Escherichia coli pan-genome analysis using next-generation DNA sequencing technologies

使用下一代 DNA 测序技术进行大肠杆菌泛基因组分析

• 批准号: 20310116
• 负责人: HAYASHI Tetsuya
• 金额: $ 12.56万
• 依托单位: University of Miyazaki
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20310116/
• 关键词: ゲノム; 微生物; 細菌; 進化; 感染症

We collected numerous Escherichia coli strains of various pathotypes and origins and performed a large scale genome sequencing using next-generation sequencers. Genomic comparison of these sequenced strains and already sequenced strains provided the pan-genome information of E. coli and revealed several genomic features characteristic to enterohemorrhagic E. coli (EHEC) or other pathotypes. Furthermore, we found a significant number of E. arbertii strains are included in the strains isolated as EHEC or enteropathogenic E. coli (EPEC) and obtained draft sequences of representative E. arbertii strains.

我们收集了许多不同致病型和来源的大肠杆菌菌株，并使用下一代测序仪进行了大规模的基因组测序。将测序的菌株与已测序的菌株进行基因组比较，提供了大肠杆菌全基因组信息。大肠杆菌，并揭示了一些基因组特征的肠出血性大肠杆菌。大肠杆菌（EHEC）或其他致病型。此外，我们还发现了大量的E。在作为EHEC或肠致病性E. coli（EPEC）的基因组序列，并获得了代表性E. arbertii菌株。

项目成果

Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli 0157 genomes.

通过分析大肠杆菌 0157 基因组中的小尺寸结构多态性，推断插入序列 (IS) 元件对细菌基因组多样化的影响。

• 发表时间: 2009
• 期刊: Genome Res. 19
• 作者: T.Ooka;Y.Ogura;(他5名);T.Hayashi
• 通讯作者: T.Hayashi

Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli O157 genomes

• DOI: 10.1101/gr.089615.108
• 发表时间: 2009-10-01
• 期刊: GENOME RESEARCH
• 影响因子: 7
• 作者: Ooka, Tadasuke;Ogura, Yoshitoshi;Hayashi, Tetsuya
• 通讯作者: Hayashi, Tetsuya

Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coil strain SEll isolated from a healthy adult.

从健康成人中分离出的野生型共生大肠杆菌菌株 SEll 的完整基因组序列和比较分析。

• 发表时间: 2008
• 期刊: DNA Res. 15(6)
• 作者: K.Oshima;H.Toh;Y.Ogura;他;T.Ooka;他;T.Hayashi;K.Itoh;M.Hattori
• 通讯作者: M.Hattori

腸管出血性大腸菌O157の志賀毒素ファージの比較解析.

肠出血性大肠杆菌O157中志贺毒素噬菌体的比较分析。

• 发表时间: 2010
• 作者: 小椋義俊;他
• 通讯作者: 他

Whole genome sequencing analysis of O26, O111, and O103 EHEC

O26、O111 和 O103 EHEC 的全基因组测序分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 大岡唯祐;他;Hayashi T. (invited speaker)
• 通讯作者: Hayashi T. (invited speaker)