Metagenomic research of virus infections in human clinical specimens by high-throughput DNA sequencing in Thailand

泰国通过高通量 DNA 测序对人类临床标本中的病毒感染进行宏基因组研究

• 批准号: 23406033
• 负责人: NAKAYA Takaaki
• 金额: $ 11.98万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23406033/
• 关键词: ウイルス; メタゲノム; 次世代シーケンサー; タイ; タイ王国; ハイスループットシーケンサー; 感染症; タイ国; ウイルス感染症; ハイスループットシークエンサー; インフルエンザウイルス

Newly developed next-generation sequencing (NGS) technologies can be used to generate large amounts of unbiased data (gigabases) in a single round of operation. So far, we have conducted a direct metagenomic diagnosis of virus infections in human clinical specimens using NGS in Japan. In this study, we collaborated with Osaka University and the Ministry of Public Health, Thailand, to conduct metagenomic research in order to identify causative agents of 36 clinical infectious cases caused by unknown pathogens in Thailand. Several rounds of high-throughput sequencing identified human pathogenic viruses, such as Picornaviridae, Paramyxoviridae, Coronaviridae, Herpesviridae, and Parvoviridae, in 23 specimens.

新开发的下一代测序（NGS）技术可用于在单轮操作中生成大量无偏数据（千兆位）。到目前为止，我们已经在日本使用NGS对人类临床标本中的病毒感染进行了直接宏基因组诊断。在这项研究中，我们与大坂大学和泰国公共卫生部合作进行宏基因组研究，以确定泰国36例由未知病原体引起的临床感染病例的病原体。几轮高通量测序鉴定了23份标本中的人类致病病毒，如小核糖核酸病毒科、副粘病毒科、冠状病毒科、疱疹病毒科和细小病毒科。

项目成果

Tropism of Pandemic 2009 H1N1 Influenza a Virus.

• DOI: 10.3389/fmicb.2012.00128
• 发表时间: 2012
• 期刊: Frontiers in microbiology
• 影响因子: 5.2
• 作者: Ramadhany R;Yasugi M;Nakamura S;Daidoji T;Watanabe Y;Takahashi K;Ikuta K;Nakaya T
• 通讯作者: Nakaya T

H1N1 2009-HAゲノムのディープシークエンス解析

H1N1 2009-HA 基因组的深度序列分析

• 作者: Jesmin S;Rahman A;/Yamaguchi N;Hiroaki M;Mizutani T;Moroi M;中屋 隆明
• 通讯作者: 中屋 隆明

次世代シークエンサーのウイルス性疾患同定への適用

新一代测序仪在病毒性疾病鉴定中的应用

• 发表时间: 2012
• 期刊: 臨床とウイルス
• 作者: 山田 健太郎;野口 賀津子;西園 晃;Jesmin /Akashi et al.;中屋隆明
• 通讯作者: 中屋隆明

メタゲノム解析を応用した網羅的病原体検出法

应用宏基因组分析的综合病原体检测方法

• 发表时间: 2012
• 期刊: 最新医学
• 作者: 中村昇太;中屋隆明;飯田哲也
• 通讯作者: 飯田哲也

新興・再興ウイルス感染症のダイナミクス

新出现和重新出现的病毒感染的动态

• 发表时间: 2012
• 作者: 中屋隆明