Computer simulation of the molecular mechanism of processivity in sugar-degrading enzymes

糖降解酶持续合成能力分子机制的计算机模拟

• 批准号: 5410758
• 负责人: Professor Dr. Berend de Groot
• 金额: --
• 依托单位: Max-Planck-Institut für Multidisziplinäre Naturwissenschaften
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2006-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5410758?language=en
• 关键词: Computer; simulation; molecular; mechanism; processivity

Prozessivität spielt eine wichtige Rolle in der gesamten Natur, viele Enzyme die Biopolymere synthetisieren, abbauen oder modifizieren verwenden diesen Mechanismus. Prozessive Enzyme erhöhen vermutlich ihre Effizienz dadurch, dass sie zwischen mehrerer Katalysezyklen an ihre polymere Substrate gebunden bleiben. Jüngst aufgeklärte Strukturen haben zwar erste Hinweise über den Prozessivitätsmechanismus mehrerer Proteine geliefert, aber atomare Details vor allem über die Substrat-Gleitphase zwischen sukzessiven Katalysezyklen sind nach wie vor größtenteils unbekannt. In diesem Projekt soll der mikroskopischen Prozessivitätsmechanismus des prototypischen prozessiven Enzyms Hyaluronat Lyase aufgeklärt werden. Hyaluronate Lyase ist ein Enzym, das Glycan abbaut, und von dem jetzt erstmals hoch aufgelöste Strukturen zweier Spezies -- sowohl von der apo-Form als auch von einem Substrat-gebundenen Komplex -- aufgeklärt werdem konnten. Wir werden Molekulardynamik Simulationen einsetzen, um einen kompletten prozessiven Reaktions-Zyklus zu studieren, einschließlich der Verlagerung des Substrats um einen Disaccharidsabstand. Die zentrale Frage ist dabei, wie das Enzym einerseits während der Katalyse das Substrat stark und spezifisch bindet, andererseits aber nur schwach und unspezifisch während der Gleitphase. Das Projekt beinhaltet eine enge Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe von Dr. Mark M. Jedrzejas, einem Experten in der Biochemie und Röntgenstrukturanalyse von Hyaluronat Lyase. Sein Beitrag wird die experimentelle Validierung von und Feedback zu den Simulationsergebnissen sein.

在自然条件下，生物多聚体的合成、酶的合成等方面都有很好的应用前景。酶是一种有效的酶，它是一种聚合物底物。在此基础上，我们将不再需要更多的细节。在Diesem Projekt soll der mikroskopischen Prozessivitätsmechismus des Prozessichen prozessiven Enzyms hyaluronat Lyase aufgeklärt.透明质酸裂解酶在酶，das多糖abbaut和von DEM jetzt erstmals Hoch aufelöste Strukturen Zweier Spezies--sowohl von einem subat-gebundenen komplex--aufgekläRT是连续的。我们被用来模拟Einsetzen，嗯Einen kompletten proaktions-zyklus zu Studdieren，einschlieçlich der Verlagerung des subats um einen Disaccharidsabstand。它的核心是碎屑，它是一种酶，它是一种物质，是一种特殊的物质，它不是一种物质，而是一种物质。Das Projekt Be Enge Zusammenarbeit MIT der Arbeitsgruppe von Dr.Mark M.Jedrzejas，Einem Experten in der BioChemie and Röntgenstrukturanalytic von Hyaluronat Lyase.(DAS Projekt Be Enge Ege Zusammenarbeit Mit Arbeitsgruppe von Dr.Mark M.Jedrzejas，Einem Experten in der BioChemie and Röntgenstrukturtus分析von Hyaluronat Lyase)。这是一项新的实验，并反馈给我们模拟服务。