グルコース飢餓時におけるmRNA型長鎖非翻訳RNA発現のゲノムワイド解析
グルコース飢餓時におけるmRNA型長鎖非翻訳RNA発現のゲノムワイド解析
批准号:
12J02844
负责人:
小田 有沙
金额:
$1.73万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2012
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2012-04-01 至 2015-03-31
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英文摘要
真核生物で観察される長いノンコーディングRNA(lncRNA)が転写されている。このlncRNAは高等動物 ほど多種多様で;あるため生物の複雑さを生み出すのに重要な役割を果たしていると考えられており、 lncRNAは、発生や分化、ストレス応答などに関わると考えられている。しかし、lncRNAの詳細な機能や作用機構などは未だ明らかにされていない。本研究では単細胞真核生物で高等動物と近いゲノム構造を持つ分裂酵母を用いてグルコース飢餓ストレス応答性のlncRNAのゲノムワイド解析を行っている。これまでの研究で、分裂酵母ではlncRNAの一種であるmlonRNAが飢餓ストレスに応答してfbp1遺伝子周辺で転写され、このmlonRNAの転写に従い、段階的にクロマチン構造の弛緩がおこることが明らかにされてきた。本研究では分裂酵母におけるmlonRNAの普遍性を探ってきた。平成26年度は25年度に得られたグルコース飢餓ストレス応答におけるゲノムワイドなmlonRNAの機能の解析を論文として発表した。また、25年度には、fbp1におけるセンスのRNA及びアンチセンスRNAが負の相互作用をするという知見を得ていたことから、mlonRNAだけでなくアンチセンスlncRNAの転写がmRNA転写の制御に関与するという仮説を得たが、このアンチセンスlncRNAはmRNAを抑制するような効果があることを明らかにした。さらに、この過程に関して、センス・アンチセンスRNAが急激に交替するダイナミクスを数理モデル化しシミュレーションを行った。
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グルコース飢餓ストレス応答性の long noncoding RNA による分裂酵母の転写制御機構
裂殖酵母中长非编码RNA响应葡萄糖饥饿应激的转录控制机制
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[小田 有沙, 他]
通讯作者:
他
The transcriptiome analysis of stress responsive long non-coding RNAs using directional RNA-seq in fission yeast
使用定向 RNA-seq 对裂殖酵母中的应激响应长非编码 RNA 进行转录组分析
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[小田 有沙, 他]
通讯作者:
他
次世代シークエンサーによる非コードDNA配列解析
使用下一代测序仪进行非编码 DNA 序列分析
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
実験医学
影响因子:
--
作者:
[太田 邦史, 久郷 和人, 山田 真太郎, 小田 有沙]
通讯作者:
小田 有沙
Transcriptional regulation by Glucose starvation-induced lncRNAs
葡萄糖饥饿诱导的lncRNA的转录调控
DOI:
--
发表时间:
2013
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Oda A., Takemata N., Miyoshi T., Suzuki Y., Sugano S., Hoffman C. and Ohta K.]
通讯作者:
Hoffman C. and Ohta K.
Glucose starvation-dependent transcriptional switching by sense and antisense lncRNAs in fission yeast
裂殖酵母中有义和反义 lncRNA 的葡萄糖饥饿依赖性转录转换
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Arisa Oda, Naomichi Takemata, Satoko Ishii, Josephine Galipon, Tomoichiro Miyoshi, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Charles Hoffman, Kunihiro Ohta]
通讯作者:
Kunihiro Ohta
共 23 条
閉塞系での培養による環境悪化への酵母の適応メカニズムの解析
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批准号:23K04984
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2023
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负责人:小田 有沙
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依托单位:
海外基金