichi Kaminogawa;高橋恭子;遠國正樹・尾張敏章・平田雅和・鈴木祐紀・高橋功一・笠原久臣・芝野博文;高橋恭子;高橋恭子
通讯作者：
高橋恭子

6.1 病原菌と常在菌の境界(第6 章腸内共生系の破綻と疾病)

6.1 致病菌与常驻菌的界限（第六章肠道共生系统的崩溃与疾病）